Ki-67為細胞增值的一種標記，在細胞週期G1、S、G2、M期均有表達，G0期缺如，其和許多腫瘤分化程度、浸潤、轉移、預後密切相關。PCNA(增埴細胞核抗原)。
多數腺癌表達CEA
Rb (retinoblastoma視網膜母細胞瘤) 基因是腫瘤抑制基因，調節細胞週期。
P53在免疫組化中均為突變型，陽性率越高，預後約差。野生型半衰期很短
Nm23是轉移抑制基因，其陽性表達和腫瘤轉移呈負相關。
E-Ca，E鈣粘附蛋白，介導細胞間粘連作用的跨膜糖蛋白，其功能喪失引起細胞之間連線的破壞，主要用於腫瘤侵襲和轉移方面的研究。
PS2（雌激素調節蛋白），其表達和ER表達有關，可作為內分泌治療和預後判斷的指標之一。
CK18，低分子量角蛋白，主要標記各種單層上皮包括腺上皮，而復層鱗狀上皮常陰性，主要用於腺癌診斷。
CK19，分佈於單層上皮和間皮，常用於腺癌診斷，肝細胞不表達，而膽管為陽性反應
Hep par 1,肝細胞抗原，正常肝細胞和高分化肝細胞癌陽性，低分化肝細胞癌多弱陽性或陰性。
CK20，用於胃腸道腺癌、卵巢黏液性腫瘤、面板Merkel細胞癌診斷。鱗癌、乳腺癌、肺癌、子宮內膜和卵巢非黏液性腫瘤常陰性。
CK7 卵巢、肺和乳腺上皮常陽性，結腸、前列腺、胃腸道上皮陰性。
Villin 絨毛蛋白，正常組織中，villin通常只表達於有刷狀緣的細胞上，如胃腸道上皮細胞、胰腺和膽管上皮細胞以及腎實質的上皮細胞中（特別是近曲小管）。Villin在胃腸道癌、胰腺癌、膽囊癌和膽管癌組織中有很高的表達率，具有明顯腺樣結構的腫瘤上沒有villin表達，則這個腫瘤為胃腸道、胰腺、膽囊或膽管來源的可能性極低。
乳腺癌也經常成為女性患者未知原發部位轉移癌要鑑別排除的一種疾病。因為在轉移癌組織上觀察到明顯的villin免疫組化陽性染色，則這個腫瘤就極不可能為乳腺來源。其他villin免疫組化染色通常為陰性表達的腫瘤還有：如卵巢漿液性癌、尿道移行細胞癌和前列腺癌。間皮瘤也經常為villin陰性表達，因此在一些情況下Villin還可以作為鑑別間皮瘤和腺癌使用抗體的一種。
肝癌的診斷 : Villin免疫組化染色可以顯示出毛細膽管結構，因此它也可能在表達部分肝癌的管狀結構上很有用。多克隆CEA是用於此目的的第一種試劑，而且CD10 (CALLA)在表達肝癌的該結構上也非常有用。多克隆CEA、villin和CD10 (CALLA)在肝癌病例上的表達，相互之間並沒有任何的衝突，因此如果懷疑肝癌的可能性，建議將這三種抗體共同使用以協助疑難病例的診斷。
Villin在神經內分泌腫瘤上的應用 : Villin在神經內分泌腫瘤的研究上也很有幫助。眾所周知，類癌和胰腺的胰島細胞腫瘤具有相相似的形態學特徵，僅在形態學上區分這兩種腫瘤幾乎是不可能的。Villin在這種情況下特別有用，因為據文獻報道在85%的胃腸道類癌病例中有villin的表達，但在胰島細胞腫瘤上未見陽性表達報道。Villin在類癌上的表達通常為胞膜陽性。另外，有一些證據表明villin在胃和下消化道的小細胞癌上的表達率比在其他部位的小細胞癌上要高。如：肺、食道、膀胱或前列腺等。據文獻報道，大約有40%的肺類癌病例villin陽性，在其他一些神經內分泌腫瘤上，如甲狀腺髓樣癌和少數的美克爾細胞瘤上也有villin的表達。
MRP1多藥耐藥相關蛋白1，影響化療敏感性，和預後相關。
MDR 多藥耐藥基因
TS胸苷合成酶，是5-FU重要作用靶點，如果其高表達，陽性反映++以上，提示腫瘤細胞對5FU耐藥。
