花椒樹死亡的原因主要是花椒葉鏽病、根腐病、黑脛病（流膠病）和花天牛、潛葉跳甲、銅綠金龜子、桑白蚧、癭蚊等病蟲所致。

1、天牛。在立秋後出現，幼蟲蛀食枝幹，嚴重時造成整株死亡。防治方法：在秋季採收花椒時，將蟲梢徹底剪除燒燬或用鐵絲鉤殺，再用棉花沾上煤油或巴丹粉混合液堵塞蟲蛀孔。

2、鳳蝶。成蟲產卵於嫩芽或嫩葉背面，危害葉子，成鋸齒狀。防治方法：冬季剪枝時注意殺蛹，夏季撲殺成蟲，在植株上噴蚍酸鋁毒殺幼蟲。

3、蚜蟲。主要危害樹葉。防治方法是：在10月中、下旬清除地中、樹穴、石縫雜草，消除越冬場所，每年4月中旬用1500倍液樂果乳劑灑射植株，或用1:1000∼3000倍敵敵畏溶液噴施、或用1:1000∼2000倍鋅硫磷乳油噴霧、或用1:4:400∼500洗衣粉、尿素溶液噴霧，防效均可達95％。

4、葉鏽病。主要危害葉片，高溼的夏秋季容易發病，發病初期椒葉面部呈圓形淡黃色病斑，以後病斑顏色逐漸加深呈黃褐色並有粉末狀橙紅色孢子產生。防治方法：6∼8月噴施1∼2次0.3∼0.5度的石硫合劑或1000倍液甲基託布津。冬季結合修剪將落葉和樹冠下的雜草剷除燒燬，同時噴灑2∼3度石硫合劑。

5、根腐病。花椒幼苗，成年椒樹染病後，地下根部呈水腫狀，根皮易脫落，並有異臭味。

防治方法：

⑴苗圃地應選擇排水良好的沙質土地，苗床應做高廂，並注意排水。不在有根腐病的土壤內育苗。

⑵苗期多施磷鉀肥、增強苗木抗病能力。

⑶發現成年椒樹染根腐病後，應及時剪除病根，剪口處塗以石硫合劑消毒，並施以草木灰。

6、花椒虎天牛。一般6∼7月為成蟲盛發期，此期選擇晴天無風的下午進行人工捕捉成蟲；5∼8月適時進行檢查，一旦發現蟲卵粒和幼蟲應及時刮除殺死。

藥劑防治每年3∼11月可採取以下方法：⑴用1:20敵敵畏、煤油液塗抹受害樹皮及其周緣處，對三齡幼蟲藥殺效果可達100%。

⑵用0.3:1氧化樂果溶液塗抹樹幹基部，可殺死皮下低齡幼蟲。

⑶用1:2500倍敵殺死溶液噴灑椒樹觸殺成蟲。

⑷成蟲蛀入樹幹的，可採用棉球蘸粘氧化樂果液塞入洞孔內，再用稀泥堵塞窒息。使用敵敵畏煤油液和氧化樂果溶液塗抹樹幹時，注意不能全乾塗抹，否則會發生嚴重藥害。

7、花椒介殼蟲。3月下旬用1:5倍氧化樂果溶液塗抹樹幹，每株10毫升或以樂果原液注入每株5∼10毫升；5月下旬和8月下旬若蟲蛹散期用1:1000倍液的樂果、敵敵畏溶液噴灑花椒樹幹2∼3

如果花椒樹錯誤使用某種農藥發生藥害時應根據誤用的哪一種藥物來對症防治。

1.誤用某種殺蟲劑或殺菌產生的藥害:一般對樹體損害較輕，可使用氨基酸水劑再加入三十烷醇噴灑樹體即可。

2.誤用除草劑類產生的藥害:使用氨基酸十赤黴素或噻苯隆(細胞分裂素類)來減緩藥害對樹體的損害。

3.使用農藥要嚴格按照使用說明和禁忌來用藥，有些殺菌劑對樹體幼嫩梢有抑制生長害處。配製農藥必須看清農藥包裝及藥名，誤將除草劑誤用到果樹上的事常經常發生，一旦誤用將對你造成一定的損失。