什麼是FAT：

FAT是FileAllocationTable的寫，是“檔案分配表”的意思。它的意義在於對硬碟分割槽的管理。

FAT16：

DOS、Windows95都使用FAT16檔案系統，Windows98/2000/XP等系統均支援FAT16檔案系統。它最大可以管理大到2GB的分割槽，但每個分割槽最多隻能有65525個簇。簇是磁碟空間的基本配置單位，在FAT16檔案系統中，簇的大小是受硬碟及分割槽的增大，而增大的，簇的空間越大，磁碟的利用率越低。

FAT32：隨著大容量硬碟的出現，從Windows98開始，FAT32開始流行。它是FAT16的增強版本，可以支援大到2TB（2048GB)的分割槽。FAT32使用的簇比FAT16小，從而有效地節約了硬碟空間。但是FAT32也會隨著分割槽的增大而增大，但是它要比FAT16對磁碟的利用率高一些。

同FAT16相比FAT32最大的優點是可以支援的磁碟大小達到2TB（2047GB），但是不能支援小於512MB的分割槽。基於FAT32的Win2000可以支援分割槽最大為32GB；而基於FAT16的Win2000支援的分割槽最大為4GB。由於採用了更小的簇，FAT32檔案系統可以更有效率地儲存資訊。如兩個分割槽大小都為2GB，一個分割槽採用了FAT16檔案系統，另一個分割槽採用了FAT32檔案系統。採用FAT16的分割槽的簇大小為32KB，而FAT32分割槽的簇只有4KB的大小。這樣FAT32就比FAT16的儲存效率要高很多，通常情況下可以提高15%。

NTFS：微軟WindowsNT核心的系列作業系統支援的、一個特別為網路和磁碟配額、檔案加密等管理安全特性設計的磁碟格式。隨著以NT為核心的Windows2000/XP的普及，很多個人使用者開始用到了NTFS。NTFS也是以簇為單位來儲存資料檔案，但NTFS中簇的大小並不依賴於磁碟或分割槽的大小。簇尺寸的縮小不但降低了磁碟空間的浪費，還減少了產生磁碟碎片的可能。NTFS支援檔案加密管理功能，可為使用者提供更高層次的安全保證。

NTFS檔案系統是一個基於安全性的檔案系統，是WindowsNT所採用的獨特的檔案系統結構，它是建立在保護檔案和目錄資料基礎上，同時照顧節省儲存資源、減少磁碟佔用量的一種先進的檔案系統。使用非常廣泛的WindowsNT4.0採用的就是NTFS4.0檔案系統，相信它所帶來的強大的系統安全性一定給廣大使用者留下了深刻的印象。Win2000採用了更新版本的NTFS檔案系統——NTFS5.0，它的推出使得使用者不但可以像Win9X那樣方便快捷地操作和管理計算機，同時也可享受到NTFS所帶來的系統安全性。

從以上分析可以得出：如果您的機器只有一個作業系統如果是Win2000/XP，則用NTFS最好；如果是Win98，則使用FAT32最好。如果有多個作業系統，最好用FAT32

很遺憾的告訴你，有影響，但是不同方面影響不同。

首先，這些檔案系統在日常使用中是沒有顯著區別的，但是一到一些稀奇古怪的條件下，差距就很大了。

大多數情況下的隨身碟格式都是FAT32格式，因為它的相容性相對好一些，幾乎可以完美應對所有作業系統，並且快速的進行讀寫工作。但是它的缺點是是不能設定許可權，安全等級較低。並且最關鍵的一點就是它最高只能支援4G以下的單個檔案傳輸。

NTFS格式的隨身碟或硬碟，可以設定許可權，這就有很多文章可以做了。在互換性和實用性來說，NTFS遠高於FAT3。並且最大的可讀寫檔案達到了256T。即是指只要是隨身碟或者硬碟能放得下的檔案幾乎都可以進行讀寫。

exFAT，是FAT32的升級版也可以說是FAT64，主要目的就是為了解決FAT32不能儲存單個檔案高於4G的問題。最大支援256GB拓展。並且系統相容能力十分出眾。

這是三個檔案系統的區別，文尾扣題，檔案系統對於速度的影響微乎其微，更多的區別則體現在相容性、安全性、單檔案大小、是否進行4k對齊及對齊方式上。而對於速度的影響更多這是源於介面版本、記憶體晶片顆粒、晶片主控。