憑證修改可以對以前錄入但尚未稽核或稽核未透過的憑證進行修改，也可以對稽核透過但未記賬的憑證進行修改，但必須先修改稽核標誌，將稽核透過改為未稽核或稽核未透過之後才可修改。但憑證修改只能修改憑證的具體內容，而不能修改憑證號和日期。

操作員應該在錄入和稽核過程中謹慎細心，最好不要做過多的憑證修改。另外，在修改時可以利用列印、預覽、輸出、引入、查詢、複製、增行、刪行、摘要、儲存、放棄等各種功能。但利用刪行功能時，不允許將憑證內容刪空，至少要保留兩行內容，並使借貸平衡，只有如此才可用儲存功能將修改後的憑證儲存到憑證基表中。修改從其功能上說也是一種錄入。但在修改前，必須先利用查詢功能查詢要修改的憑證。若找不到該憑證或該憑證已透過稽核，系統將給出相應的提示資訊。在修改時使用者只能修改憑證的摘要、科目、輔助資訊和借、貸方金額。對憑證內容的修改實質上是對憑證內容的再次錄入，因此，憑證內容的修改和錄入完全相同。憑證修改完成的後續處理過程與憑證錄入完成的後續處理過程相同。系統將在保證借貸金額相等，且沒有漏添項時，對所做的確認做出反映，即儲存和列印被修改的憑證。若放棄則本次修改無效，原憑證不變。憑證的修改是在憑證已經錄入的基礎上進行的。憑證號是在憑證錄入時，由系統根據系統引數自動生成的，錄入一經確認後，憑證號就不允許變動了，錄入和修改的區別是錄入時系統為錄入的憑證生成新憑證號，而修改則利用憑證號查詢要修改的憑證後進行修改，除此之外，錄入和修改的功能完全相同。