交通運輸工程學科的層次結構是：旨在適應交通運輸發展的需要，培養具有較高道德文化修養，紮實的數學、外語、計算機基礎及土木工程、資訊控制、經濟管理等專業基礎知識，掌握交通運輸、交通工程、物流工程的知識和技術，能夠從事交通政策研究、交通運輸規劃與管理、鐵路運輸組織與管理、城市軌道交通運營管理、道路交通工程設計、運輸物流工程設計與運營管理等方面的高階管理與工程技術人才。交通運輸工程學的主要研究方向：交通運輸工程是研究鐵路、公路、水路及航空運輸基礎設施的佈局及修建、載運工具運用工程、交通訊息工程及控制、交通運輸經營和管理的工程領域。

以下的學科較強， 橋樑與隧道工程學科： 交通部和重慶市重點學科，具有博士學位授予權，學術梯隊合理，結構最佳化，擁有交通部橋樑結構工程交通行業重點實驗室和重慶市結構工程重點實驗室。該學科已經建立了6個穩定的研究方向，在大跨徑橋樑設計理論、工程控制及預應力砼新技術開發應用等研究領域有鮮明的學科特色和優勢，在大跨拱橋相關設計理論和施工技術研究方面處於國內領先水平。學術梯隊目前有教授13人，副教授10人，講師8人，有突出貢獻的中青年專家5人；其中具有博士學位的14人，碩士學位的11人。該學科培養了中國工程院院士1名、全國優秀科技工作者1名、“百千萬”人才工程國家級人選3名、國家級有突出貢獻的專家多名，培養博士、碩士研究生600餘名（含在讀）。承擔了多項國家級、省部級重大科研專案，先後獲得過國家、省（部）級科研成果獎20多項，發明專利獎4項，發表學術論文300多篇，出版學術專著共20多部。 二、道路與鐵道工程學科： 重慶市重點學科，具有博士學位授予權，該學科擁有教授9名、副教授9名及講師10名，其中具有博士學位人員10名。學術梯隊中有國家突出貢獻青年專家1人、國家“百千萬人才第一、二人選”1人，交通部及重慶市學術技術帶頭人及後備人選5人、交通部科技英才2人、重慶市高校優秀中青年骨幹教師2人。擁有重慶市山區公路建設及維護技術重點實驗室。該學科目前有四個穩定的研究方向，在山區高等級公路建設技術、公路新材料與新結構、公路機械化施工技術、山區公路規劃設計與勘測技術等領域形成了鮮明的學科特色和優勢，承擔了眾多的國家、省部級和橫向協作專案，獲省部級科技成果獎6項，發表學術論文260篇，出版專著和教材15部。 三、港口、航道與近海工程學科： 重慶市重點學科，具有博士學位授予權，該學科聘請了中國工程院韓其為、梁應辰兩位院士為本學科特聘教授，同時擁有一支職稱、年齡、學歷結構合理的學水利水運專業隊伍，有全國知名專家、新世紀“百千萬人才工程”國家級人選、重慶市學術帶頭人。本學科現有教授11人，副教授12人，學科隊伍中具有博士學位13人。該學科擁有重慶市水利水運工程重點實驗室和重慶市航運工程技術研究中心，是西南地區唯一的水運工程科學研究和技術開發基地。本學科現有四個主要研究方向，本學科在山區河流動力學及航道整治技術、內河港口設計理論、水利樞紐通航理論及應用、庫區及內河港口綜合治理等方面處於國內先進水平，在山區河流複雜灘險航道整治、內河深水築港技術、高水頭樞紐通航理論和技術等方面獨具特色，國內領先。近幾年，先後承擔了眾多的國家、省部級和橫向協作專案，獲省部級科技進步獎13項，發表學術論文435篇，出版專著和教材15部。 四、管理科學與工程學科： 重慶市重點學科, 具有碩士學位授予權，學科隊伍職稱、年齡、結構合理，其中教授10人，副教授12人；博士10名；交通部及重慶市學術帶頭人後備人選2人。本學科共有四個研究方向。建有建設工程管理和現代物流等4個研究所和工程管理模擬實驗室、物流與電子商務試驗室等4個專業試驗室。在交通建設專案管理、物流與供應鏈管理關鍵技術研究方面處於國內先進水平。近幾年，完成科研專案30餘項，獲省部級科研成果獎5項，發表論文230篇，出版專著和教材20部。 五、工程力學學科： 重慶市立項建設重點學科，具有碩士學位授予權，擁有一支實力較強的教學、科研隊伍。目前有成員25人，包括教授7人、副教授13人；其中國家級有突出貢獻中青年專家1人，國家級百千萬人才工程第一、二層次人選1人，交通部十百千人才工程第一層次人選1人，交通部科技英才1人，重慶市學術技術帶頭人及後備人選3人，重慶市322人才工程人選2人，重慶市優秀青年骨幹教師3人。該學科擁有結構工程試驗室、力學試驗室和結構計算中心。該學科目前有四個研究方向，在斷裂、損傷、結構振動理論、振動控制理論及橋樑、道路等應用基礎研究方面作了大量研究工作，在工程力學與橋樑、道路等工程學科的交叉結合方面有一定的特色和優勢。近幾年，先後承擔了國家、省部級和橫向協作專案20餘項，獲省部級獎12項，發明專利3項，發表學術論文276篇，出版專著和教材17部。 六、材料學學科： 重慶市立項建設重點學科，具有碩學位授予權，現有研究人員20人，其中教授5人、副教授5人，10人具有博士學位。在聚合物材料的改性及應用和路基路面材料方面形成了優勢和特色。同時，在高效能水泥基材料、複合材料結構設計與效能方面有一定基礎。擁有重慶市山區公路建設及維護技術重點實驗室。該學科形成了四個以交通土建材料研究為特色的研究方向，在路基路面材料和聚合物材料的改性及應用方面緊密結合交通建設，形成了優勢和特色。近幾年，先後承擔了省部級和橫向協作專案30餘項，獲省部級獎7項，發明專利2項發表學術論文167篇，出版專著和教材11部。 七、載運工具運用工程學科： 重慶市立項建設重點學科，具有碩學位授予權，現有教授10人，副教授8人；博士13名；交通部及重慶市學術帶頭人1人。本學科有四個穩定的研究方向，擁有重慶市交通運輸工程重點實驗室和重慶市汽車摩托車零部件產業發展研究中心。在汽車發動機燃燒技術基礎、微型汽車空氣動力學模擬、道路交通安全研究方面處於國內先進水平。近五年，承擔、完成科研專案50餘項，獲省部級科技進步獎4項，發表論文118篇，出版專著和教材19部。