《本草綱目》共收錄了中藥1892種，共52卷。卷一至四是全書的附錄，收入序言、凡例、目錄、附圖、引用書目、資料及一些醫藥基礎理論等等。卷五以後是全書的主體部分，李時珍把所有藥物分為16部：水部、火部、土部、金石部、草部、谷部、菜部、果部、木部、服器部、虫部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部。

每一部又分為若干類，共計62類。其中植物1195種，動物340種，礦石357種。書中更有歷代醫家臨床驗方11096種，其中8100多個為新增，另附各種礦植物插圖1127幅。在藥物解說方面，本草綱目包括八個部分：第一，釋名，羅列典籍中藥物的異名，並解說諸名的由來；第二，集解，集錄諸家對該藥產地、形態、栽培、採集等的論述；第三，修治，介紹該藥的炮製法和儲存法；第四，氣味，介紹該藥的藥性；第五，主治，列舉該藥所能治的主要病症；第六，發明，闡明藥理或記錄前人和自己的心得體會；第七，正誤，糾正過去本草書中的錯誤；第八，附方，介紹以藥為主的各種驗方及其主治。

《本草綱目》的分類是先無機物而後有機物，先植物而後動物。在植物類藥物中，則先草、谷、菜而後果、木；在動物類藥物中，則先蟲、鱗、介而後禽、獸，最後則敘述人類藥。該書首先是對礦物藥之科學分類，這在無機化學方面也已具備必須的水平。李氏記述的每一物質，均評論其來源、鑑別與化學性質。

該書以單體元素為綱，對各化合物作了比較全面的論述和分類，大體上對前代所存在的混亂作了澄清。在生物藥的分類方面，能說是劃時代的，基本上採用了“雙#法”。其法雖不能達到 現代所應用的拉丁系統雙名法那麼科學精確，但在明代卻是世界上最為先進的。其次在關 於動物藥之分類方面，基本上有以下之特點，例如書中的蟲類相當於無脊椎動物，鱗類相 當於魚類和部分爬行類，介類則相當於兩棲類和少數軟體動物類，禽類則為鳥類，獸類系 哺乳類動物。

其分類方法富有科學性，代表了當時的先進水平，近代中外學者稱讚其有著 生物進化論思想，為把人為分類法推向自然分類法作出了重要貢獻。在藥物學發展方面，也做出了卓越的貢獻。不但考訂了前人1518種藥物，並以自己的 親身實踐，調查研究，搜詢訪驗，為中國醫藥寶庫增加新藥374種。

在藥物鑑別方面，《本草綱目》糾正了明代之前《本草》中的許多錯誤和非科學內容。 關於水銀的記述，更能說明李時珍嚴肅認真求實的科學態度和無畏精神；他的認識在當時 達到科學發展的最新水平，對徹底根除服水銀以求長生的荒謬做法產生了積極的作用。

《本草綱目》共收錄了中藥1892種，共52卷。卷一至四是全書的附錄，收入序言、凡例、目錄、附圖、引用書目、資料及一些醫藥基礎理論等等。卷五以後是全書的主體部分，李時珍把所有藥物分為16部：水部、火部、土部、金石部、草部、谷部、菜部、果部、木部、服器部、虫部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部。每一部又分為若干類，共計62類。其中植物1195種，動物340種，礦石357種。書中更有歷代醫家臨床驗方11096種，其中8100多個為新增，另附各種礦植物插圖1127幅。在藥物解說方面，本草綱目包括八個部分：第一，釋名，羅列典籍中藥物的異名，並解說諸名的由來；第二，集解，集錄諸家對該藥產地、形態、栽培、採集等的論述；第三，修治，介紹該藥的炮製法和儲存法；第四，氣味，介紹該藥的藥性；第五，主治，列舉該藥所能治的主要病症；第六，發明，闡明藥理或記錄前人和自己的心得體會；第七，正誤，糾正過去本草書中的錯誤；第八，附方，介紹以藥為主的各種驗方及其主治。《本草綱目》的分類是先無機物而後有機物，先植物而後動物。在植物類藥物中，則先草、谷、菜而後果、木；在動物類藥物中，則先蟲、鱗、介而後禽、獸，最後則敘述人類藥。該書首先是對礦物藥之科學分類，這在無機化學方面也已具備必須的水平。李氏記述的每一物質，均評論其來源、鑑別與化學性質。該書以單體元素為綱，對各化合物作了比較全面的論述和分類，大體上對前代所存在的混亂作了澄清。在生物藥的分類方面，能說是劃時代的，基本上採用了“雙＃法”。其法雖不能達到 現代所應用的拉丁系統雙名法那麼科學精確，但在明代卻是世界上最為先進的。其次在關 於動物藥之分類方面，基本上有以下之特點，例如書中的蟲類相當於無脊椎動物，鱗類相 當於魚類和部分爬行類，介類則相當於兩棲類和少數軟體動物類，禽類則為鳥類，獸類系 哺乳類動物。其分類方法富有科學性，代表了當時的先進水平，近代中外學者稱讚其有著 生物進化論思想，為把人為分類法推向自然分類法作出了重要貢獻。在藥物學發展方面，也做出了卓越的貢獻。不但考訂了前人1518種藥物，並以自己的 親身實踐，調查研究，搜詢訪驗，為中國醫藥寶庫增加新藥374種。在藥物鑑別方面，《本草綱目》糾正了明代之前《本草》中的許多錯誤和非科學內容。 關於水銀的記述，更能說明李時珍嚴肅認真求實的科學態度和無畏精神；他的認識在當時 達到科學發展的最新水平，對徹底根除服水銀以求長生的荒謬做法產生了積極的作用。