傳統制法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的穀氨酸，被認為是納豆美味的來源。
二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙製容器盛裝販售。因此現代的製作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能製成納豆。
而製作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，將抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現納豆，其他發酵食品可能也有類似情況，製程需多加留意。
納豆菌屬於弱酸性，會阻礙乳酸菌製造的乳酸。在技術上已經開發出氣味較弱的納豆，但由於使用了活發性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活動力，並可能造成其他細菌開始繁殖，因此應避免食用超過儲存期限的納豆。
食用方式
傳統上先將納豆加上醬油或日式芥末(一般在百貨所賣的盒裝納豆，使用的是日式淡醬油還有黃芥末)，攪拌至絲狀物出現，置於白飯上食用，是為納豆飯。也有人將納豆和生雞蛋、蔥、茗荷、蘿蔔、柴魚等各種食材一起混合。在北海道、東北地方有時也將納豆和砂糖混合。亦有加上美乃滋的創意吃法。若未經攪拌便加入醬料會使水分過多，粘性也會有所消減，蔥和芥末則能抑制「納豆氨」刺鼻的氣味。不習慣吃納豆者則以為是腐壞的水煮黃豆。
傳統制法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的穀氨酸，被認為是納豆美味的來源。
二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙製容器盛裝販售。因此現代的製作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能製成納豆。
而製作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，將抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現納豆，其他發酵食品可能也有類似情況，製程需多加留意。
納豆菌屬於弱酸性，會阻礙乳酸菌製造的乳酸。在技術上已經開發出氣味較弱的納豆，但由於使用了活發性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活動力，並可能造成其他細菌開始繁殖，因此應避免食用超過儲存期限的納豆。
食用方式
傳統上先將納豆加上醬油或日式芥末(一般在百貨所賣的盒裝納豆，使用的是日式淡醬油還有黃芥末)，攪拌至絲狀物出現，置於白飯上食用，是為納豆飯。也有人將納豆和生雞蛋、蔥、茗荷、蘿蔔、柴魚等各種食材一起混合。在北海道、東北地方有時也將納豆和砂糖混合。亦有加上美乃滋的創意吃法。若未經攪拌便加入醬料會使水分過多，粘性也會有所消減，蔥和芥末則能抑制「納豆氨」刺鼻的氣味。不習慣吃納豆者則以為是腐壞的水煮黃豆。