這篇會結合《新世紀福音戰士》的TV版和新劇場版來進行說明。在第二次衝擊之後，為了執行人類補完計劃，NREV各支部開始進行E計劃：目的是製造至少12臺EVA來對莉莉絲進行處刑。EVA是使徒的複製體，初號機為莉莉絲的複製，二號機以後的機體為亞當的複製。計劃實施過程中發生了不少意外，有的機體也沒怎麼登場，以下是詳細說明：

零號機：

作為原型的第一臺機體，駕駛者為綾波麗。試驗階段為黃色塗裝，11集之後改為藍色。碇司令說過“這是南極巨人的複製品”，可以推測初號機的原型同樣也是亞當。

在23集與十六使徒的對戰中，選擇了自爆與使徒同歸於盡。這段為碇真嗣犧牲的情節，也象徵著2號綾波麗自我意識的誕生。

初號機：

莉莉絲的複製體，駕駛者是碇真嗣。在最初的實驗階段，吸收了碇唯的靈魂，所以與碇真嗣有很高的同步率。多次為保護碇真嗣暴走。與力天使對戰中，吞噬了對方，獲得了S2機關。

《EVA：破》中覺醒為完全體。被從天而降的卡西烏斯之槍打斷了施法。。

在劇場版《真心為你》中，被作為莉莉絲的替代品遭受了處刑。莉莉絲引發第三次衝擊後，飄向了宇宙，變為永恆的存在。

二號機：

亞當的複製體，駕駛者為明日香。在啟動實驗中吸收了明日香母親的部分靈魂，所以與明日香有較高的同步率。在劇場版《真心為你》中對戰九臺量產機，最後被刺穿左眼，被量產機吞噬。

新劇場版中明日香駕駛三號機受傷之後，由真希波瑪麗代替駕駛，彈出了體內拘束器，解開了“獸化”模式。

三號機：

在美國NERV支部生產，運輸到日本的過程中遭到使徒BARDIEL侵蝕（Seele的陰謀）。在與EVA初號機的戰鬥中，被傀儡系統操作的初號機擊敗。同時駕駛員鈴原東治也因為這件事身負重傷，對於碇真嗣是一次強烈的打擊。

四號機

四號機在動畫中就沒露過面。在NERV的美國支部生產，進行S2機關搭載的時候出現了意外，隨著巨大的爆炸，跟整個基地一同消失。

推測這場意外Seele主導的，美國支部的消失，成為了把被使徒侵蝕的三號機運往日本NERV總部的契機。其實就是想坑死老碇。

五號機（臨時）

《EVA：破》中登場，駕駛者為真希波瑪麗。其實五號機最初登場的時候並不是完全體形態，不過四隻腳帶輪子的設計確實更適合在隧道中戰鬥。捏爆了三號使徒的核心之後，加持良治設定的自爆程式也正常啟動。未開發完成的五號機在爆炸中與使徒一起葬身火海。

六號機：

登場於《EVA：破》的片尾曲之後，駕駛著為渚燻。用卡西烏斯之槍刺穿了初號機，暫時中止了第三次衝擊。在月球上生產，是EVA的最終形態，效能更強，且搭載S2機關，有無盡的能源。

《EVA：Q》中登場原本被封印在莉莉絲的身體中，碇真嗣驅動13號機拔出朗槍之後，封印解除後被識別成為12使徒。被綾波麗駕駛九號機砍了頭之後，化為無數核心包圍了13號機，之後被13號機吞噬。

七號機：

7在猶太教中是一個神聖的數字，動畫中並未提及7號機。（不代表沒有7號，10,11,12也未出現過）

八號機：

登場於《EVA：Q》，駕駛著為真希波瑪麗。通體粉紅色，有八隻眼睛，擅長使用狙擊槍等進行遠距離支援。

九號機：

《EVA：Q》中登場，駕駛者為綾波麗，在救出碇真嗣的時候被八號機爆了頭，但仍然能正常活動。後半段使用鐮刀作戰。

片尾正式化作“亞當的容器”，全身都是核心，連獸化的二號機都無法輕易摧毀。於是明日香選擇讓二號機自爆，兩臺機體同歸於盡。

十三號機

被稱為“最後的執行者”。特殊的雙人駕駛設計，搭載了渚薰和碇真嗣，為的是靠著兩份靈魂同時掌握“朗基努斯之槍”和“卡西烏斯之槍”，可惜的是莉莉絲的殘骸中插著的是兩把朗槍。

有四條手臂和四隻眼睛，渚薰被炸死之後熄滅了兩隻。

在吞噬了12號使徒之後完全覺醒，企圖引發第四次衝擊。渚燻使用兩把朗槍刺入其體內依然沒有完全阻止它，最終是八號機抽走了碇真嗣的插入栓，才成功阻止了第四次衝擊的發生。

量產機：

Seele直屬機型，用於處刑莉莉絲。共有九臺，靈魂是以渚薰為樣板的傀儡系統。在《真心為你》中吃掉了二號機，並引導了對初號機的處刑儀式。

起初EVA是以處刑者的身份被製造出來，然而在製造過程中因為各種錯漏以及外界影響導致計劃無法順利進行，因此最終制造出來的僅有以下九種機型。

【零號機】是綾波麗所駕駛的EVA機體，起初在實驗階段的原型機為通體黃色，後來在與使徒的對戰中出現損毀，在完全修復後變為通體藍色兩肩各置一個副翼平衡裝備。

【初號機】以莉莉絲為原型製造出的EVA機體，擁有自我意識的初號機每當駕駛者受到威脅便會進入暴走狀態，曾經生吞使徒之一的力天使並獲得S2。

【二號機】通體紅色的二號機由明日香操作，不僅擁有高振動粒子刀，而且還跟初號機一樣擁有專屬的外形，雖然高振動粒子刀在其他機體上也有裝配，但是二號機的刀是唯一的替換式，即便戰鬥中損毀也可以替換下一把刀片（很像我們用的美工刀）。

【三號機】的機體因為遭到使徒的侵蝕，所以最後被擬人模式操作的初號機掀開胸甲、壓扁腦袋、扯斷四肢、扯出能源提供裝置後嚴重損毀（報廢）。

【四號機】在效能方面基本與二號機相同，與三號機相反的是採用銀白色塗裝，動畫中它並沒有正式出場，因為在美國的S2機關搭載試驗中，與NERV第二支部一塊消失了，所以簡單瞭解一下就行。

【五號機】全稱為“局地限用型暫設五號機(EVA-05)”，效能與其他EVA機體有很大差別，右手是可拆卸的騎士長矛，左手可裝配鉗子代替EVA的雙手，由於同步率的問題導致五號機的力量低於其他機型。

【六號機】是出現在《EVA新劇場版：破 》裡面的新機型，SEELE將其稱之為“真正的EVA”，造型方面與初號機相近，頭上有角狀裝置和光環，造型與初號機有少許接近，頭上有角及光環，武器為最後出現的隆基努斯之槍的複製品“破”。

【八號機】是《EVA新劇場版：破》的預告中出現的新機體，頭頂部曾出現與初號機覺醒時相同的光環，而且光環面積遠比初號機大，也是光環中唯一流動的光環。

【量產機】是劇場版中的九架量產型無人EVA，外表沒有眼睛，每臺量產機上都搭載有S2機關，不同於其他EVA機體，它們的動力原是為無限，同時S2機關在理論上讓它們具有像使徒一樣的自我修復能力，既具備飛行能力鼬擁有極強的破壞力，當全部量產機同時參戰，無疑就是跟狼群戰鬥，最終的結果可想而知。