Syn 突觸素 神經組織標誌 : S-100 神經組織標誌，存在於神經組織，垂體、頸動脈體，腎上腺髓質、唾液腺、少數間葉組織，常用於神經鞘瘤、惡黑、脂肪肉瘤、軟骨腫瘤診斷。
NSE 主要用於神經內分泌腫瘤診斷
Chr,嗜鉻素，腎上腺髓質含量很高，鑑別腎上腺髓質和皮質，用於神經內分泌腫瘤診斷。
CKH 高分子角蛋白，主要標記鱗狀細胞腫瘤
CKL 低分之角蛋白，主要標記單層上皮、腺上皮
EMA 上皮膜抗原，糖蛋白，廣泛分佈各種上皮及其腫瘤
Vim 波形蛋白，間葉組織標誌
P504 甲醯基輔酶A消旋酶檢測診斷前列腺癌的敏感性為97％，特異性為100％。
AMACR的優點在於它是癌症特異性，只存在於癌症組織。Rubin稱，AMACR亦可用作其他癌症的診斷標誌物。對各種癌症細胞進行檢查後發現，結腸直腸癌、卵巢癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、淋巴瘤和黑素瘤都過度表達AMACR，以結腸直腸癌和前列腺癌表達最高。
CD117 胃腸間質瘤
CD10 作為共同急性淋巴母細胞型白血病抗原，主要表達於未成熟淋巴細胞，在Burkitt淋巴癌，慢性髓性白血病等造血系統疾病的診斷中具有應用價值。近幾年來發現該抗原在造血系統外的某些腫瘤中有表達，如子宮內膜間質肉瘤、惡性黑色素瘤等。抗體在對腎細胞癌進行診斷和鑑別時有一定的參考價值。
SMA 平滑肌肌動蛋白，標記平滑肌
Des,結蛋白，廣泛分佈於平滑肌、心肌、骨骼肌細胞和肌上皮細胞，高分化高表達、低分化低表達。
MSA 肌特異性肌動蛋白，廣泛分佈於幾乎所有肌型細胞中
CD34 表達於早期淋巴造血幹細胞、祖細胞、內皮細胞、胚胎纖維母細胞和某些神經組織細胞，多用於標記血管內皮細胞，血管源性腫瘤的診斷，GIST 80-90%.CD31也標記血管內皮。
NESTIN,神經幹細胞中極為豐富
Ost 成骨素，為骨化細胞分泌。
GFAP 膠質纖維酸性蛋白 神經組織標誌，多用於星形膠質瘤診斷
Tg 甲狀腺球蛋白，甲狀腺癌TG陽性。
CT 降鈣素 甲狀腺髓樣癌陽性。
PH 甲狀旁腺素 甲狀旁腺腫瘤陽性
TTF-I 甲狀腺轉錄因子-1 :TTF-1表達於甲狀腺腺上皮和肺的上皮細胞中。在肺腫瘤研究中發現，大多數肺的小細胞癌、原發性和轉移性肺腺癌、少部分大細胞未分化肺癌、大多數非典型神經內分泌腫瘤免疫組化結果顯示TTF-1陽性，而肺鱗癌及絕大多數典型類癌TTF-1陰性。在甲狀腺乳頭狀腺癌中TTF-1亦陽性，而TTF在其它組織表達陰性。據此認為TTF-1可用來鑑別肺腺癌與鱗癌，並有助於與肺轉移性腺癌的鑑別。
TTF-1在甲狀腺及其腫瘤中的表達:TTF-1主要表達在甲狀腺濾泡細胞中和甲狀旁腺的主細胞中， TTF-1為甲狀腺分化和甲狀腺球蛋白分泌調節的基礎物質，可促進甲狀腺過氧化物酶、碘/鈉的轉運，TTF-1與血清TSH的活性有關，活性的TSH-R 可增強TTF-1的表達。TTF-1在良惡性甲狀腺組織中表達不同，正常甲狀腺和良性腺瘤表達多，甲狀腺乳頭狀癌與濾泡癌中表達少，未分化癌中不表達，TTF-1在惡性甲狀腺病變中的表達強度隨年齡增加而增強，而且病變存瘤期長，復發機率高。
TTF-1在肺癌中的表達:75%的肺非小細胞癌（NSCLCs)陽性表達，腺癌(ACs)明顯高於鱗癌(SCC)，90%以上的原發性小細胞肺癌(SCLC)表達陽性,TTF-1在非小細胞肺癌（NSCLCs)陽性表達強度與病人的預後成呈負相關，可作為一項獨立的預後指標，肺的典型性類癌(TCS)均為陰性，表明小細胞肺癌和非小細胞肺癌可能有一個不同於TCS的共同起源的理論。
