幽門螺桿菌的根除率有3種表達方式：意向治療（intention-to-treat, ITT）根除率、按協議（per-protocol, PP）根除率和改良的意向治療（modified intention-to-treat，MITT）根除率。上述表達方式計算根除率的分子均為複查時根除者的例數，但分母因計算表達方式而異。ITT根除率分母為所有接受治療者例數，PP根除率分母為完成隨訪複查者的例數（減去失訪例數），而MITT分母為排除依從性差者後所有接受治療者的例數。通常計算根除率時採用ITT和PP 2項指標，PP根除率 ≥ ITT分析根除率。PP根除率和ITT根除率之差過大反映了研究中失訪的病例數多，可影響結果可靠性。

根除率高低反映了根除方案優劣。1997~2002年Maastricht I、II共識推薦可接受的根除率為ITT分析 > 80%。Graham DY教授認為，幽門螺桿菌感染作為一種感染性疾病，根除率>80%作為可接受標準要求偏低，而且有方案可達到更高根除率，為此他在2007年推出了幽門螺桿菌根除療效分級報告卡。該卡將根除率分成5級，ITT分析根除率85%~89%為可接受根除率，90%~94%為良好，≥95%優秀，81%~84%差，≤80%不可接受。

隨著幽門螺桿菌耐藥率上升，這一分級方式受到了挑戰：（1）不少根除方案已難以到達良好級；（2）同一方案在耐藥率不同地區分級不一（低耐藥率地區屬良好或優秀級，但在高耐藥率地區屬差或不可接受級）。因此Graham教授又提出了另一種標準: 敏感菌株中PP分析根除率≥90%屬良好，≥95%屬優秀。