電影開頭是很可怕的，晚上柯南在偵探事務所2樓裡取東西的時候，門外有動靜，柯南去檢視，結果回來的時候Gin和Vodka卻突然出現在屋子裡，GIN堵住了柯南的嘴巴，說：“覺悟吧，工藤新一，不……現在應該是江戶川柯南吧”，之後掐住柯南的嘴把他舉了起來，小蘭下樓來尋找柯南，這時候Gin使了個眼色對Vodka，說：“看看和你扯上關係的人都是怎麼玩完的吧”，門口的玻璃出現了小蘭的身影，柯南被堵住嘴巴說不出話，Vodka舉起了槍，門開了，但是沒有槍聲，原來只是個夢，到最後隨著柯南一句“小蘭”這樣的大喊。 少年偵探團一行在米花之森裡捕捉甲蟲，柯南在這裡獲得了博士新開發的揹帶，竟然可以吊起元太，（這東西在劇末有大用處）其中發現有一隻雌性甲蟲背上帖了帶有便利店OPEN的交叉紙條封印，這是之後的關鍵情報之一，之後對“標籤甲蟲”的懸疑再次以博士的冷笑話把這個猜測謎題結束，而那個冷笑話是關於中國傳說牛郎和織女的哦。 案件是一個以麻將牌為提示的連續殺人事件。 其次是警視廳的間諜，具體的發現是因為那個群馬縣的山村警官（本劇場版裡已經晉升為警部）在開會後唱起了《七子之歌》，被柯南聽到後追蹤，結果發現了某個警察進了那輛黑色的保時捷，佐藤警官向周圍人提起了毛利偵探辦案時候柯南給的許多提示和不可思議的故事，被某間諜聽到。（這個間諜大家絕對想不到多厲害，稍後揭示） 會議中的時候，毛利的冒失推理讓暮目警官讚歎要是工藤新一在就好了，橫溝警官說工藤好久不出現了，這時候高木竟然冒失的說出在黑衣騎士的時候工藤出現的故事，被某間諜聽到…… 一個黑影在屋子裡用了電腦，因為他是間諜，所以很容易就入侵了警視廳的電腦，螢幕顯示了許多江戶川柯南的檔案。 本劇場版首次把TV內容和劇場連線起來，其中包括黑暗騎士，灰原與組織重逢，鏡頭轉向柯南和同學在帝丹小學的手工課泥塑，光彥捏的是甲蟲，步美是月兔，而元太是鰻魚 （像蛇），柯南是海豚…… 深夜，一個黑影分別侵入了帝丹高中以及帝丹小學，這就是那個間諜，因為他了解了柯南的資料和一些故事後產生懷疑，拿走了海豚泥塑上的鰭和黑衣騎士的戲服，對比了海豚鰭上的柯南的指紋以及黑衣騎士演劇的頭盔上工藤新一的指紋，結果發現98%一致！此事鏡頭轉向小蘭打碎了柯南的飯碗，似乎暗示了什麼厄運...... 此後嫌疑人鎖定無關人物，抓捕過程中又是那個群馬警部提早亮出了警官證導致抓捕一度失敗，嫌疑人的女友緊張下以刀威脅警察要放了他男友，並用刀刺向上原由衣（虎田由衣）刑警（劇場版首次登場，大和敢助警官的青梅竹馬（見TV516-517風林火山）），這時候目暮警官擋下了那一刀，（也就是預告片了的那段），並非是被黑暗組織的人刺殺，嫌疑犯本人則劫持人質，而那人質是苦艾酒裝扮的，之後柯南偷偷跟到了地下停車場揭露她的身份，理由是追蹤眼鏡看到她左褲筒裡有手槍形狀的痕跡，並且被刀劃傷的左臉沒有流血。至於苦艾酒為什麼故意被劫持，我就留個謎底吧，苦艾酒給了柯南的提示是組織的另外一個人，Irish，即那個警視廳間諜……Irish是組織新人。 鏡頭轉向關西的京都和大阪，柯南給服部電話，要他調查那個京都賓館火災事件，可是和葉在旁邊嚇了服部一跳，於是在窗邊接電話的服部險些從3樓掉下去摔死 預告片中雖然黑暗組織的狙擊手瞄準了佐藤和高木的頭，但是打的卻是汽車輪胎，他們還沒那麼傻直接和警視廳對著幹，只是製造事故拖延時間，之後佐藤開始懷疑警視廳內有間諜，因為他們的行動路線被掌握（基安蒂說：“一個郎才”（高木），科恩說：“一個女貌”（佐藤））（13劇場版佐藤和高木總是在一起，連目暮警官分配任務也是，目暮警官是不是故意的呢？） 