Ki-67為細胞增值的一種標記，在細胞週期G1、S、G2、M期均有表達，G0期缺如，其和許多腫瘤分化程度、浸潤、轉移、預後密切相關。PCNA(增埴細胞核抗原)。
多數腺癌表達CEA
Rb (retinoblastoma視網膜母細胞瘤) 基因是腫瘤抑制基因，調節細胞週期。
P53在免疫組化中均為突變型，陽性率越高，預後約差。野生型半衰期很短
Nm23是轉移抑制基因，其陽性表達和腫瘤轉移呈負相關。
E-Ca，E鈣粘附蛋白，介導細胞間粘連作用的跨膜糖蛋白，其功能喪失引起細胞之間連線的破壞，主要用於腫瘤侵襲和轉移方面的研究。
PS2（雌激素調節蛋白），其表達和ER表達有關，可作為內分泌治療和預後判斷的指標之一。
CK18，低分子量角蛋白，主要標記各種單層上皮包括腺上皮，而復層鱗狀上皮常陰性，主要用於腺癌診斷。
CK19，分佈於單層上皮和間皮，常用於腺癌診斷，肝細胞不表達，而膽管為陽性反應
Hep par 1,肝細胞抗原，正常肝細胞和高分化肝細胞癌陽性，低分化肝細胞癌多弱陽性或陰性。
CK20，用於胃腸道腺癌、卵巢黏液性腫瘤、面板Merkel細胞癌診斷。鱗癌、乳腺癌、肺癌、子宮內膜和卵巢非黏液性腫瘤常陰性。
CK7 卵巢、肺和乳腺上皮常陽性，結腸、前列腺、胃腸道上皮陰性。
Villin 絨毛蛋白，正常組織中，villin通常只表達於有刷狀緣的細胞上，如胃腸道上皮細胞、胰腺和膽管上皮細胞以及腎實質的上皮細胞中（特別是近曲小管）。Villin在胃腸道癌、胰腺癌、膽囊癌和膽管癌組織中有很高的表達率，具有明顯腺樣結構的腫瘤上沒有villin表達，則這個腫瘤為胃腸道、胰腺、膽囊或膽管來源的可能性極低。
乳腺癌也經常成為女性患者未知原發部位轉移癌要鑑別排除的一種疾病。因為在轉移癌組織上觀察到明顯的villin免疫組化陽性染色，則這個腫瘤就極不可能為乳腺來源。其他villin免疫組化染色通常為陰性表達的腫瘤還有：如卵巢漿液性癌、尿道移行細胞癌和前列腺癌。間皮瘤也經常為villin陰性表達，因此在一些情況下Villin還可以作為鑑別間皮瘤和腺癌使用抗體的一種。
肝癌的診斷 : Villin免疫組化染色可以顯示出毛細膽管結構，因此它也可能在表達部分肝癌的管狀結構上很有用。多克隆CEA是用於此目的的第一種試劑，而且CD10 (CALLA)在表達肝癌的該結構上也非常有用。多克隆CEA、villin和CD10 (CALLA)在肝癌病例上的表達，相互之間並沒有任何的衝突，因此如果懷疑肝癌的可能性，建議將這三種抗體共同使用以協助疑難病例的診斷。
Villin在神經內分泌腫瘤上的應用 : Villin在神經內分泌腫瘤的研究上也很有幫助。眾所周知，類癌和胰腺的胰島細胞腫瘤具有相相似的形態學特徵，僅在形態學上區分這兩種腫瘤幾乎是不可能的。Villin在這種情況下特別有用，因為據文獻報道在85%的胃腸道類癌病例中有villin的表達，但在胰島細胞腫瘤上未見陽性表達報道。Villin在類癌上的表達通常為胞膜陽性。另外，有一些證據表明villin在胃和下消化道的小細胞癌上的表達率比在其他部位的小細胞癌上要高。如：肺、食道、膀胱或前列腺等。據文獻報道，大約有40%的肺類癌病例villin陽性，在其他一些神經內分泌腫瘤上，如甲狀腺髓樣癌和少數的美克爾細胞瘤上也有villin的表達。
MRP1多藥耐藥相關蛋白1，影響化療敏感性，和預後相關。
MDR 多藥耐藥基因
TS胸苷合成酶，是5-FU重要作用靶點，如果其高表達，陽性反映++以上，提示腫瘤細胞對5FU耐藥。
