藥酒的基酒選擇，是要根據藥酒的用途來定的。一般分為滋補類、活血化瘀類和抗風溼類。如人參酒等屬滋補類，紅花酒屬活血化瘀類，複方雷公藤藥、馬蜂酒酒等屬抗風溼類。

一般來講，滋補酒、活血化瘀酒，都可用普通飲用酒來泡，而用來治病的、尤其是泡一些含有毒素的藥物，如馬蜂等，最好用酒精來泡。實際上，目前用於配製藥酒的酒類，除白酒外，還有醫用酒精、黃酒、葡萄酒、米酒和果露酒等多種，具體選用何種酒，要按配方需要和疾病而定，並非高度糧食酒就是好的。普通飲用酒裡通常有較多雜質，可能與藥料中的化學成分發生反應，這是必須要注意的。

酒的濃度過低時，可配以適量的食用酒精，將濃度調高；同樣的，酒精濃度太高，也可能影響有效成分的析出，所以也不能過高。從服用者的角度來說，很多人不能接受度數過高的酒，一般做法是用高度酒浸泡藥料一週後，再兌入低度酒。

每一種藥酒，都有不同的配方和製作工藝要求，所以不是說自制就能自制的，更不是所有藥酒配方都適宜家庭製作，例如有毒副作用的中藥材需經炮製後才能使用；如果對藥性、劑量不甚清楚，又不懂藥酒配製常識，則需請教中醫師、中藥師，切忌盲目配製飲用藥酒。

而基酒作為藥酒製作的重要一環，其選用更不能一概而論。所以，茅臺雖好，但也不是適用於所有情況，何況純以效果來說的話，普通的飲用酒根本就不是藥酒最好的原料。