根及地下莖類藥材，分組將藥材的地下部分採收後，按不同大小進行分級，以便於加工，如三七、巴戟，延胡索、浙貝母、白芷等。藥用部分採收後，可於河水、塘水、山間流水或自來水洗淨泥沙，除去殘留枝葉、蘆頭和鬚根。亦可不水洗，讓其幹後泥土自行脫落或待乾燥過程中再透過搓、撞除去。對於幹後難以去皮的根莖，應趁鮮及時颳去外皮，然後曬乾，使顏色潔白，防止變色，如山藥、芍藥、桔梗、丹皮、半夏等。有的藥材需蒸煮才脫皮的，先將根莖洗淨後放入沸水中蒸煮幾分鐘，再撈出颳去外皮，然後漂淨曬乾，如明黨參、珊瑚等。

對於質堅不易乾燥的粗大根莖，應在採收後即刻洗淨除去殘莖和毛須，趁鮮切成薄片曬乾，如丹參、大黃、玄參、葛根等。對一些肉質、含水量大的塊根、鱗莖類藥材，如天冬、百部等，收後宜放入沸水中置片刻，然後再撈出曬乾。透過沸水燙，可使細胞內蛋白質疑固，澱粉糊化，破壞酶的活性，促進水分蒸發，利於乾燥，並可增加透明度，但要注意水溫和時間，以燙至半生不熟為好，過熟則軟爛，品質差，如天門冬、百部、廷胡索等。有些藥材採收後要進行蒸煮，然後再曬乾，如鬱金、天麻、玉竹、何首烏。對於一些粉質程度較高而需久存保色的藥材，為了保護產品的色澤，在乾燥前用硫磺燻蒸，如山藥、澤瀉、白芷等。燻硫還可加速乾燥，防止黴爛。簡易的硫磺燻蒸，可在室內燻硫櫃或大缸等密閉的容器內進行。根及地下莖類藥材除上述一般的加工方法外，有的還有其傳統的加工方法，如浙貝母要將鱗莖表皮擦去，加一些石灰，吸出內部水分，才易乾燥。又如玄參體積大，曬至五六成干時，須堆積幾天，使其“發汗”（即“回潮”），促使內部深層水分向體表轉移，以利乾燥，經多次反覆堆曬，才能完全乾透。