Syn 突觸素 神經組織標誌 : S-100 神經組織標誌，存在於神經組織，垂體、頸動脈體，腎上腺髓質、唾液腺、少數間葉組織，常用於神經鞘瘤、惡黑、脂肪肉瘤、軟骨腫瘤診斷。
NSE 主要用於神經內分泌腫瘤診斷
Chr,嗜鉻素，腎上腺髓質含量很高，鑑別腎上腺髓質和皮質，用於神經內分泌腫瘤診斷。
CKH 高分子角蛋白，主要標記鱗狀細胞腫瘤
CKL 低分之角蛋白，主要標記單層上皮、腺上皮
EMA 上皮膜抗原，糖蛋白，廣泛分佈各種上皮及其腫瘤
Vim 波形蛋白，間葉組織標誌
P504 甲醯基輔酶A消旋酶檢測診斷前列腺癌的敏感性為97％，特異性為100％。
AMACR的優點在於它是癌症特異性，只存在於癌症組織。Rubin稱，AMACR亦可用作其他癌症的診斷標誌物。對各種癌症細胞進行檢查後發現，結腸直腸癌、卵巢癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、淋巴瘤和黑素瘤都過度表達AMACR，以結腸直腸癌和前列腺癌表達最高。
CD117 胃腸間質瘤
CD10 作為共同急性淋巴母細胞型白血病抗原，主要表達於未成熟淋巴細胞，在Burkitt淋巴癌，慢性髓性白血病等造血系統疾病的診斷中具有應用價值。近幾年來發現該抗原在造血系統外的某些腫瘤中有表達，如子宮內膜間質肉瘤、惡性黑色素瘤等。抗體在對腎細胞癌進行診斷和鑑別時有一定的參考價值。
SMA 平滑肌肌動蛋白，標記平滑肌
Des,結蛋白，廣泛分佈於平滑肌、心肌、骨骼肌細胞和肌上皮細胞，高分化高表達、低分化低表達。
MSA 肌特異性肌動蛋白，廣泛分佈於幾乎所有肌型細胞中
CD34 表達於早期淋巴造血幹細胞、祖細胞、內皮細胞、胚胎纖維母細胞和某些神經組織細胞，多用於標記血管內皮細胞，血管源性腫瘤的診斷，GIST 80-90%.CD31也標記血管內皮。
NESTIN,神經幹細胞中極為豐富
Ost 成骨素，為骨化細胞分泌。
GFAP 膠質纖維酸性蛋白 神經組織標誌，多用於星形膠質瘤診斷
Tg 甲狀腺球蛋白，甲狀腺癌TG陽性。
CT 降鈣素 甲狀腺髓樣癌陽性。
PH 甲狀旁腺素 甲狀旁腺腫瘤陽性
TTF-I 甲狀腺轉錄因子-1 :TTF-1表達於甲狀腺腺上皮和肺的上皮細胞中。在肺腫瘤研究中發現，大多數肺的小細胞癌、原發性和轉移性肺腺癌、少部分大細胞未分化肺癌、大多數非典型神經內分泌腫瘤免疫組化結果顯示TTF-1陽性，而肺鱗癌及絕大多數典型類癌TTF-1陰性。在甲狀腺乳頭狀腺癌中TTF-1亦陽性，而TTF在其它組織表達陰性。據此認為TTF-1可用來鑑別肺腺癌與鱗癌，並有助於與肺轉移性腺癌的鑑別。
TTF-1在甲狀腺及其腫瘤中的表達:TTF-1主要表達在甲狀腺濾泡細胞中和甲狀旁腺的主細胞中， TTF-1為甲狀腺分化和甲狀腺球蛋白分泌調節的基礎物質，可促進甲狀腺過氧化物酶、碘/鈉的轉運，TTF-1與血清TSH的活性有關，活性的TSH-R 可增強TTF-1的表達。TTF-1在良惡性甲狀腺組織中表達不同，正常甲狀腺和良性腺瘤表達多，甲狀腺乳頭狀癌與濾泡癌中表達少，未分化癌中不表達，TTF-1在惡性甲狀腺病變中的表達強度隨年齡增加而增強，而且病變存瘤期長，復發機率高。
TTF-1在肺癌中的表達:75%的肺非小細胞癌（NSCLCs)陽性表達，腺癌(ACs)明顯高於鱗癌(SCC)，90%以上的原發性小細胞肺癌(SCLC)表達陽性,TTF-1在非小細胞肺癌（NSCLCs)陽性表達強度與病人的預後成呈負相關，可作為一項獨立的預後指標，肺的典型性類癌(TCS)均為陰性，表明小細胞肺癌和非小細胞肺癌可能有一個不同於TCS的共同起源的理論。