1986年，齊秦接拍人生中的第一部電影《芳草碧連天》，而和他素不相識的王祖賢慕名而來出演女一號，原因就是王祖賢聽了這首《狼》之後，早已對齊秦產生了愛慕之心！　　齊秦並不是個浪漫的人，一生只送過一次花，而那也是首次和王祖賢見面，當時王祖賢從香港來臺灣，齊秦被安排去接機，齊秦就問要不要帶禮物，有人讓他送花，結果他拿著花去接機，王祖賢接過花一把就甩給她爸爸，只說一句‘我最不喜歡花’……”那以後齊秦再沒有送過花。　　1987年，齊秦在《冬雨》專輯中，為王祖賢量身定做歌曲《大約在冬季》。齊秦與王祖賢相戀10多年，分分合合好多次。　　1990年，王祖賢和投資拍攝《無間道》的香港富豪林建嶽傳出了緋聞，並傳言兩人早已同居。當時的林建嶽已有5個兒女，他的家人也專門召開記者會，指責王祖賢為第三者，甚至不堪入耳的辱罵為“狐狸精”！兩岸三地炒的沸沸揚揚。王祖賢再也頂不住道德的壓力，和林建嶽提出分手，離開了香港影壇。　　回到臺灣的王祖賢，每天以淚洗面，對生活也心灰意冷。這時，齊秦宣告“小賢棄我而就林建嶽，我不認為是她自己的決定。” 並繼續寫歌來撫慰她的心靈歌曲《不讓我的眼淚陪我過夜》，這首歌曲不僅讓王祖賢重回齊秦的身邊，更成為齊式情歌經典中的經典！　　　　1996年，齊秦出版了他的第16張專輯《絲路》。並首都改變造型，將蓄留多年的長髮剪短30公分，這是不是意味著，他和王祖賢的愛情要從頭開始呢？果真，不久之後他們高調複合！暫別銀屏多年的王祖賢首度復出為齊秦拍攝《懸崖》的音樂錄影帶，頓時在全社會引起了轟動話題！　　兩年之後，齊秦出版專輯《我拿什麼愛你》，與王祖賢主演的電影同年同月同日發片，並首次聯袂舉辦新聞釋出會，各地媒體二百多名，場面相當浩大。沉寂三年的王祖賢，再度面對媒體說：“我的做事態度是不管對錯，我都嘗試。錯了，我承認。有三年沒有公開露面，這段時間感謝男朋友齊秦……”一句話還沒說完，已經哭成個淚人了。齊秦也宣佈：愛王祖賢不只這一生，而是三輩子！　　2000年，齊秦和王祖賢一同拜訪西藏活佛，並表示兩人將在當年晚一些的時間，在西藏拉薩舉行藏族式的婚禮。他們開始為婚禮做各種準備，還在洛杉磯和臺灣各買了一套婚房，雙方父母也都以親家相稱，他們幸福的接受來自各方的祝福。　　然而，出乎意料的是，一顆原子彈投向他們——那就是：齊秦有個私生子！　　2001年8月，齊秦的前女友方美芳以兒子方偉的名義將齊秦告上法庭，並索要撫養費1500萬元臺幣。頓時間，人們奔走相告，齊秦有個私生子！　　齊秦在王祖賢之前認識方美芳，但因逐漸成名，兩人之間的距離越來越遠而導致分手，1987年兒子方偉出生，多年來，齊秦一直暗地照顧他們母子。但媒體傳出齊秦將與王祖賢結婚的訊息時，方美芳積壓多年的怨恨爆發了！　　雖然王祖賢能體諒齊秦的苦處，但是官司折騰起來，兩人早已經沒有結婚的心思了。2001年10月2日，王祖賢在電影《遊園驚夢》的釋出會上，在齊秦也毫不知情的情況下，宣佈退出演藝圈，遠赴國外留學。2003年3月21日，齊秦在北京首都體育館舉辦春分演唱會，尾聲時大螢幕上放出了王祖賢在加拿大拍攝的問候影片。從此，他們再也沒有在一起。　　　　近年來，齊秦的工作重心轉移到了內地。2005年，齊秦與比自己小24歲的孫麗雅相識。當時孫麗雅在四川讀藝校，後來被唱片公司送到南韓接受一小段時間訓練。孫麗雅家境很好，父親是一位地產商。2007年，齊秦和孫麗雅到上海參加一個活動時，戀情正式曝光。2010年3月18日兩人在美國註冊結婚。齊秦還是在婚前聯絡過王祖賢，他暗示她，和她說他想早一點成家立業，他也想有自己的人生規劃。不過王祖賢並沒有回覆他。　　2011年3月25日，孫麗雅在美國生下女兒齊心。2014年6月9日上午，孫麗雅在臺北剖腹生產喜獲麟兒。齊秦終於擁有了一個兒女雙全的幸福之家。

