現代隨身碟的主流檔案系統格式有三種：FAT32、NTFS、exFAT。它們各有各自的特點，可以根據實際需要選擇。 FAT32格式： Windows平臺的傳統檔案格式通用格式，任何USB儲存裝置都會預裝該檔案系統，可以在任何操作平臺上使用。Windows 95第二版首次引入，取代FAT16(支援檔案最大容量2GB)，相容性很好，但缺點是對檔案大小有限制，不支援超過4GB的檔案。 所以，對於很多大型遊戲、映象檔案、壓縮包、影片，它是沒有辦法的。 另外，FAT32格式硬碟分割槽的最大容量為2TB，雖然隨身碟做不到，但是現在1xTB硬碟都有了，FAT32已經落後於時代，能不用就別用。 現在格式化隨身碟的時候，FAT32仍然是預設操作，Windows 10也是如此，更多是出於相容性的保守考慮。 NTFS格式： Windows平臺目前應用最廣泛的格式，也是目前最好的，支援大容量檔案和超大分割槽，而且有很多高階技術，包括長檔名、壓縮分割槽、事件追蹤、檔案索引、高容錯性、資料保護和恢復、加密訪問等等。 但是，NTFS仍然是針對機械硬碟設計的，會記錄詳細的硬碟讀寫操作，因此對於快閃記憶體會有很大的負擔和傷害，容易影響壽命。 快閃記憶體儲存晶片讀寫次數是有限的，使用日誌式檔案系統的話，意味著所有對磁碟的操作都要記錄日誌。大量的小檔案讀寫對於隨身碟的傷害是極大的，會縮短隨身碟壽命。 exFAT格式： 最適合隨身碟的檔案格式，是微軟為快閃記憶體隨身碟量身定製的，效能和技術支援很先進，同時針對快閃記憶體最佳化保護，不會造成多餘的傷害。 exFAT（Extended File Allocation Table File System，擴充套件FAT，也稱作FAT64，即擴充套件檔案分配表）是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一種適合於快閃記憶體的檔案系統，為了解決FAT32等不支援4G及其更大的檔案而推出。對於快閃記憶體，NTFS檔案系統不適合使用，exFAT更為適用。對於磁碟則不太適用exFAT。 它比NTFS簡單，比FAT32大，Vista開始系統都支援。mac通用。 主要好處包括：增強桌上型電腦/筆記本、移動裝置之間的互操作能力、單檔案最大16EB、剩餘空間分配表改善空間分配行、同一目錄下最多65536個檔案、支援訪問控制。 最大的缺點是沒有檔案日誌功能，這樣就不能記錄磁碟上檔案的修改記錄。 (計算機儲存單位一般用B，KB，MB，GB，TB，PB，EB，ZB，YB，BB來表示)
現代隨身碟的主流檔案系統格式有三種：FAT32、NTFS、exFAT。它們各有各自的特點，可以根據實際需要選擇。 FAT32格式： Windows平臺的傳統檔案格式通用格式，任何USB儲存裝置都會預裝該檔案系統，可以在任何操作平臺上使用。Windows 95第二版首次引入，取代FAT16(支援檔案最大容量2GB)，相容性很好，但缺點是對檔案大小有限制，不支援超過4GB的檔案。 所以，對於很多大型遊戲、映象檔案、壓縮包、影片，它是沒有辦法的。 另外，FAT32格式硬碟分割槽的最大容量為2TB，雖然隨身碟做不到，但是現在1xTB硬碟都有了，FAT32已經落後於時代，能不用就別用。 現在格式化隨身碟的時候，FAT32仍然是預設操作，Windows 10也是如此，更多是出於相容性的保守考慮。 NTFS格式： Windows平臺目前應用最廣泛的格式，也是目前最好的，支援大容量檔案和超大分割槽，而且有很多高階技術，包括長檔名、壓縮分割槽、事件追蹤、檔案索引、高容錯性、資料保護和恢復、加密訪問等等。 但是，NTFS仍然是針對機械硬碟設計的，會記錄詳細的硬碟讀寫操作，因此對於快閃記憶體會有很大的負擔和傷害，容易影響壽命。 快閃記憶體儲存晶片讀寫次數是有限的，使用日誌式檔案系統的話，意味著所有對磁碟的操作都要記錄日誌。大量的小檔案讀寫對於隨身碟的傷害是極大的，會縮短隨身碟壽命。 exFAT格式： 最適合隨身碟的檔案格式，是微軟為快閃記憶體隨身碟量身定製的，效能和技術支援很先進，同時針對快閃記憶體最佳化保護，不會造成多餘的傷害。 exFAT（Extended File Allocation Table File System，擴充套件FAT，也稱作FAT64，即擴充套件檔案分配表）是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一種適合於快閃記憶體的檔案系統，為了解決FAT32等不支援4G及其更大的檔案而推出。對於快閃記憶體，NTFS檔案系統不適合使用，exFAT更為適用。對於磁碟則不太適用exFAT。 它比NTFS簡單，比FAT32大，Vista開始系統都支援。mac通用。 主要好處包括：增強桌上型電腦/筆記本、移動裝置之間的互操作能力、單檔案最大16EB、剩餘空間分配表改善空間分配行、同一目錄下最多65536個檔案、支援訪問控制。 最大的缺點是沒有檔案日誌功能，這樣就不能記錄磁碟上檔案的修改記錄。 (計算機儲存單位一般用B，KB，MB，GB，TB，PB，EB，ZB，YB，BB來表示)
SSD雖然同樣是快閃記憶體但不要用這種格式，還是用NTFS。