1、王朝的尊嚴。大明王朝是天朝上國，日本是藩國，帝國皇族怎麼能忍受臣藩的保護。天子守國門，君主死社稷，大明的君主是最剛的。

2、復興的需要。清軍攻入雲貴之前，南明還有一定的實力，李定國曾一度收復廣西、湖南部分地區，大明覆興有望。如果朝廷遷到日本或臺灣會嚴重影響失地的收復工作。同時，日本地小國狹，臺灣尚未有效開發並且在荷蘭人手裡，兩地能提供的資源太少了，不足以支撐復興大業。

3、王朝的正統性。南明一定程度上仍具有中原王朝的正統性。如果朝廷都遷到日本或臺灣去了，也就是把國家拱手讓給了滿清。

4、國家關係。明朝與日本的關係並不怎麼好，“爭貢之役”後明朝開始對日本進行海禁，這引發倭寇入侵。倭寇平定後明朝仍實行海禁，但中日經貿發生了變化。總之，明日之間關係並不正常。雖然日本有尊華之心，但對於流亡政府並不會真心對待。

5、出海口被封死。到1656年，南明仍佔有西南大部，復興還是有希望的，這種情況下，朝廷是不會遷徙海外的。但1656年時，南明實際已經無法正常掌控廣西。1658年，清軍攻入雲貴，這也使南明徹底喪失了出海口，這時，南明朝廷想去日本都走不了。

6、時間不對，臺灣是1662年收復的，但此時永曆政權已經崩潰，同年永曆帝被殺，南明朝廷大陸勢力宣佈滅亡。當然，鄭氏迎接寧靖王入臺彰顯明朝正統，但也只是遙尊已經死掉的永曆帝，出於自身利益考慮，並沒有擁立朱姓皇帝，南明朝廷實際滅亡。其實南明朝廷還存在，只是作為南明繼承者，興朗朝廷實力過於弱小，幾乎不可能到達海邊，更別說遷往日本和臺灣了。

個人觀點，僅供諸君參考，不喜勿噴！

南明是指公元1644年到1662年之間，與滿清順治朝同時存在的明朝流亡政權。在這近二十年中，先後出現了五個由明朝藩王建立的小朝廷。按時間順序分別是：福王朱由崧的弘光朝、魯王朱以海的“監國”朝、唐王朱聿鍵的隆武朝、朱聿鑰的紹武朝以及桂王朱由榔的永曆朝。這五位南明君主最終或被俘就義，或因病而亡，沒有一人去國避禍、改換正朔，更沒有一人覥顏降敵、苟活殘生。

公元1644年三月，李自成起義軍攻陷北京，明朝崇禎皇帝自縊身亡，天下無主。在河南開封的福王朱由崧倉皇逃到陪都南京。鳳陽總督馬士英見朱由崧昏庸荒唐，易於控制，於是推舉朱由崧為監國。不久，朱由崧由監國即位稱帝，建號弘光，任命馬士英、史可法為東閣大學士，共掌機務。此時的明朝還擁有中國華東、華南、西南等大片國土，長江、淮河之間有劉良佐、劉澤清、黃德功、高傑四位總兵鎮守，形勢尚有可為。無奈馬士英結黨專權，以圖把持朝政，將忠心報國的史可法排擠出朝廷，到江北督師。馬士英此舉激怒了鎮守武漢要地的總兵左良玉。左良玉以“清君側”為名，率兵二十萬，沿長江順流而下，直逼南京。馬士英惶急之下，調遣防守江北的軍隊抵禦左良玉部，導致長江防線門戶洞開。1645年四月，剛剛入關一年的清軍攻陷了江北重鎮揚州，大肆屠城，南明督師史可法寡不敵眾，以身殉國。隨後，滿清豫親王多鐸率兵橫渡無人把守的長江，兵不血刃佔領南京。弘光帝朱由崧倉皇逃到蕪湖劉良佐軍中，被已經投降滿清的劉良佐捕獲，獻於多鐸。次年，朱由崧被押解回北京處死。

弘光朝覆亡的同時，明宗室魯王朱以海逃亡到了浙江杭州，被明朝遺臣張煌言、張名振、黃斌卿等人推舉為監國；流落福州的唐王朱聿鍵在海盜鄭芝龍、鄭鴻逵、鄭彩兄弟的擁戴下稱帝，建號隆武。魯王、唐王不思大敵當前，明朝社稷危如累卵，應當同仇敵愾，反而兄弟鬩於牆，互爭正統，以至於兵戎相見。清軍統帥趁機漁翁得利，先擊破魯王勢力，攻取浙江大部。魯王朱以海在張煌言、張名振的護衛下率殘兵逃入海中，寄居舟山群島，最終被清軍消滅，朱以海也鬱鬱而終。其臣下朱之瑜流亡到日本，以教書授徒為業，將中國的程朱理學傳入東瀛，對後世的日本文化影響頗深。清兵攻佔浙江後，隨即進兵福建。此時福州的隆武朝被鄭芝龍兄弟把持，政令出於鄭氏家門。鄭芝龍的兒子鄭成功雖然心懷明室，盡忠報國，很受隆武帝器重，怎奈父親鄭芝龍以隆武帝為奇貨可居，暗中投降了滿清。公元1647年夏，清軍從閩浙交界的仙霞關進入福建，兵鋒直指福州。鄭芝龍立即在前線倒戈，清軍攻陷福州，隆武帝朱聿鍵及皇后張氏被俘，不屈絕食而亡。鄭成功憤而與鄭芝龍斷絕父子關係，獨自領兵撤退到廈門，繼續抗清，並於1662年收復被荷蘭殖民者侵佔的臺灣島，作為基地，一直堅持到1684年。

隆武帝朱聿鍵死後，其弟朱聿鑰逃亡到廣東，被當地士紳蘇觀生、何吾騶、錢肅樂等人擁立為帝，在廣州建號紹武。紹武朝又犯了與隆武朝同樣的老毛病，和湖南、廣西境內的永曆朝為爭奪正統地位，屢動刀兵。僅僅一個月之後，剛剛攻佔江西的清軍在降將李成棟的帶領下殺奔廣州。紹武朝君臣瞬間作鳥獸散，朱聿鑰被俘，慘遭殺害，紹武小朝廷覆滅。

清軍攻佔江西、廣東以後，流亡湖南、廣西邊境的朱由榔永曆朝也岌岌可危。經過多年的顛沛流離，最後只能在雲南一隅立足。暫時的偏安使永曆君臣舊病復發，小朝廷內部黨爭紛起、爾虞我詐，全然不知大禍即將來臨。公元1659年正月，明朝降將吳三桂擊破永曆朝李定國大軍，攻佔昆明。永曆帝逃入緬甸境內，起初緬甸國王還能以禮相待，後來迫於清朝的軍事壓力，假借“咒水之盟”誘捕了永曆帝朱由榔，執送清軍。1662年正月，永曆帝被吳三桂殺害於昆明篦子坡，南明諸政權就此全部覆滅。

至於南明政權為什麼不去日本或臺灣避禍，上述的史實已經完全可以說明。明朝向來有“天子守國門，君王死社稷”的傳統氣節觀念，君主是不屑於依附蠻夷之邦的。另外，南明諸帝基本上都是被滿清軍隊俘虜殺害，根本沒有機會出逃國外。並且當時的日本處於幕府時期，奉行閉關鎖國的政策，不可能接納流亡的皇帝；而臺灣此時還在荷蘭殖民者手中，更是不能前往的虎狼之地。

（注：文中南明紹武帝的名字在字型檔中找不到，只能用同音形近字代替，望諒解。）