註明：這裡的真相請看原片 真正的嫌疑人是一個男人，姓水谷，女友叫奈奈，死於一起賓館火災事件，至於事件和復仇理由我也留作謎底，本來是7張麻將牌，但是聽到有人說真正的嫌疑人水谷說到8個人不能原諒時候明白了。 毛利小五郎雖然開始推理錯誤，但是後期和笨蛋刑警在群馬山野觀看北斗七星時得到啟發，成功推理了一些脈絡。 警視廳一行向東京塔奔襲。 而博士那邊接連發現身上貼有交叉封印的甲蟲，少年偵探隊的小朋友們認為這是求救，於是到了第一次目擊甲蟲的地點，（這時候回憶預告片，那時候少年偵探隊3個真正的小學生似乎被襲擊了驚訝的慘叫），但是事實上那是博士不放心他們被灰原勸說來到了樹林的突然出現嚇到了步美等人，在那裡發現一個小屋，但是亮著燈，裡面閃過拿手槍的人的身影，於是博士給高木和佐藤電話，高木佐藤時改道去了米花之森，森林入口閃過一輛摩托車，不是別人的，正是苦艾酒的車子，而那個屋子裡閃過的拿槍的影子…… 警視廳長松本和眾人到達東京塔。 柯南則透過調查知道水谷和奈奈的興趣是看星星，單槍匹馬到了東京塔，水谷似乎正準備結束自己，柯南又一次像忘記了黑暗組織一樣開始耍酷做推理。 最驚險的時刻，突然發現一個黑影閃過，白鳥，千葉等警官竟然全被打昏！ 推理結束的時候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南準備反擊，手槍突然響了，警視廳廳長松本出現，還說真及時啊！ 但是，為什麼那些打昏的刑警裡沒有警視廳長呢？因為現實是可怕的，於此同時米花森的小屋裡那個人真的發現了一個被綁架的人，那人不是別人，正是松本廳長本人！而東京塔的松本廳長卻是黑衣組織的人偽裝的，那個偽裝者，就是Irish！柯南早就知道這個松本是偽裝的，於是舉麻醉槍射擊，不料射偏。 小蘭為什麼會出現在東京塔呢，因為園子在看電視直播東京塔的時候電視裡獨自奔襲的柯南被電視臺鏡頭捕捉，園子打電話給蘭說發現了柯南的位置，正擔心柯南的蘭知道了之後立刻去了東京塔。 奈奈的哥哥舉刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而一個勾拳打得對方吐血。 柯南又開始耍酷推理，說出了Irish的偽裝和黑組織的一些事情，不料後來Irish一句話讓他當時就閉嘴了。。。Irish揭露了柯南就是工藤新一！但是他沒有告訴過琴酒和伏特加，至於為什麼，就是因為聯絡到灰原遭遇黑暗組織的那集裡，當時琴酒殺了任務失敗的Pisco，而那個Pisco是Irish尊敬如父親的人啊……所以Irish緘默了，為的是以琴酒的重大過失來扳倒琴酒，之後想讓柯南失去意識，不停追打柯南，最後一下踢飛到牆角。 之後經過一段時間，蘭來到柯南那裡，但是她不知道這個松本是假的，先去關照了柯南，看到了預告裡柯南的話，蘭，快跑。蘭回頭卻發現假松本用手槍指向了她，於是事情回到了TV第一集新一告訴蘭子彈射出的速度，偽裝的松本開槍的時候蘭竟然成功躲避了槍擊，但是飄逸的長髮被打碎不少。 