任何侵入性檢查都是有風險的，但有時為了明確診斷，進行侵入性檢查是有必要的。支氣管鏡好處在於它可以活檢，就是取一點氣管的細胞出來在顯微鏡下看到底有什麼病，這樣就可以確診（也可能取到的細胞並不是病變部位的，這樣就會沒檢測到）。大醫院的醫生對鏡檢是很有經驗的，一般不會發生危險，但誰也不能百分百確定完全安全，所以說風險是有的，但即使風險再低，如果不幸輪到你那就是百分之百。你的情況可以再做痰檢查抗酸桿菌，一般3次陽性比較有意義。結核現在表現的都不典型，很難確診，醫生建議你做支氣管鏡也是想多一種方法來診斷，決定還是要你來做的。

支氣管鏡檢查常見併發症包括：

1）麻醉藥過敏、鼻出血、咯血、發熱、感染等；

2）喉頭水腫：強行插入可能引起喉頭水腫，重者出現呼吸困難，必要時需即行氣管切開急救；

3）低氧血癥：動脈血氧分壓下降10-20 mmHg，對靜息動脈血氧分壓等於或小於60-70mmHg的患者，在行氣管鏡檢查前，應予吸氧並持續到檢查結束；

4）喘息及氣道痙攣，支氣管鏡的刺激可能發生廣泛的支氣管痙攣，故對有支氣管哮喘者，無論有無症狀，均宜氨茶鹼預防治療；

5）窒息：肺功能不全的患者可能在活檢後發生少量出血或繼發性支氣管痙攣，在檢查後數分鐘內發生窒息；

6）心跳驟停：強烈的刺激可能引起反射性心跳驟停；

7）腫瘤氣管、支氣管內種植轉移；

8）自發性氣胸、縱隔氣腫；

9）食管-氣管瘻、氣管穿孔、氣道梗阻窒息等，這些併發症多與治療性支氣管鏡操作有關，如鐳射治療、APC消融治療等；

10）其它主動脈瘤破裂等。