首先選用具有這兩對基因控制的相對性狀(前題是這兩對基因分別控制兩對相對性狀)的生物個體(純合體)進行雜交，得到F1。例如AABB×aabb，F1為AaBb。然後可以用兩種方法進行判斷:(1)F1自交，如果後代出現了四種表現型，並且比例為9∶3∶3∶1，那麼可以判斷這兩對等位基因分別位於兩對同源染色體上，其遺傳遵循自由組合定律。分析:因為Aa、Bb分別位於兩對同源染色體上，則AaBb可以產生四種配子，即AB∶Ab∶aB∶ab=1∶1∶1∶1，雌雄配子隨機結合，子代會出現A-B-∶A-bb∶aaB-∶aabb=9∶3∶3∶1。如果後代不是這樣的結果，可以知道這兩對等位基因位於同一對同源染色體上，遵循連鎖遺傳定律。設A與B在一條染色體上，a與b在一條染色體上。又有兩種情況:一種是不發生交叉互換，那麼AaBb只產生兩種配子，即AB∶ab=1∶1，雌雄配子隨機結合，子代會出現A-B-∶Aaabb=3∶1，這種情況屬於完全連鎖。一種情況是發生交叉互換，那麼AaBb會產生四種配子，即AB、Ab、aB、ab，其中AB、ab佔多數，Ab、aB佔少數，這樣隨著雌雄配子的隨機結合，後代也會出現四種表現型，但表現為A-B-與aabb性狀的佔多數，A-bb與aaB-的性狀佔少數。這種情況屬於不完全連鎖。(2)F1測交。根本(1)的分析，可以順利推知，如果測交後代出現四種表現型，且比例為1∶1∶1∶1，那麼可以知道這兩對基因分別位於兩對不同的同源染色體上，它們遵循自由定律。如果測交後代出現兩種表現型，那麼可以知道這兩對基因位於同一對同源染色體上，為完全連鎖。如果測交後代出現四種表現型，但與親本性狀相同的個體佔多數，重組型別的個體佔少數，為不完全連鎖。

基因連鎖群（linkage group），位於一條染色體上的所有基因。因此可知基因連鎖群的數目和染色體對的數目相等。例如果蠅的染色體數目為四，基因連鎖群的數目也為四。