主要區別是包括三方面：初始計量，對價差異的處理，以及商譽三方面。

1、初始計量的區別同一控制下企業合併方應以合併日應享有被合併方賬面所有者權益的份額作為初始投資成本。非同一控制下企業合併應以購買方付出的資產、發生或承擔的負債、發行的權益性證券的公允價值之和為初始投資成本。

2、對價差異的處理同一控制下企業合併在確認了合併中取得的被合併方的資產和負債後，以發行權益性證券方式進行的該類合併所確認的淨資產入賬價值與發行股份面值總額的差額，應計入資本公積(資本溢價或股本溢價)。資本公積(資本溢價或股本溢價)餘額不足衝減的，相應衝減盈餘公積和未分配利潤；以支付現金、非現金資產方式進行的該類合併所確認的淨資產入賬價值與支付的現金、非現金資產賬面價值的差額，相應調整資本公積(資本溢價或股本溢價)，資本公積(資本溢價或股本溢價)餘額不足衝減的，應衝減盈餘公積和未分配利潤。非同一控制下企業合併取得的資產、負債按公允價值計量;作為合併對價的非貨幣性資產在購買日公允價值與賬面價值的差額計入當期損益。

3、商譽同一控制下企業合併，不會產生商譽。非同一控制下企業合併可能會產生商譽，合併成本大於可辨認淨資產公允價值的差額確認為商譽，合併成本小於可辨認淨資產公允價值的差額作為合併當期損益計入利潤表。參考資料：企業合併可以分為同一控制下企業合併與非同一控制下企業合併，而同一控制下的企業合併實質上是同一集團下企業財產與資源的重新分配。對於同一控制下的企業合併，在合併中不涉及自少數股東手中購買股權的情況下，合併方應遵循以下原則進行相關的處理：(1)合併方在合併中確認取得的被合併方的資產和負債僅限於被合併方賬面上原已確認的資產和負債，合併中不產生新的資產和負債。(2)合併方在合併中取得的被合併方各項資產和負債應維持其在被合併方的原賬面價值不變。(3)合併方在合併中取得的淨資產的入賬價值相對於為進行企業合併支付的對價賬面價值之間的差額，不作為資產的處置損益，不影響企業合併當期的利潤表，有關差額應調整所有者權益相關專案。(4)對於同一控制下的控股合併，應視同合併後形成的報告主體自最終控制方開始實施控制時一直是一體化存續下來的，體現在其合併財務報表上，即由合併後形成的母子公司構成的報告主體，無論是其資產規模還是其經營成果都應持續計算。對於同一控制下的控股合併，在合併當期編制合併財務報表時，應當對合並資產負債表的期初數進行調整，同時應當對比較報表的相關專案進行調整，視同合併後的報告主體在以前期間一直存在。