這個假松本（Irish，非常強壯，而且竟然是蘭級別相仿的空手道高手）蘭的幾次踢頭攻擊全然無效，而最後一次踢頭把Irish的假臉踢爛了一半，漏出半張真臉（可以參照NARUTO裡的大蛇丸），於是蘭被嚇了一跳，驚訝和恐懼之餘，反而被Irish一拳打飛，正要結束蘭的lrish，突然聽到了新一的聲音，驚訝之餘（因為他知道柯南就是新一）但是不知道變聲器，於是放棄了蘭去追擊柯南，柯南將手錶燈埋在門後，Irish看到手錶的燈亮後以為柯南在屋子裡就開槍……結果卻不是…… 這時候柯南突然出現，一個足球踢出去，不想Irish極為強壯，再次無效，而且Irish槍法極準，對著柯南能發出充氣皮球的腰帶和強力踢鞋就是幾槍，於是柯南的寶貝道具除了開頭的新揹帶，變聲蝴蝶結和眼鏡，還外寄存在東京塔服務員那的滑板以外，裝備全部報銷。 經過追擊，到了塔頂，柯南在樓梯後埋伏，利用跳下來的重力成功讓強壯的Irish頭撞臺階眩暈，柯南奪槍，但是黑色直升機突然出現。柯南一猶豫，Irish反擊，掐住柯南的脖子按在地上，琴酒給Irish打電話，問他拿到記憶卡沒有，當Irish把記憶卡舉給琴酒看時，被琴酒下令讓基安蒂用狙擊槍殘忍殺害了。琴酒緩緩的說：“看下面（警車保衛東都塔），他已經逃不掉了！”琴酒真是太殘忍了，對待同伴毫不留情啊。之後快死的Irish知道自己被組織背叛反而告訴柯南：“你要繼續追擊下去啊，工藤新一，將黑暗組織揭露！”柯南被直升機的機槍追到塔頂，機智的他利用了他的揹帶伸長反彈能力，自己用揹帶跳到了東京塔中部，揹帶強力伸縮反彈將機槍擊落的一個探照燈彈起，正好擊中了黑色直升機，直升機墜毀。而琴酒等人生死如何？結果還是在墜毀前逃掉了。看著墜落爆炸的直升機，苦艾酒冷笑著說：“做的不錯嘛，真不愧是我的銀色子彈。” 到此結束了。柯南帶著Irish的勉勵，決心繼續追擊黑暗組織。
電影開頭是很可怕的，晚上柯南在偵探事務所2樓裡取東西的時候，門外有動靜，柯南去檢視，結果回來的時候Gin和Vodka卻突然出現在屋子裡，GIN堵住了柯南的嘴巴，說：“覺悟吧，工藤新一，不……現在應該是江戶川柯南吧”，之後掐住柯南的嘴把他舉了起來，小蘭下樓來尋找柯南，這時候Gin使了個眼色對Vodka，說：“看看和你扯上關係的人都是怎麼玩完的吧”，門口的玻璃出現了小蘭的身影，柯南被堵住嘴巴說不出話，Vodka舉起了槍，門開了，但是沒有槍聲，原來只是個夢，到最後隨著柯南一句“小蘭”這樣的大喊。 少年偵探團一行在米花之森裡捕捉甲蟲，柯南在這裡獲得了博士新開發的揹帶，竟然可以吊起元太，（這東西在劇末有大用處）其中發現有一隻雌性甲蟲背上帖了帶有便利店OPEN的交叉紙條封印，這是之後的關鍵情報之一，之後對“標籤甲蟲”的懸疑再次以博士的冷笑話把這個猜測謎題結束，而那個冷笑話是關於中國傳說牛郎和織女的哦。 案件是一個以麻將牌為提示的連續殺人事件。 其次是警視廳的間諜，具體的發現是因為那個群馬縣的山村警官（本劇場版裡已經晉升為警部）在開會後唱起了《七子之歌》，被柯南聽到後追蹤，結果發現了某個警察進了那輛黑色的保時捷，佐藤警官向周圍人提起了毛利偵探辦案時候柯南給的許多提示和不可思議的故事，被某間諜聽到。（這個間諜大家絕對想不到多厲害，稍後揭示） 會議中的時候，毛利的冒失推理讓暮目警官讚歎要是工藤新一在就好了，橫溝警官說工藤好久不出現了，這時候高木竟然冒失的說出在黑衣騎士的時候工藤出現的故事，被某間諜聽到…… 一個黑影在屋子裡用了電腦，因為他是間諜，所以很容易就入侵了警視廳的電腦，螢幕顯示了許多江戶川柯南的檔案。 