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  • 1 # 雲瀾

    tRNA(transfer RNA)簡稱轉運RNA,顧名思義,它的功能之一就是發揮搬運功能(之所以說成“之一”是因為tRNA還有別的生物學功能,此處不做詳細的介紹)。

    在高中學生物時,老師課堂上講到,細胞中有20種的tRNA也是可以說的通的,因為蛋白質翻譯過程中需要有20種氨基酸,那麼這20種氨基酸也就需要20種tRNA來搬運。

    如果我們拋開中學教科書的限制,事實上,細胞中的tRNA種類不止20種。首先,我們先來認識一下tRNA是何方神聖,為什麼稱它為神聖呢,因為它有三“頭”八“臂”啊,哈哈哈,允許樓主這麼形容它吧。看官如若不信,請往下看,tRNA本身有一級、二級和三級結構。一級結構就是它本身的核苷酸序列,長度在76-93個核苷酸之間,二級結構為三葉草的形狀, tRNA的三級結構,也就是它的空間立體結構,是由二級結構進一步摺疊成的“L”型,如下圖所示。

    好了,接下來,我們對tRNA的二級結構圖放大,進一步瞭解它的結構特點,如下圖所示。前面我們提到tRNA具有三“頭”八“臂”,三“頭”其實是指它3’端的-CCA,這個位置是氨基酸的結合位點,八“臂”其實是指它結構中的四個莖、三個環和一個可變區(對應英文中的stem、loop和variable loop),三個環分別為D環(D loop)、反密碼子環(Anticodon loop)、TΨC環(TΨC loop),四個莖分別為接受莖(Acceptor stem)、D莖(D stem)、反密碼子莖(Anticodon stem)和TΨC莖(TΨC stem),一個可變區是指位於反密碼子莖和TΨC莖之間的部分。

    在Anticodon loop中間,也就是34、35和36這三個位點(如上圖紅色數字所示),為反密碼子(Anticodon),三者的作用是透過反密碼子-密碼子相互作用,在核糖體上(Ribosome),識別信使RNA(message RNA, mRNA)上的密碼子(Codon),從而將具有遺傳意義的核苷酸序列翻譯成蛋白質中的氨基酸序列。這個翻譯的過程如下簡圖所示(答主的作圖能力也就這樣了,各位看官將就著看吧,如果大家有更好的建議,答主定虛心請教學習)。圖中所示的tRNA的反密碼子為CUG(為便於描述,核苷酸序列為5’到3’,下同),它能夠識別mRNA上的CAG,也就是谷氨醯胺(Glutamine,Gln,下同)的密碼子,因而在它的3’端攜帶了Gln。

    簡單聊了tRNA的結構後,接下來我們再聊一聊密碼子。現在,我們知道不同生物的密碼子基本相同,也就是共用一套密碼子,共計64種。在這64種密碼子裡,有三種密碼子是用來參與終止蛋白質翻譯的,也就是沒有對應的氨基酸的,這三種密碼子叫作終止密碼子,分別為UAA、UAG和UGA。剩餘的61種對應的20種氨基酸,我們暫且把這61個密碼子稱為有義密碼子。那麼,這時候我們發現,除了甲硫氨酸(Met)和色氨酸(Trp)外,一種氨基酸可以有多種密碼子,也就是密碼子的簡併性,如下圖所示(最上面一行黑色字母是指密碼子,中間一行紫色字母如Ala是指丙氨基酸英文單詞的前三個字母,最下面一行紫色字母如A是指丙種氨基酸的英文縮寫)。

    理論上,每種有義密碼子都應該有對應的tRNA,這裡還以Ala為例,Ala有4種密碼子,分別為GCA、GCC、GCG和GCU,應該有4種tRNA與之對應,而實際上,我們從現有的GtRNAdb(http://gtrnadb.ucsc.edu/)裡發現,只有3種tRNA,分別識別GCA、GCG和GCU,而GCC沒有對應的tRNA。那麼,如果在mRNA上出現了GCC時,是不是就沒有tRNA能夠識別它呢?答案是否定的。早在1966年,英國生物學家Crick就提出了搖擺假說(Wobble hypothesis),按照該假說,反密碼子中的次黃嘌呤(I)可以與密碼子上的鹼基A或C或U配對,具體如下圖所示(為了保證原汁原味,答主就將文獻裡的圖摳下來直接用了)。

    在這裡,需要給大家引入兩個概念,分別為tRNA isoacceptors和tRNA isodecoders。tRNA isoacceptors是指包括反密碼子在內序列不同,但是能夠轉運相同氨基酸的tRNA;tRNA isodecoders是指具有相同的反密碼子但其他序列不同的tRNA。乾巴巴的文字看起來太過無趣且費解,還是給大家呈現圖片以便於瞭解,這裡還是以Ala-tRNA為例,具體如下圖所示。

    前面我們提到,Ala有3種tRNA,如上圖Isoacceptor families一行所示,它們的反密碼子分別為AGC、CGC、UGC;然後呢,在每一種tRNA下面,又有多條tRNA,比如反密碼子為AGC的tRNA就有26條,那麼這26條tRNA就稱為isodecoder,另外兩種反密碼子為CGC和UGC的tRNA分別有5和8條tRNA。對於Ala來說,就有共計39條tRNA。其實,在人類基因組中,有將近450個tRNA基因,分佈在49個Isoacceptor families中,編碼超過270條的tRNA isodecoders。答主在文章開頭已經提到,tRNA的功能之一就是發揮轉運氨基酸的功能,這些tRNA isodecoders並不都是用來參與蛋白質翻譯的,有些在生物體內發揮著重要的生理調節功能,後面有機會的話,再和大家探討一下這方面的內容。其實呢,說到這裡,答主想和大家分享的內容就結束了,文中如有不妥的地方,也望大家多予指正!

    下面附上文中參考的文獻

    1、J Mol Biol. 1966 Aug;19(2):548-55.

    2、J Mol Biol. 2010 Feb 26;396(3):821-31.

    3、Nat Rev Mol Cell Biol. 2018 Jan;19(1):45-58.

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