1、概念不同：付款憑證是用於記錄庫存現金和銀行存款付款業務的記賬憑證。收款憑證是用於記錄庫存現金和銀行存款收款業務的記賬憑證。轉賬憑證是用來記錄除現金、銀行存款以外的其他經濟業務的記賬憑證。2、性質不同：付款憑證是用於付款的。收款憑證是用於收款。轉賬憑證是轉賬給別人。3、填制方法不同：付款憑證的格式及填制方法與收款憑證基本相同，將憑證的借方科目與貸方科目欄目交換位置，填制時先填寫貸方科目的現金或銀行存款科目，再填寫作為與付出現金或銀行存款相對應的一級科目和二級科目。轉賬憑證是在借貸記賬法下，將經濟業務所涉及的會計科目全部填列在憑證內，借方科目在先，貸方科目在後。擴充套件資料：注意事項：1、對於涉及現金和銀行存款之間的收付業務，即從銀行提取現金或以現金存入銀行，為了避免重複，只按照收付業務涉及的貸方科目編制付款憑證。2、現金付款憑證如出現紅字時，實際經濟業務應是現金收入的增加，但在處理時，為了避免混淆，出納人員在憑證上加蓋印章時，仍應加蓋現金付訖章，以表示原經濟業務付出的款項已全部退回。3、發生銷貨退回時，如數量較少，且退款金額在轉賬起點以下，需用現金退款時，必須取得對方的收款收據，不得以退貨發貨票代替收據編制付款憑證。4、從外單位取得的原始憑證如遺失，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原始憑證的名稱、金額、經濟內容等，經單位負責人批准，方可代替原始憑證。如確實無法取得證明的，由當事人寫出詳細情況，由同行人證明，並由主管領導和財務負責人批准，方可代替原始憑證。