先看最新的稅收政策，根據39號公告規定，納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%。納稅人購進用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
然後要明確兩個問題：
一：可以抵扣進項稅額的憑證
①增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書
②農產品收購發票或銷售發票
農產品收購發票與銷售發票票面都是農業生產者銷售自產農產品，區別在於收購發票是買方開具，銷售發票是指農業生產者銷售自產農產品適用免徵增值稅政策，主要有農場、農村合作社銷售農產品時開具和農業生產者個人銷售自產農產品，到稅務機關代開的免稅普通發票。
二、各類抵扣憑證進項稅額計算
①增值稅專用發票海關進口增值稅專用繳款書
一般情況
取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額。
舉慄：
某企業2019年5月向一般納稅人收購農產品，用於生產某農產品（9%稅率），取得增值稅專用發票，票面金額2000，稅率9%，增值稅額180，價稅合計218元，則可以抵扣的進項稅額180元。
可加計扣除：
納稅人購進用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
某企業向一般納稅人收購農產品用於生產某農產品（13%稅率），取得增值稅專用發票，票面金額1000，稅率9%，稅額90元，價稅合計1090元，則可以抵扣的進項稅額100元。
從小規模納稅人處購入
一般情形
從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
某企業2019年6月向小規模納稅人收購牛尾用於生產牛毛（9%稅率），取得其向稅務機關代開的增值稅專用發票，票面金額1000，徵收率3%，稅額30，價稅合計1030元，則總可以抵扣的進項稅額90元
可加計扣除時
某企業向小規模納稅人收購某農產品用於生產某產品（13%稅率），取得其向稅務機關代開的增值稅專用發票，票面金額1000，徵收率3%，稅額30，價稅合計1030元，則總的可以抵扣的進項稅額100元
②農產品收購發票或者銷售發票
取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
某企業向農民收購自產農產品，用於生產某種農產品（9%稅率），開具農產品收購發票，金額9500元，則總的可以抵扣的進項稅額為：
9500×9%=855元
可加計扣除
納稅人購進用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
某企業向農業合作社收購農產品生產某種洗淨毛產品（13%稅率），取得農產品銷售發票，金額9500元，則總的可以抵扣的進項稅額為9500×10%=950元
未分別核算時
納稅人購進農產品既用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物又用於生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。未分別核算的，統一以農產品收購發票或銷售發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
此外，農產品的進項稅額還有一種核定扣除法，核定扣除是指為加強農產品增值稅進項稅額抵扣管理，試點納稅人購進農產品不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而是採用一定的進項稅額核定方法進行抵扣，中國自2012年7月1日起，在全國範圍內對酒及酒精、乳及乳製品、植物油加工行業實施農產品增值稅進項稅額核定扣除試點，2013年9月1日起，相關許可權下放至省一級。
目前大部分地區使用投入產出法核定農產品增值稅進項稅額，成本法在逐步被淘汰。納稅人購進農產品根據主要用途不同可分為以下三類 簡單介紹一下核定方法。
核定方法如下：
（一）用於生產或委託加工貨物，且構成產品實體
1、投入產出法
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期農產品耗用數量×農產品平均購買單價×扣除率/（1＋扣除率）
當期農產品耗用數量=當期銷售貨物數量（不含採購除農產品以外的半成品生產的貨物數量）×農產品單耗數量
2、成本法
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期主營業務成本×農產品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
農產品耗用率=上年投入生產的農產品外購金額/上年生產成本
農產品外購金額（含稅）不包括不構成貨物實體的農產品（包括包裝物、輔助材料、燃料、低值易耗品等）和在購進農產品之外單獨支付的運費、入庫前的整理費用。
3、參照法
試點納稅人購進農產品生產銷售上述產品以外的其他產品，可採取“參照法”，在投產當期增值稅納稅申報時向主管國稅機關提出申請，參照所屬行業或者生產結構相近的其他納稅人的平均水平，確定農產品單耗數量，由主管國稅機關據實核定，並報省國稅局備案。
（二）購進農產品直接銷售
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期銷售農產品數量/（1－損耗率）×農產品平均購買單價×9%/（1＋9％），
損耗率＝損耗數量/購進數量
（三）購進農產品用於生產經營且不構成貨物實體的（包括包裝物、輔助材料、燃料、低值易耗品等）
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期耗用農產品數量×農產品平均購買單價×（10%或9%）/（1+10%或9%)
