發票的存根聯丟了，要看丟失的是增值稅專用發票還是普通發票。
具體處理如下：
一、納稅人遺失增值稅專用發票的，必須在《中國稅務報》上刊登“遺失宣告”，並自行到轄區內的地級市報刊上刊登“遺失宣告”，同時持刊登“遺失宣告”時取得的發票（發票的抬頭必須有企業的名稱）到稅務機關查驗。 另外，根據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）的規定：一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
二、納稅人遺失普通發票的，必須自行到轄區內的地級市報刊上刊登“遺失宣告”，再攜帶以下資料去稅務機關辦理掛失手續：
（一）《發票掛失/損毀報告表》（一式一份，將《丟失被盜發票的書面報告》併入報告表中）。
（二）刊登“遺失宣告”取得的發票原件或影印件（發票抬頭載明企業名稱，可以到稅務機關報失後補辦登報手續）。
（三）提供公安部門受理報案的有關材料。 另外，根據《關於企業遺失收款方開具的發票聯如何處理等問題的通知》（國稅發〔1995〕380號 ）的規定：從外單位取得的發票聯如有遺失，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原來發票的號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批准後，才能代作原始憑證。
發票的存根聯丟了，要看丟失的是增值稅專用發票還是普通發票。
具體處理如下：
一、納稅人遺失增值稅專用發票的，必須在《中國稅務報》上刊登“遺失宣告”，並自行到轄區內的地級市報刊上刊登“遺失宣告”，同時持刊登“遺失宣告”時取得的發票（發票的抬頭必須有企業的名稱）到稅務機關查驗。 另外，根據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）的規定：一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
二、納稅人遺失普通發票的，必須自行到轄區內的地級市報刊上刊登“遺失宣告”，再攜帶以下資料去稅務機關辦理掛失手續：
（一）《發票掛失/損毀報告表》（一式一份，將《丟失被盜發票的書面報告》併入報告表中）。
（二）刊登“遺失宣告”取得的發票原件或影印件（發票抬頭載明企業名稱，可以到稅務機關報失後補辦登報手續）。
（三）提供公安部門受理報案的有關材料。 另外，根據《關於企業遺失收款方開具的發票聯如何處理等問題的通知》（國稅發〔1995〕380號 ）的規定：從外單位取得的發票聯如有遺失，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原來發票的號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批准後，才能代作原始憑證。