禽蛋透過洩殖腔產出和產入蛋窩時，蛋殼表面會沾染上很多細菌和病毒，這些細菌和病毒在適宜的條件下大量繁殖。種蛋受到汙染不僅影響其自身的孵化，而且汙染孵化裝置，傳播各種疾病。
種蛋消毒的原則：一要對實行消毒的工作人員無害，二要不損傷種蛋胚胎，三殺滅細菌和病毒要乾淨徹底。因此實行消毒工作一定要嚴格，認真的做好。
1、甲醛燻蒸消毒法
甲醛燻蒸消毒法是目前國內外使用最普遍的一種消毒方法，消毒效果良好，消毒的用具可自制,用小方木條做一個立方體木框,木框上面和周圍4面用塑膠薄膜封閉,底面空著。把碼好種蛋的蛋盤一層層摞好,再把密封閉塑膠薄膜的木框扣在蛋盤上面（上圖右）。消毒時把封閉塑膠薄膜的木框掀起10-20釐米，把裝有甲醛的陶瓷或玻璃容器先放到木框裡面，然後再向容器裡放進高錳酸鉀，迅速放下木框，燻蒸20分鐘即可。每立方空間用甲醛42毫升加21克高錳酸鉀。甲醛又叫福爾馬林，本身有至癌作用，應避免與人的面板接觸；甲醛與高錳酸鉀反應劇烈，瞬間即能產生大量有毒的氣體，操作時動作要迅速，防止操作人員吸入有毒的氣體。甲醛燻蒸只能殺滅表面的病菌，沾有髒物的種蛋要先清洗再消毒；燻蒸時種蛋表面不要有水珠，否則會影響胚胎髮育。種蛋入孵8小時後，不能再用甲醛燻蒸消毒。
2、新潔爾滅噴霧消毒法
新潔爾滅噴霧消毒法是將種蛋事先碼放在蛋盤上，用噴霧器把0.1%的新潔爾滅容液噴灑在蛋面上（上圖左）。一份5%的新潔爾滅原液，加50份水混合均勻即可。噴霧時注意要把種蛋和蛋盤全部噴溼，不要留有死角，消毒後要放在室內自然涼幹，不要曬乾或涼幹。要等種蛋涼到表面乾透後再放到孵化機裡進行孵化。
使用新潔爾滅時，千萬不要與高錳酸鉀、肥皂、鹼類藥品或碘類混用，以免藥物失效，影響消毒效果。新潔爾滅噴霧消毒法，非常適合於小批次孵化，尤其一次孵化幾十到幾百種蛋，用手握式的小型噴霧器，一次兌500毫升藥水即可。非常簡便易行。
3、紫外線照照射消毒法
紫外線照照射消毒的效果與紫外線的強度、照射時間、照射的距離有關。一般要求紫外線的光源距種蛋0.4米，照射時間1分鐘後，把種蛋翻過來再照射一次，最好多用幾個紫外線燈，從各個角度同時照射，效果更好。紫外線照照射消毒的缺點是種蛋正反面都要照比較麻煩。可用不遮擋紫外線光的透明材料做成蛋架，把種蛋互不相靠的的放在上面，上下左右多個紫外線燈，同時照射，效果較好。
4、三氧化氯泡沫消毒劑消毒法
近年來國外開始採用三氧化氯泡沫消毒劑消毒種蛋，效果很好。三氧化氯泡沫在使用時，不破壞蛋殼膠膜，而且省藥安全、省力，省藥、無氣霧、無回濺。三氧化氯泡沫呈重疊狀，附著於蛋殼表面時間長，殺菌徹底而對種蛋無傷害。據實驗，用三氧化氯泡沫消毒劑消毒髒鴨蛋，可提高孵化率10%以上。
具體消毒方法是：用40PPm三氧化氯泡沫消毒劑消毒種蛋5分鐘即可。三氧化氯泡沫消毒對減少蛋殼及蛋內細菌效果及佳，特別適合容易受汙染的水禽類種蛋的消毒。
