據記載，康熙並沒有處死湯若望。

順治元年(1644)，清軍進入北京，明亡。湯若望以其天文曆法方面的學識和技能受到清廷的保護，受命繼續修正曆法。他用西法修訂的歷書被清廷定名《時憲曆》，頒行天下。同年十一月，命掌欽天監事。

次年，他以《崇禎曆書》為基礎纂成《西洋新法曆書》一百零三卷，進呈攝政王多爾袞，封太常寺少卿。八年順治帝親政後，先後授太僕寺卿、太常寺卿、通政使並賜號“通玄教師”(康熙帝時為避諱，改“通微教師”)。湯若望經常出入宮廷，對朝政得失多所建言，先後上奏章三百餘封。順治帝臨終議立嗣皇，曾徵求湯若望意見。康熙三年(1664)，楊光先在輔政大臣鰲拜等支援下，控告湯若望等傳教士借修歷為名，內外勾連，謀為不軌。湯若望被捕入獄，次年擬凌遲處死。不久京師地震，湯若望免死羈獄，旋獲孝莊太皇太后特旨釋放。

康熙五年七月十五(1666年8月15日)，病死於寓所。享年75歲。1669(康熙八年)9月，湯若望得到徹底昭雪，恢復“通玄教師”之名，1669年12月8日，康熙帝賜地重葬湯若望於利瑪竇墓旁，御賜祭文一篇，鐫刻在湯若望墓碑的反面，從“鞠躬盡瘁，恤死報勤，國之盛典”等用詞足以見中國一代明君對這位來自萬里之遙、萊茵河畔的德國傳教士高度的評價和認同。

　湯若望這個名字，是來華後改的，他本名為亞當·約翰，是個德華人。1619年7月15日，二十七歲的亞當·約翰與一批教友來到澳門，嘗試在當地傳教。與此同時，明朝為了鎮壓農民起義和抵禦後金，專門派出了特使前往澳門向葡萄牙人採購火炮。

　　當時，澳門當地民眾與傳教士之間的矛盾日益尖銳，使得亞當·約翰等人很難在澳門立足。這些進退維谷的傳教士，得知明朝官員來澳門採購火炮，認為這是一個不錯的機會，便前去毛遂自薦，稱自己為火器專家，可以為明朝政府提供技術幫助。

　　就這樣，這夥人頂著火器專家的頭銜，從澳門啟程，開始北上。由此，亞當·約翰的人生也發生了轉折。

　　在北上途中，亞當·約翰給自己起了箇中文名字——湯若望。湯若望為了贏得士大夫的認同，曾下了一番苦工，對中國的天文曆法和儒學進行了系統的學習，而且堅持學習漢語，能夠講一口地道的北京話。數年之後，湯若望得到了崇禎皇帝的賞識，並順利進入朝中為官。

　　在明朝任職的湯若望，主要做過兩件事，一是觀測天文、修訂曆法，二是幫崇禎鑄造火炮。相對而言，崇禎帝更看重後者。湯若望是以火器專家的身份進入北京的，因而崇禎曾命其講解關於西方戰袍的知識，還於崇禎九年(1636年)命湯若望等人鑄造火炮。

　　在此後的兩年中，湯若望等人盡心竭力地鑽研實驗，終於造出了二十門大炮。這個數量雖然不起眼，但在明末時，已經是堪稱先進武器了。不過，與鑄造火炮相比，湯若望的優勢和興趣還是在天文曆法方面，因而歷史上的湯若望，並未對火炮等傾注太多心血。

　　明亡後，湯若望因精通曆法而被清朝續用，並再次升遷

　　1644年，李自成攻破北京城，崇禎帝自縊於煤山。不久，鎮守山海關的吳三桂降清，引清兵入關，明清鼎革，江山易主。雖說一朝天子一朝臣，但握有真才實學的人，還是不會被輕易淘汰的。