先看最新的稅收政策，根據39號公告規定，納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%。納稅人購進用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
然後要明確兩個問題：
一：可以抵扣進項稅額的憑證
①增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書
②農產品收購發票或銷售發票
農產品收購發票與銷售發票票面都是農業生產者銷售自產農產品，區別在於收購發票是買方開具，銷售發票是指農業生產者銷售自產農產品適用免徵增值稅政策，主要有農場、農村合作社銷售農產品時開具和農業生產者個人銷售自產農產品，到稅務機關代開的免稅普通發票。
二、各類抵扣憑證進項稅額計算
①增值稅專用發票海關進口增值稅專用繳款書
一般情況
取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額。
舉慄：
某企業2019年5月向一般納稅人收購農產品，用於生產某農產品（9%稅率），取得增值稅專用發票，票面金額2000，稅率9%，增值稅額180，價稅合計218元，則可以抵扣的進項稅額180元。
可加計扣除：
納稅人購進用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
舉慄：
某企業向一般納稅人收購農產品用於生產某農產品（13%稅率），取得增值稅專用發票，票面金額1000，稅率9%，稅額90元，價稅合計1090元，則可以抵扣的進項稅額100元。
從小規模納稅人處購入
一般情形
從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
舉慄：
某企業2019年6月向小規模納稅人收購牛尾用於生產牛毛（9%稅率），取得其向稅務機關代開的增值稅專用發票，票面金額1000，徵收率3%，稅額30，價稅合計1030元，則總可以抵扣的進項稅額90元
可加計扣除時
某企業向小規模納稅人收購某農產品用於生產某產品（13%稅率），取得其向稅務機關代開的增值稅專用發票，票面金額1000，徵收率3%，稅額30，價稅合計1030元，則總的可以抵扣的進項稅額100元
②農產品收購發票或者銷售發票
一般情況
取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
舉慄：
某企業向農民收購自產農產品，用於生產某種農產品（9%稅率），開具農產品收購發票，金額9500元，則總的可以抵扣的進項稅額為：
9500×9%=855元
可加計扣除
納稅人購進用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
舉慄：
某企業向農業合作社收購農產品生產某種洗淨毛產品（13%稅率），取得農產品銷售發票，金額9500元，則總的可以抵扣的進項稅額為9500×10%=950元
未分別核算時
納稅人購進農產品既用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物又用於生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。未分別核算的，統一以農產品收購發票或銷售發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
此外，農產品的進項稅額還有一種核定扣除法，核定扣除是指為加強農產品增值稅進項稅額抵扣管理，試點納稅人購進農產品不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而是採用一定的進項稅額核定方法進行抵扣，中國自2012年7月1日起，在全國範圍內對酒及酒精、乳及乳製品、植物油加工行業實施農產品增值稅進項稅額核定扣除試點，2013年9月1日起，相關許可權下放至省一級。
目前大部分地區使用投入產出法核定農產品增值稅進項稅額，成本法在逐步被淘汰。納稅人購進農產品根據主要用途不同可分為以下三類 簡單介紹一下核定方法。
核定方法如下：
（一）用於生產或委託加工貨物，且構成產品實體
1、投入產出法
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期農產品耗用數量×農產品平均購買單價×扣除率/（1＋扣除率）
當期農產品耗用數量=當期銷售貨物數量（不含採購除農產品以外的半成品生產的貨物數量）×農產品單耗數量
2、成本法
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期主營業務成本×農產品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
農產品耗用率=上年投入生產的農產品外購金額/上年生產成本
農產品外購金額（含稅）不包括不構成貨物實體的農產品（包括包裝物、輔助材料、燃料、低值易耗品等）和在購進農產品之外單獨支付的運費、入庫前的整理費用。
3、參照法
試點納稅人購進農產品生產銷售上述產品以外的其他產品，可採取“參照法”，在投產當期增值稅納稅申報時向主管國稅機關提出申請，參照所屬行業或者生產結構相近的其他納稅人的平均水平，確定農產品單耗數量，由主管國稅機關據實核定，並報省國稅局備案。
（二）購進農產品直接銷售
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期銷售農產品數量/（1－損耗率）×農產品平均購買單價×9%/（1＋9％），
損耗率＝損耗數量/購進數量
（三）購進農產品用於生產經營且不構成貨物實體的（包括包裝物、輔助材料、燃料、低值易耗品等）
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額=當期耗用農產品數量×農產品平均購買單價×（10%或9%）/（1+10%或9%)