禽蛋透過洩殖腔產出和產入蛋窩時，蛋殼表面會沾染上很多細菌和病毒，這些細菌和病毒在適宜的條件下大量繁殖。種蛋受到汙染不僅影響其自身的孵化，而且汙染孵化裝置，傳播各種疾病。
種蛋消毒的原則：一要對實行消毒的工作人員無害，二要不損傷種蛋胚胎，三殺滅細菌和病毒要乾淨徹底。因此實行消毒工作一定要嚴格，認真的做好。
1、甲醛燻蒸消毒法
甲醛燻蒸消毒法是目前國內外使用最普遍的一種消毒方法，消毒效果良好，消毒的用具可自制,用小方木條做一個立方體木框,木框上面和周圍4面用塑膠薄膜封閉,底面空著。把碼好種蛋的蛋盤一層層摞好,再把密封閉塑膠薄膜的木框扣在蛋盤上面（上圖右）。消毒時把封閉塑膠薄膜的木框掀起10-20釐米，把裝有甲醛的陶瓷或玻璃容器先放到木框裡面，然後再向容器裡放進高錳酸鉀，迅速放下木框，燻蒸20分鐘即可。每立方空間用甲醛42毫升加21克高錳酸鉀。甲醛又叫福爾馬林，本身有至癌作用，應避免與人的面板接觸；甲醛與高錳酸鉀反應劇烈，瞬間即能產生大量有毒的氣體，操作時動作要迅速，防止操作人員吸入有毒的氣體。甲醛燻蒸只能殺滅表面的病菌，沾有髒物的種蛋要先清洗再消毒；燻蒸時種蛋表面不要有水珠，否則會影響胚胎髮育。種蛋入孵8小時後，不能再用甲醛燻蒸消毒。
2、新潔爾滅噴霧消毒法
新潔爾滅噴霧消毒法是將種蛋事先碼放在蛋盤上，用噴霧器把0.1%的新潔爾滅容液噴灑在蛋面上（上圖左）。一份5%的新潔爾滅原液，加50份水混合均勻即可。噴霧時注意要把種蛋和蛋盤全部噴溼，不要留有死角，消毒後要放在室內自然涼幹，不要曬乾或涼幹。要等種蛋涼到表面乾透後再放到孵化機裡進行孵化。
使用新潔爾滅時，千萬不要與高錳酸鉀、肥皂、鹼類藥品或碘類混用，以免藥物失效，影響消毒效果。新潔爾滅噴霧消毒法，非常適合於小批次孵化，尤其一次孵化幾十到幾百種蛋，用手握式的小型噴霧器，一次兌500毫升藥水即可。非常簡便易行。
3、紫外線照照射消毒法
紫外線照照射消毒的效果與紫外線的強度、照射時間、照射的距離有關。一般要求紫外線的光源距種蛋0.4米，照射時間1分鐘後，把種蛋翻過來再照射一次，最好多用幾個紫外線燈，從各個角度同時照射，效果更好。紫外線照照射消毒的缺點是種蛋正反面都要照比較麻煩。可用不遮擋紫外線光的透明材料做成蛋架，把種蛋互不相靠的的放在上面，上下左右多個紫外線燈，同時照射，效果較好。
4、三氧化氯泡沫消毒劑消毒法
近年來國外開始採用三氧化氯泡沫消毒劑消毒種蛋，效果很好。三氧化氯泡沫在使用時，不破壞蛋殼膠膜，而且省藥安全、省力，省藥、無氣霧、無回濺。三氧化氯泡沫呈重疊狀，附著於蛋殼表面時間長，殺菌徹底而對種蛋無傷害。據實驗，用三氧化氯泡沫消毒劑消毒髒鴨蛋，可提高孵化率10%以上。
具體消毒方法是：用40PPm三氧化氯泡沫消毒劑消毒種蛋5分鐘即可。三氧化氯泡沫消毒對減少蛋殼及蛋內細菌效果及佳，特別適合容易受汙染的水禽類種蛋的消毒。