　　在明朝任職時，湯若望便一直潛心觀測天文、修正曆法，到清軍入關時，已小有成就，因而受到了清廷的重視。在局勢穩定後，湯若望向攝政王多爾袞程序了《西洋新法曆書》一百零三卷。多爾袞見其確實有才，便晉升湯若望為太常寺少卿。到順治七年(公元1650年)時，湯若望又被委任為欽天監監正，成為執掌全國天文、曆法的最高官員。

　　湯若望是西學東漸時期的關鍵人物，他學貫中西，曾贏得了不少士大夫的認同，甚至獲得了最高統治者的垂青。順治帝親政後，對湯若望一直非常倚重，經常向其請教西方科學知識，而湯若望也得以能夠經常出入紫禁城。不僅如此，在順治病重時，在選任繼承人問題上拿捏不定，還曾徵求過湯若望的意見。

　　據說，當時湯若望指出，在諸位皇子中，玄燁已經出痘康復，應該是比較合適的人選，而身患天花的順治，也覺得其說合理，因而聽從了他的建議。此事雖為湯若望所載，真假難辨，倒也從側面反映出這個傳教士確實頗受倚重。

　　在明清兩朝任職的湯若望，先後贏得了崇禎、多爾袞、順治等人的信賴，而且能在大順政權中躲過一劫，在官場平步青雲，他的一生真可謂如同開掛。

　　那麼，為何到康熙朝時，湯若望又突然被判死刑，而且還被是被判決凌遲呢?說起這事兒來，其實湯若望自己也蠻冤枉的。

　　遭政敵攻訐誣陷，湯若望被判凌遲，後又幸得恩免

　　古人對風水極為看重，帝王世家更是如此。帝王與皇親貴胄死後，需反覆進行堪輿、測定、推算。欽天監雖然主管天文曆法，但也常負責此類事宜。然而，堪輿之術已有千百年的歷史，而湯若望雖然精通天文曆法，也瞭解部分堪輿之術，但終究還是難免有些生疏。

　　順治十五年(1658年)時，和碩榮親王去世，曾由湯若望等人負責推算安葬日期。在具體操作時，欽天監負責人員依照“洪範五行”推演，沒有使用“正五行”。其實，無論是洪範五行與正五行，均為堪輿推演之術，採用哪種，也並無定論。然而，這卻成為了湯若望遭人攻訐的把柄。

　　和碩榮親王為順治帝第四子，為董鄂妃所生，曾深受恩寵，可惜生下數月便夭折。到順治帝死後，楊光生舊事重提，於康熙三年(1664年)九月上奏彈劾湯若望等人，稱其在推演安葬日期時存在疏忽，而且編寫的新曆也有漏洞。

　　此後，該案交由議政王大臣會議審理裁決。康熙四年(1665年)三月十六，終於對此案宣判，認定湯若望等人確實存在疏忽，並擬定為凌遲之刑，交由康熙裁定。不過，此時康熙帝尚年幼，主事者為輔政大臣與孝莊皇太后。經過一番權衡，還是決定對湯若望等人予以恩免：

　　湯若望系掌印之官，於選擇事情不加詳慎，輒爾準行，本當依擬處死。但念專司天文，選擇非其所習，且效力多年，又復衰老，著免死。——《清聖祖實錄》

　　在最終裁決時，考慮到湯若望並非專職堪輿人員，雖有失職之嫌，但念在他為朝廷效力多年，而且已經老邁，因此還是對其進行了寬宥。就這樣，原本被定為凌遲之刑的古稀老人，終於躲過一劫。同時，湯若望手下杜如預、楊宏量等人也被開恩免死。

　　關於湯若望等人死裡逃生，還有另一則傳說。就在議政王大臣等裁議湯若望等人有罪，判其凌遲之刑時，京城發生了一場地震。由於湯若望、杜如預、楊宏量等人為欽天監官員，所以朝中不少人認為這可能是上天預警，最終決定予以寬宥。

　　不管如何，在東方生活、任職了近半個世紀的湯若望，總算是保全了一條老命。當時，他已經患有偏癱，甚至難以自辯。被釋放後，湯若望在疾病纏身中度過了生命中的最後幾年，死後被葬於利瑪竇墓旁。就這樣，一生宛如開掛的湯若望，在垂暮之年來了一場“歷險記”。