1、相關技術不同：蛋白質分子的結構規律及其生物功能的關係作為基礎，透過化學、物理和分子生物學的手段進行基因修飾或基因合成；基因工程是核酸凝膠電泳技術、核酸分子雜交技術、細菌轉化轉染技術、DNA序列分析技術、寡核苷酸合成技術、基因定點突變技術、聚合酶鏈反應技術。
2、物質運用不同：蛋白質工程可以製造一種新的蛋白質；基因工程只能利用已有的現實中已存在的基因。
3、實施物件不同：蛋白質工程是對於蛋白質而言的改造和製造；基因工程是在分子水平上對基因進行操作的複雜技術。1、美國紐澤西州聖巴納巴斯醫學中心生殖醫學科學研究所的科學家，利用一項新技術改造了遺傳給下一代的基因，製造出30個健康的轉基因寶寶。然而，英國獲得了首個將“三親嬰兒”商業化的許可證。英國一家生育診所獲准執行“三母嬰兒”技術，該技術可以防止遺傳疾病透過三種父母遺傳給孩子。2、美國FDA（美國食品藥品監督管理局）批准了第一個活體基因療法，這是一個具有里程碑意義的事件，將對轉基因用在醫療上產生積極的影響。這項療法是一個治療兒童白血病的方案，主要內容是透過基因改造，使患者自身的血紅細胞轉化為癌細胞殺手。兩個月後，FDA又批准了一項針對噁心淋巴瘤細胞療法。這是從根本上改變過去的治療方式，調整改變人體自身機能來對抗癌細胞的新創舉，為人類利用基因改造技術治療難治之症開闢了道路。
1、相關技術不同：蛋白質分子的結構規律及其生物功能的關係作為基礎，透過化學、物理和分子生物學的手段進行基因修飾或基因合成；基因工程是核酸凝膠電泳技術、核酸分子雜交技術、細菌轉化轉染技術、DNA序列分析技術、寡核苷酸合成技術、基因定點突變技術、聚合酶鏈反應技術。
2、物質運用不同：蛋白質工程可以製造一種新的蛋白質；基因工程只能利用已有的現實中已存在的基因。
3、實施物件不同：蛋白質工程是對於蛋白質而言的改造和製造；基因工程是在分子水平上對基因進行操作的複雜技術。1、美國紐澤西州聖巴納巴斯醫學中心生殖醫學科學研究所的科學家，利用一項新技術改造了遺傳給下一代的基因，製造出30個健康的轉基因寶寶。然而，英國獲得了首個將“三親嬰兒”商業化的許可證。英國一家生育診所獲准執行“三母嬰兒”技術，該技術可以防止遺傳疾病透過三種父母遺傳給孩子。2、美國FDA（美國食品藥品監督管理局）批准了第一個活體基因療法，這是一個具有里程碑意義的事件，將對轉基因用在醫療上產生積極的影響。這項療法是一個治療兒童白血病的方案，主要內容是透過基因改造，使患者自身的血紅細胞轉化為癌細胞殺手。兩個月後，FDA又批准了一項針對噁心淋巴瘤細胞療法。這是從根本上改變過去的治療方式，調整改變人體自身機能來對抗癌細胞的新創舉，為人類利用基因改造技術治療難治之症開闢了道路。