朱熹繼承周敦頤、二程，兼採釋、道各家思想，形成了一個朱熹龐大的哲學體系。這一體系的核心範疇是“理”，或稱“道”、“太極”。朱熹所謂的理，有幾方面互相聯絡的含義：①理是先於自然現象和社會現象的形而上者。他認為理比氣更根本，邏輯上理先於氣；同時，氣有變化的能動性，理不能離開氣。他認為萬物各有其理，而萬物之理終歸一，這就是“太極”。②理是事物的規律。③理是倫理道德的基本準則。朱熹又稱理為太極，是天地萬物之理的總體，即總萬理的那個理。“太極只是一個理字”。太極既包括萬物之理，萬物便可分別體現整個太極。這便是人人有一太極，物物有一太極。每一個人和物都以抽象的理作為它存在的根據，每一個人和物都具有完整的理，即“理一”。氣是朱熹哲學體系中僅次於理的第二個範疇。它是形而下者，是有情、有狀、有跡的；它具有凝聚、造作等特性。它是鑄成萬物的質料。天下萬物都是理和質料相統一的產物。朱熹認為理和氣的關係有主有次。理生氣並寓於氣中，理為主，為先，是第一性的，氣為客，為後，屬第二性。

全國政協副主席趙樸初先生最欣賞掛在大殿內、由潘主蘭先生撰寫的一副篆體楹聯。對聯敘事寫意，辭簡意賅，闡述了朱熹的理學以孔孟等儒家思想為主幹，兼取大量的唯物主義樸素思想與自然科學的成果，奠定了朱熹成為與孔孟等先哲並列的地位。全聯是：

反躬踐實，窮理致知，傳二程而分流；

講學授徒，著書立說，配十哲之永馨。

趙樸初先生參觀紀念館後，對朱熹40餘年在武夷山授徒著述和建立閩學體系的功績表示欽佩。他應主人之請，揮毫書寫了一副對聯，以示對朱子崇仰之情。聯曰：

千古敏以求，性天學述二程子；

三字不遠復，心地功行九曲溪。

朱熹哲學當代爭鳴朱熹汲取了《易傳》和中醫學的營養，對生命有著心身一體的理解。在朱熹生命哲學中，魂魄不能離開肉體而存在。因此，長期以來中國大陸學者把朱熹理論說成是客觀唯心主義是值得商榷的。天津醫科大學王英博士指出：

佛學，透過佛教的教義，給人以不生不滅的希望。而理學之前的儒學，特別是漢儒也承認鬼神的存在，但卻不能對其進行深入討論。應該說，在理學出現以前，儒學還沒有形成獨立而有力的對佛學的理論批判（崔大華：《儒學引論》，人民出版社，2001年版，第389頁）。

但是儒學的人文精神，勢必鼓舞起廣大仁人志士積極發展和自覺維護儒學的基本理論。為了戰勝佛學的挑戰，儒家需要尋求更真實的學問作為自身存在的依據，以真以誠，面對虛妄的輪迴和轉世學說。於是對自然現象的更準確回答，對人體生命現象的更真切瞭解，成為戰勝佛學最有力的工具。儒學，迫切需要《易傳》思想的復興和醫學成就的融入。

朱熹作為南宋理學的代表，他的心性理論中涉及的主要概念有天、天命、天理、心性、身、血氣，這些概念基本反應了朱熹的生命哲學觀，也提升了儒家心性學說的價值。