在滅菌程式驗證中，儘管可透過滅菌過程某些引數的監控來評估滅菌效果，但生物指示劑的被滅殺程度，則是評價一個滅菌程式有效性最直觀的的指標。可使用市售的標準生物指示劑，也可使用有日常生產汙染菌監控中分離的耐受性最強的微生物製備的孢子。在生物指示劑驗證試驗中，需確定孢子在實際滅菌條件下的D值，並測定孢子的純度和數量。驗證時，生物指示劑的微生物用量應比日常檢出的微生物汙染量大，耐受性強，以保證滅菌程式有更大的安全性。在最終滅菌法中，生物指示劑應放在滅菌櫃的不同部位。並避免指示劑直接接觸到被滅菌物品。生物指示劑按設定的條件滅菌後取出，分別置培養基中培養，確定生物指示劑中的孢子是否被完全殺滅。

過度殺滅產品滅菌驗證一般不考慮微生物汙染水平，可採用市售的生物指示劑。對滅菌手段耐受性差的產品，設計滅菌程式時，根據經驗預計在該生產工藝中產品微生物汙染的水平，選擇生物指示劑的菌種和孢子書數量。這類產品的無菌保證應透過監控每批滅菌前的微生物汙染的數量、耐受性和滅菌程式驗證所獲得的資料進行評估。

在醫療機構的滅菌生物監測中，WS310國家標準已明確規定：　　1、壓力蒸汽滅菌過程為每週一次，使用壓力蒸汽滅菌生物指示劑；　　2、環氧乙烷氣體滅菌為每批次都要監測，使用環氧乙烷滅菌生物指示劑；　　3、低溫等離子體滅菌為每日監測一次，使用低溫等離子體滅菌生物指示劑。　　以上三種滅菌方式，。也是2012年醫療機構的主要滅菌方式，其中，壓力蒸汽滅菌使用最為廣泛。