作為蛋白質的轉錄因子從功能上分析其結構可包含有不同區域：①DNA結合域（DNA binding domain）,多由60-100個氨基酸殘基組成的幾個亞區組成；②轉錄啟用域（activating domain）,常由30-100氨基酸殘基組成,這結構域有富含酸性氨基酸、富含谷氨醯胺、富含脯氨酸等不同種類,一酸性結構域最多見；③連線區,即連線上兩個結構域的部分.不與DNA直接結合的轉錄因子沒有DNA結合域,但能透過轉錄啟用域直接或間接作用與轉錄複合體而影響轉錄效率.與DNA結合的轉錄因子大多以二聚體形式起作用,與DNA結合的功能域常見有以幾種：①螺旋-轉角-螺旋（helix-turn-helix,HTH）及 螺旋-環-螺旋(helix-loop-helix,HLH） 這類結構至少有兩個α螺旋其間由短肽段形成的轉角或環連線,兩個這樣的motif結構以二聚體形式相連,距離正好相當於DNA一個螺距(3.4nm）,兩個α螺旋剛好分別嵌入DNA的深溝.②鋅指（zinc finger） 其結構如圖 所示,每個重複的“指”狀結構約含23個氨基酸殘基,鋅以4個配價鍵與4個半胱氨酸、或2個半胱氨酸和2個組氨酸相結合.整個蛋白質分子可有2-9個這樣的鋅指重複單位.每一個單位可以其指部伸入DNA雙螺旋的深溝,接觸5個核苷酸.例如與GC盒結合的轉錄因子SP1中就有連續的3個鋅指重複結構.③鹼性-亮氨酸拉鍊（basic leucine zipper,bZIP） 這結構的特點是蛋白質分子的肽鏈上每隔6個氨基酸就有一個亮氨酸殘基,結果就導致這些亮氨酸殘基都在α螺旋的同一個方向出現.兩個相同的結構的兩排亮氨酸殘基就能以疏水鍵結合成二聚體,這二聚體的另一端的肽段富含鹼性氨基酸殘基,借其正電荷與DNA雙螺旋鏈上帶負電荷的磷酸基團結合.若不形成二聚體則對DNA的親和結合力明顯降低.在肝臟、小腸上皮、脂肪細胞和某些腦細胞中有稱為C/EBP家族的一大類蛋白質能夠與CAAT盒和病毒增強子結合,其特徵就是能形成bZIP二聚體結構.
作為蛋白質的轉錄因子從功能上分析其結構可包含有不同區域：①DNA結合域（DNA binding domain）,多由60-100個氨基酸殘基組成的幾個亞區組成；②轉錄啟用域（activating domain）,常由30-100氨基酸殘基組成,這結構域有富含酸性氨基酸、富含谷氨醯胺、富含脯氨酸等不同種類,一酸性結構域最多見；③連線區,即連線上兩個結構域的部分.不與DNA直接結合的轉錄因子沒有DNA結合域,但能透過轉錄啟用域直接或間接作用與轉錄複合體而影響轉錄效率.與DNA結合的轉錄因子大多以二聚體形式起作用,與DNA結合的功能域常見有以幾種：①螺旋-轉角-螺旋（helix-turn-helix,HTH）及 螺旋-環-螺旋(helix-loop-helix,HLH） 這類結構至少有兩個α螺旋其間由短肽段形成的轉角或環連線,兩個這樣的motif結構以二聚體形式相連,距離正好相當於DNA一個螺距(3.4nm）,兩個α螺旋剛好分別嵌入DNA的深溝.②鋅指（zinc finger） 其結構如圖 所示,每個重複的“指”狀結構約含23個氨基酸殘基,鋅以4個配價鍵與4個半胱氨酸、或2個半胱氨酸和2個組氨酸相結合.整個蛋白質分子可有2-9個這樣的鋅指重複單位.每一個單位可以其指部伸入DNA雙螺旋的深溝,接觸5個核苷酸.例如與GC盒結合的轉錄因子SP1中就有連續的3個鋅指重複結構.③鹼性-亮氨酸拉鍊（basic leucine zipper,bZIP） 這結構的特點是蛋白質分子的肽鏈上每隔6個氨基酸就有一個亮氨酸殘基,結果就導致這些亮氨酸殘基都在α螺旋的同一個方向出現.兩個相同的結構的兩排亮氨酸殘基就能以疏水鍵結合成二聚體,這二聚體的另一端的肽段富含鹼性氨基酸殘基,借其正電荷與DNA雙螺旋鏈上帶負電荷的磷酸基團結合.若不形成二聚體則對DNA的親和結合力明顯降低.在肝臟、小腸上皮、脂肪細胞和某些腦細胞中有稱為C/EBP家族的一大類蛋白質能夠與CAAT盒和病毒增強子結合,其特徵就是能形成bZIP二聚體結構.