會議討論了佔領德國的基本原則，規定解除德國全部武裝，摧毀一切軍事工業和納粹組織，懲辦戰犯，實行政治生活民主化，經濟上消滅過分集中現象，實現分散化。關於波蘭西部疆界問題，規定德國原來的東部領土，以及不歸蘇聯管轄的一部分東普魯士及原但澤自由區，均由波蘭政府管轄。英美同意與波蘭全國統一臨時政府建立外交關係。會議決定儘快組織國際法庭，對戰犯進行審判。英美還同意將哥尼斯堡及附近地區割讓給蘇聯。會議還討論了對日作戰、賠款等問題，並作了規定。蘇聯在會上重申按時參加對日作戰。1945年8月2日三國首腦簽署了《蘇美英三國柏林（波茨坦）會議議定書》。波茨坦會議對加速第二次世界大戰的結束具有重要意義，但會議也表明，隨著戰爭接近尾聲，英美同蘇聯之間的矛盾和鬥爭日益激化。

會議討論了德國問題、波蘭問題、奧地利問題、締結和約接納聯合國會員等一系列問題，會議的重點是德國問題。經過激烈的爭論，會議確定了美、蘇、英、法四國管制和處置德國的政治及經濟原則。會議規定，徹底剷除納粹主義和軍國主義，消滅壟斷組織，在民主基礎上重建德國政治生活。關於德國賠償問題，確定“蘇聯所提的賠償要求，將以沒收德國境內蘇佔區的資產及相應的德國國外投資予以滿足”。此外，蘇聯還可以從西方佔領區所拆遷的工業設施中無償得到10%和以商品支付的15%作為賠償。“美國、英國以及有權獲得賠償的其他國家的賠償要求，將自西部各佔領區及相應的德國國外投資予以滿足”。會議還決定，把原德國東普魯士的哥尼斯堡（今加里寧格勒）及其鄰近地區讓予蘇聯。 波茨坦會議還討論了對日作戰問題。會議期間發表了“美英中三國政府領袖公告”（史稱《波茨坦公告》），促令“日本政府立即宣佈所有日本武裝部隊無條件投降”。後來蘇聯出兵對日作戰時，也宣佈加入《波茨坦公告》，《波茨坦公告》成為四國的對日共同宣言。

波茨坦會議就義大利和原德國附屬國問題、西班牙問題、控制黑海海峽等問題進行了討論，並重申要審判主要戰爭罪犯。這次會議是三大國首腦在戰爭期間召開的最長的一次會議，也是最後一次會議。它對於奪取反法西斯戰爭的最後勝利具有重大意義，為建立戰後新秩序打下了基礎，對戰後國際關係的發展產生了重大影響。