說起這兩人的相識，很多業界的朋友都知道其中內情，早在1986年；齊秦憑藉著《北方的狼》在臺灣嶄露頭角，電影公司要為他拍攝一部電影《芳草碧連天》便成了齊秦的電影處女作。當年齊秦是在鐘楚紅和張曼玉等女星中親自挑選了王祖賢，因為他覺得王祖賢很清純，而且又同為臺灣人。不過兩人最初的相處卻並不順利。 　　 　　齊秦自己也說過，當年製片人非要讓他捧著一束鮮花去迎接王祖賢，結果王祖賢見到他第一句話就是：我最不喜歡花！讓齊秦心裡涼了半截。 　　王祖賢對齊秦的印象也不是很好，她認為齊秦的個頭同她搭戲並不合適，於是向製片人提出了質疑：這個男主角怎麼這麼矮？走在後面的齊秦不小心聽到這句話，齊秦說：當時聽到覺得心裡很不爽，覺得她有點過分。後來製片人要求齊秦教王祖賢唱主題歌，給兩個人創造緩和關係的機會。那時齊秦已經對王祖賢很傾心了，齊秦說有一次自己喝醉了酒，王祖賢要離開時，他就藉著酒勁吻了她。 　　齊秦說：這在平時是肯定不敢的，原來以為她會躲開，沒想到她也抱住了我，兩個人就這樣吻在一起。 　　至於初期階段的僵持，齊秦自己說：她後來對我解釋，是她自己故意這麼做的。或許女人往往口是心非，她非常喜歡我但是卻有話不直說，非要說些反話來刺激我不可。兩人相戀多年卻依然免不了分手，如今的齊秦對這段感情也已經很淡然了。齊秦說：我們一共經歷了三次分手。我想我們最後分手的原因，就是因為大家年紀也到了，緣分交錯的時間也已經夠多了，我們的關係中，親情已經大過了愛情。她也應該去尋找自己真正的理想。說到她和齊秦的分分和和確是情路坎坷。先是王祖賢在香港和林建嶽傳出緋聞，而後齊秦也被曝有私生子。一起走過了十幾年但最終還是以分手告終。 　　王祖賢最初是以齊秦女友的身份進入娛樂圈的。自然她的條件也是百裡挑一。不過美女比比皆是，沒有機遇怎能大紅大紫？當初她和富商林建嶽不倫之戀曾轟動港臺，但是由於林建嶽妻子謝玲玲已生了五個小孩，所以王祖賢便成了人人髮指的狐狸精，並被新聞媒體冠以被包養情婦的身份定位。更具諷刺意味的是，終於苦等到林建嶽和謝玲玲離婚時，林和王兩人已經各奔前程了。 　　齊秦並不諱言自己與王祖賢分手的那段日子，他說自己度過了最難熬的時日，如今王祖賢再度歸來，兩人已決心相守一生。最難得的是在西藏演唱會接近尾聲時，齊秦在臺上發出愛的呼喚；王祖賢上臺！這對愛侶在臺下上萬多雙眼睛的注視下，熱情擁抱了數分鐘。兩人的愛意堅定。據齊秦透露，他爸爸都已經幫他們的孩子取好了名字，叫齊賢。在影視圈這麼多年，也許繁華看盡，齊秦頗有一番感慨：現在我和小賢的人生都步入軌道，經歷了風風雨雨後，我和小賢都很珍惜眼前簡單、幸福的生活。我和小賢是個性完全不同的兩個人，可是我們卻被對方深深吸引。我喜歡照顧人，她喜歡被照顧，我們才會分了之後還能合在一起！其實齊秦是位很愛做家務的男人，他很會做菜只是不太擅長理財，紅了這麼多年也沒有為自己買下半棟房子。和王祖賢分而複合後，在她的鼓勵下，齊秦把賺到每一分錢，做了好好安排，齊秦不只在洛杉磯買了套新房子，還和王祖賢各自在臺北買了棟房子。雙方的父母也都已“親家公、親家母”相稱。 　　 　　正當齊秦和王祖賢已決定要到西藏結婚，並準備請大寶法王來主婚時，就發生大寶法王出走的事件，讓兩人暫時打消念頭。接下來齊秦前女友方美芳又跳出來要齊秦認養兒子方偉；後改名為齊家。雖然王祖賢能體諒齊秦的苦處，但是官司折騰起來，兩人更沒有結婚的心思了，王祖賢畢竟是個女人，有些事雖然嘴上不說心裡仍會介意，兩人在長談後決定平和分手。於是王祖賢遠走加拿大，繼續她的求學夢，而齊秦也開始把事業重心放在國內市場。記得那次齊秦接受“小燕有約”的專訪時，坦承自己是玩物喪志而致使王祖賢離開了自己。 　　齊秦說：當時我真的太沉迷Golf球了，確實是疏於對她的感覺了。祖賢是一個很需要自由的女孩，她從以前就是這樣，不可能限制她要這樣那樣，她不像我比較呆板一點。齊秦在這次送王祖賢到加拿大溫哥華唸書時就清楚知道，這次已經徹底無法再複合了。 　　時至今日，已經戒掉夜生活的齊秦，經常和朋友們說自己很希望成家立室，未來太太最好能夠是圈中人，齊秦說“跟王祖賢拍拖十幾年，我已經習慣與圈中人相處了。”當朋友們問他目前是否有跟祖賢常聯絡，他說：雖然我們的愛情已過去，我還當她是小妹妹，她淡出影圈後放鬆了，吃得多也胖了。我經常擔心她年紀大了不及年輕時美貌，會有什麼不開心或思想壓力。我經常在有機會時給她一個電話，她也說這樣覺得心裡很溫暖。”可以說，這兩個人最終的分手因素焦點，尚且具有更深層的離奇和懸疑之處，也許未知何時會有條件成熟的曝光機會。暫時可以說，或許有很多愛經常是有緣無份的吧。