1、浸泡。金剛菩提子紋路多而深，需要仔細清潔。清潔之前要先進行浸泡，將金剛菩提放入開水（春夏季）或溫水（秋冬季）中浸泡幾個小時，軟化金剛菩提表面殘留的果肉。

2、粗刷。金剛菩提浸泡幾個小時後，可以取出菩提子進行粗刷。粗刷時，用鋼絲刷以垂直角度平刷，使珠子轉動起來，確保每個角落都刷到。鋼絲刷上的鋼絲硬度高而細密，即使是乾硬的殘餘果肉也可以刮掉。刷完後，把金剛再放回水中，用手使勁攪動，將渣滓洗出來。

3、密封靜置。菩提子刷完後，將其放入密封袋中密封一夜，注意一定要封口。其目的是繼續軟化粗刷後殘留在皮殼上的果肉和毛屑。次日再從密封袋中取出處於半陰乾狀態的金剛菩提。

4、細刷。將半乾的金剛菩提子用硬毛刷逐顆仔細清理，直至完全清理乾淨為止。如果還需要入水清潔，則需要把從水裡取出的金剛菩提放到一塊乾布上包裹起來，用手隔著布輕輕搓一搓，把大部分水甩到或揉到布上，反覆幾次，充分吸收菩提子表面的多餘水分。

5、陰乾。將經過細刷後的金剛菩提子再次放入袋子中陰乾，密封袋為半開狀態，直到所有金剛菩提自然幹即可。陰乾期間切忌將其置於大風中，不可暴曬，不能放在空調冷暖氣附近。會使金剛菩提水分流失不均而導致其快速開裂。

盤玩金剛菩提需要注意：

1、金剛菩提的把玩類似於文玩核桃和橄欖子，講究“三分盤七分刷”。“盤”的目的是上色，“刷”的目的是形成包漿和實時清理。可以用刷子刷金剛菩提，刷子顧及不到的位置可以用針挑，一定要小心細緻，不可傷害“齒”。

2、盤玩金剛菩提時要注意手部清潔，不宜有汙漬。注意手部清潔衛生，有利於把玩出一個色澤油潤、乾淨漂亮的收藏級金剛菩提。