在許多化學反應裡，作為一個整體參加反應，好像一個原子一樣，這樣的原子集團叫做原子團。原子團又叫做根或基團，如氫氧根OH-、硝酸根NO3-、碳酸根CO32-、硫酸根SO42-、氯酸根ClO3-、磷酸根PO43-、碳酸氫根HCO3-、銨根NH4等。值得注意的是：原子團不能獨立存在，只是化合物的一個組成部分。在溶液中原子團作為一個整體參加反應。各種原子團都有自己的特性反應，如CO32-遇酸變成CO2，SO42-遇Ba2產生不溶於稀硝酸的白色沉澱，OH-使酚酞試液變成紅色等。利用特性反應可以檢驗根的存在。注意區分錳酸根MnO42-和高錳酸根MnO4-，兩者組成相同，但其中錳元素的化合價不同，所以根價不同。原子團的化合價等於根內各元素化合價的代數和。原子團簇獨特的性質源於其結構上的特點，因其尺寸小，處於表面的原子比例極高，而表面原子的幾何構型、自旋狀態以及原子間作用力都完全不同於體相內的原子。材料的性質與內部單元的表面性質息息相關。例如僅僅透過調節團簇的大小，物質特性就有極大的不同，10個鐵原子的團簇在催化氨合成時要比17個鐵原子的團簇效能高出1000倍。伴隨著尺寸而來的另一效應是量子效應，原子團簇的研究即證明了許多量子力學的假設和預言，提出了無數更有趣的新問題。例如在由純金屬原子組成的多面體團簇中，只有當原子數是“幻數系列”，即為2、8、20、28、50、82、126……時，結構才是穩定的，甚至在加熱到液態時也不會被破壞。同樣的“幻數系列”在元素週期律中早已為人所知，但其理論解釋至今仍無定論。團簇的科學研究正處於蓬勃發展的階段，除去理論上的極大意義之外，原子團簇在聲、電、光、磁等方面的實際應用更是人們努力的方向。認識原子團要注意：(1)原子團是分子中的一部分。在三種或三種以上元素組成的化合物中，其分子常含有某種原子團。(2)原子團不是在任何化學反應中都保持不變。在有些化學反應中，原子團會發生變化，如：反應中，氯酸鉀中的氯酸根發生了變化。(3)原子團通常稱作“根”或“根離子”。書寫原子團符號時應註明它所帶的電荷，如：ClO3-、SO42-、OH-、NH4等，不要把原子團符號當成化學式，如把硫酸根(SO42-)誤認為是四氧化硫。KMnO4中的原子團MnO42-和K2MnO4中的原子團MnO42-是不同的原子團。前者叫高錳酸根，後者叫錳酸根。

原子團裡的原子透過共用電子對，形成共價鍵（相當牢固），從而形成原子團。

形成原子團後，多餘的電子或正電荷可以看作均勻分佈在原子團上（而實際上電子對在不同原子形成原子團時會有偏向，從而一端正電，一端負電，可能是帶正電的一端結合其它原子或原子團，也可能是帶負電的一端）但原子團在結合形成化合物時（已形成原子團的原子）一般不會分開，（特例如NH4+形成氨氣，）所以不需考慮原子團中的陰、陽離子，而應整體看待。