本劇場版首次把TV內容和劇場連線起來，其中包括黑暗騎士，灰原與組織重逢，鏡頭轉向柯南和同學在帝丹小學的手工課泥塑，光彥捏的是甲蟲，步美是月兔，而元太是鰻魚 （像蛇），柯南是海豚…… 深夜，一個黑影分別侵入了帝丹高中以及帝丹小學，這就是那個間諜，因為他了解了柯南的資料和一些故事後產生懷疑，拿走了海豚泥塑上的鰭和黑衣騎士的戲服，對比了海豚鰭上的柯南的指紋以及黑衣騎士演劇的頭盔上工藤新一的指紋，結果發現98%一致！此事鏡頭轉向小蘭打碎了柯南的飯碗，似乎暗示了什麼厄運...... 此後嫌疑人鎖定無關人物，抓捕過程中又是那個群馬警部提早亮出了警官證導致抓捕一度失敗，嫌疑人的女友緊張下以刀威脅警察要放了他男友，並用刀刺向上原由衣（虎田由衣）刑警（劇場版首次登場，大和敢助警官的青梅竹馬（見TV516-517風林火山）），這時候目暮警官擋下了那一刀，（也就是預告片了的那段），並非是被黑暗組織的人刺殺，嫌疑犯本人則劫持人質，而那人質是苦艾酒裝扮的，之後柯南偷偷跟到了地下停車場揭露她的身份，理由是追蹤眼鏡看到她左褲筒裡有手槍形狀的痕跡，並且被刀劃傷的左臉沒有流血。至於苦艾酒為什麼故意被劫持，我就留個謎底吧，苦艾酒給了柯南的提示是組織的另外一個人，Irish，即那個警視廳間諜……Irish是組織新人。 鏡頭轉向關西的京都和大阪，柯南給服部電話，要他調查那個京都賓館火災事件，可是和葉在旁邊嚇了服部一跳，於是在窗邊接電話的服部險些從3樓掉下去摔死 預告片中雖然黑暗組織的狙擊手瞄準了佐藤和高木的頭，但是打的卻是汽車輪胎，他們還沒那麼傻直接和警視廳對著幹，只是製造事故拖延時間，之後佐藤開始懷疑警視廳內有間諜，因為他們的行動路線被掌握（基安蒂說：“一個郎才”（高木），科恩說：“一個女貌”（佐藤））（13劇場版佐藤和高木總是在一起，連目暮警官分配任務也是，目暮警官是不是故意的呢？） 註明：這裡的真相請看原片 真正的嫌疑人是一個男人，姓水谷，女友叫奈奈，死於一起賓館火災事件，至於事件和復仇理由我也留作謎底，本來是7張麻將牌，但是聽到有人說真正的嫌疑人水谷說到8個人不能原諒時候明白了。 毛利小五郎雖然開始推理錯誤，但是後期和笨蛋刑警在群馬山野觀看北斗七星時得到啟發，成功推理了一些脈絡。 警視廳一行向東京塔奔襲。 而博士那邊接連發現身上貼有交叉封印的甲蟲，少年偵探隊的小朋友們認為這是求救，於是到了第一次目擊甲蟲的地點，（這時候回憶預告片，那時候少年偵探隊3個真正的小學生似乎被襲擊了驚訝的慘叫），但是事實上那是博士不放心他們被灰原勸說來到了樹林的突然出現嚇到了步美等人，在那裡發現一個小屋，但是亮著燈，裡面閃過拿手槍的人的身影，於是博士給高木和佐藤電話，高木佐藤時改道去了米花之森，森林入口閃過一輛摩托車，不是別人的，正是苦艾酒的車子，而那個屋子裡閃過的拿槍的影子…… 警視廳長松本和眾人到達東京塔。 柯南則透過調查知道水谷和奈奈的興趣是看星星，單槍匹馬到了東京塔，水谷似乎正準備結束自己，柯南又一次像忘記了黑暗組織一樣開始耍酷做推理。 最驚險的時刻，突然發現一個黑影閃過，白鳥，千葉等警官竟然全被打昏！ 推理結束的時候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南準備反擊，手槍突然響了，警視廳廳長松本出現，還說真及時啊！ 