（一）採收9月上、中旬，銀杏種子成熟，即可採收。成熟的標準是外種皮由青色變成橙黃色，表面覆蓋一層薄薄的白粉，用手捏之鬆軟，中種皮完全木質化。採集時用帶鐵鉤的小竹竿（木棍）伸入樹冠內，由裡向外輕輕地搖動，或上樹徐徐搖晃，以儘量減輕對短枝和葉片的損傷。就提高種子的品質和產量而言，最好的辦法是讓其充分成熟後自然落掉，人工拾揀。

（二）加工採後的種子可堆積在場地上，厚度不超過30釐米，上面覆蓋溼草，數天後外種皮即腐爛、軟化，與木質中種皮脫離，這時便可穿上橡膠防雨鞋輕輕踩搓或戴上橡皮手套揉搓，或者裝入筐內，在流水中輕輕搗洗，以除掉外種皮。脫皮後立即置流水中進行沖洗，以除淨殘留的外種皮，取出曬乾備用。若種、藥兼用，在脫皮沖洗後就攤放在室外通風處陰乾，攤放厚度一般20釐米左右。在陰乾過程中，每天需翻動一次，防止發黃或黴汙。要注意中種皮潔白無汙染，否則會降低核果（白果）的商品價值。此法存放時間可保持20天左右，如繼續堆放，必將使種仁萎縮，嚴重影響發芽率和白果的商品價值。

妥善儲存的方法，一是放在0℃的恆溫庫中儲存；二是挖坑混沙貯藏。

銀杏的外種皮含有醇、酚、酸等多種化學物質，不僅有惡臭，而且對人有強烈的腐蝕作用，常引起瘙癢、皮炎或水皰，嚴重者將導致痙攣或腐蝕面板似灼傷狀，故在採收、加工過程中面板不可直接觸及破損的外種皮。

銀杏種子採收後不久，銀杏葉也逐漸變黃隨風飄落，可將其收集起來，清除雜質、土塊，曬乾，供藥用。