但是，為什麼那些打昏的刑警裡沒有警視廳長呢？因為現實是可怕的，於此同時米花森的小屋裡那個人真的發現了一個被綁架的人，那人不是別人，正是松本廳長本人！而東京塔的松本廳長卻是黑衣組織的人偽裝的，那個偽裝者，就是Irish！柯南早就知道這個松本是偽裝的，於是舉麻醉槍射擊，不料射偏。 小蘭為什麼會出現在東京塔呢，因為園子在看電視直播東京塔的時候電視裡獨自奔襲的柯南被電視臺鏡頭捕捉，園子打電話給蘭說發現了柯南的位置，正擔心柯南的蘭知道了之後立刻去了東京塔。 奈奈的哥哥舉刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而一個勾拳打得對方吐血。 柯南又開始耍酷推理，說出了Irish的偽裝和黑組織的一些事情，不料後來Irish一句話讓他當時就閉嘴了。。。Irish揭露了柯南就是工藤新一！但是他沒有告訴過琴酒和伏特加，至於為什麼，就是因為聯絡到灰原遭遇黑暗組織的那集裡，當時琴酒殺了任務失敗的Pisco，而那個Pisco是Irish尊敬如父親的人啊……所以Irish緘默了，為的是以琴酒的重大過失來扳倒琴酒，之後想讓柯南失去意識，不停追打柯南，最後一下踢飛到牆角。 之後經過一段時間，蘭來到柯南那裡，但是她不知道這個松本是假的，先去關照了柯南，看到了預告裡柯南的話，蘭，快跑。蘭回頭卻發現假松本用手槍指向了她，於是事情回到了TV第一集新一告訴蘭子彈射出的速度，偽裝的松本開槍的時候蘭竟然成功躲避了槍擊，但是飄逸的長髮被打碎不少。 這個假松本（Irish，非常強壯，而且竟然是蘭級別相仿的空手道高手）蘭的幾次踢頭攻擊全然無效，而最後一次踢頭把Irish的假臉踢爛了一半，漏出半張真臉（可以參照NARUTO裡的大蛇丸），於是蘭被嚇了一跳，驚訝和恐懼之餘，反而被Irish一拳打飛，正要結束蘭的lrish，突然聽到了新一的聲音，驚訝之餘（因為他知道柯南就是新一）但是不知道變聲器，於是放棄了蘭去追擊柯南，柯南將手錶燈埋在門後，Irish看到手錶的燈亮後以為柯南在屋子裡就開槍……結果卻不是…… 這時候柯南突然出現，一個足球踢出去，不想Irish極為強壯，再次無效，而且Irish槍法極準，對著柯南能發出充氣皮球的腰帶和強力踢鞋就是幾槍，於是柯南的寶貝道具除了開頭的新揹帶，變聲蝴蝶結和眼鏡，還外寄存在東京塔服務員那的滑板以外，裝備全部報銷。 經過追擊，到了塔頂，柯南在樓梯後埋伏，利用跳下來的重力成功讓強壯的Irish頭撞臺階眩暈，柯南奪槍，但是黑色直升機突然出現。柯南一猶豫，Irish反擊，掐住柯南的脖子按在地上，琴酒給Irish打電話，問他拿到記憶卡沒有，當Irish把記憶卡舉給琴酒看時，被琴酒下令讓基安蒂用狙擊槍殘忍殺害了。琴酒緩緩的說：“看下面（警車保衛東都塔），他已經逃不掉了！”琴酒真是太殘忍了，對待同伴毫不留情啊。之後快死的Irish知道自己被組織背叛反而告訴柯南：“你要繼續追擊下去啊，工藤新一，將黑暗組織揭露！”柯南被直升機的機槍追到塔頂，機智的他利用了他的揹帶伸長反彈能力，自己用揹帶跳到了東京塔中部，揹帶強力伸縮反彈將機槍擊落的一個探照燈彈起，正好擊中了黑色直升機，直升機墜毀。而琴酒等人生死如何？結果還是在墜毀前逃掉了。看著墜落爆炸的直升機，苦艾酒冷笑著說：“做的不錯嘛，真不愧是我的銀色子彈。” 到此結束了。柯南帶著Irish的勉勵，決心繼續追擊黑暗組織。