法國著名的希臘羅馬思想史和哲學史專家萊昂／羅斑的《希臘思想和科學精神的起源》一書中的希臘思想史是指公元前九世紀起到公元529年雅典學校被關閉之日止長達十四個世紀的希臘思想發展過程。分為形成期，成熟期，老年期。根據羅斑的研究，古希臘科學起源於形成期。這一階段科學與哲學密切結合。這個不恰當地被稱為“蘇格拉底以前時期”的階段實際上延續到蘇格拉底的時期，甚至蘇格拉底之後。

亞里士多德認為有兩種人，有一些稱為“神學家”的是在神話的形式下處理科學，另外一些是哲學家或“自然學家”用論證的方式提出理由，智慧更富於人性。泰勒斯為代表的米利都學派是第一個學派。一部分是科學，一部分是哲學。關於科學部分，據說他知道從一個塔頂來測量海上船隻的距離。根據一定時刻，影子的長度，或不論太陽在什麼位置，根據兩個影子三角形的比較來計算一座金字塔的高度。

米利都學派之後，遇到的第一件事是畢達哥拉斯學派的出現。阿那克薩哥拉是最後的自然主義物理學家，在柏拉圖與亞里士多德眼中被看作蘇格拉底的先驅。

著名史學家席澤宗1996年在他的撰文《古希臘與近代科學的誕生》中有這樣一句話：“近代自然科學是在反對古希臘文化的激烈鬥爭中誕生的”，這句話直觀的告訴我們古希臘文化和自然科學有聯絡，說他是批判繼承或者背道而馳都是不準確的。

單純從近代自然科學是起源說起，他是起源於文藝復興時期的歐洲，對自然科學的研究也是從對上帝的研究開始，是在對宗教的研究中逐步完善起來的。從前面這句話看出自然科學是和神學密切聯絡的，並沒有古希臘文化的因素存在，正如席澤宗在撰文中寫道“近代科學產生在歐洲並得到迅速發展是由當時當地的條件決定的，不必到1400多年以前的希臘去找原因”。

其實仔細一想就會發現，古希臘文化和文藝復興時期的神學是有聯絡的，從邏輯上來解釋，希臘文化影響了羅馬文化，羅馬文化影響了早期基督教文化，早期基督教文化自然引出中世紀神學。

中世紀的神學是近代自然科學的起源，然而在這個時期，主流社會推崇神學，古希臘文化不僅沒有得到發展，甚至處於一種異端邪說的地位，僥倖的是亞里士多德的物理學、托勒密的天文學以為宗教服務的名義被吸納到神學系統中，當漫長的中世紀成為歷史後，歐洲人開始從亞里士多德和托勒密的思想中追溯古希臘文化，懷古思幽本來無可厚非，但是亞里士多德和托勒密的運氣不好，16世紀的歐洲人秉承不破不立的思維路線，向這兩位前輩公開進行了學術方面的宣戰，最典型的代表就是哥白尼和維薩留斯，前者的《天體執行論》和後者的《人體結構》讓近代自然科學大踏步的開始前進起來。

話又說回來，亞里士多德和托勒密的傳統思想並不是一無所長，亞里士多德是邏輯理性的奠基人，他提出了關於科學理論結構的思想但是並沒有實現這個理論，後世的歐氏幾何學和阿基米德定律的提出和完善為亞里士多德的這一思想做了很好的例項，而阿基米德又是試驗學的鼻祖，他將數學和試驗結合起來，採取了演繹—觀察—實驗的思路，這實際上是試驗學方法論的雛形。還有很多現代自然科學繼承古希臘文化的例項，例如經驗論哲學家弗蘭西斯·培根融合了邏輯理性和實驗理性，建立了系統的科學歸納法；唯理論哲學家笛卡爾繼承了古希臘以來的直觀歸納法、演繹方法和數學方法，創立了假說－演繹法；伽利略在希臘化時代重視經驗傳統的基礎上，創立的實驗－數學方法，則是對數學和實驗理性的綜合運用。

由以上看來，近代自然科學既有對於古希臘科學的揚棄，更有對其理性精神的繼承。近代自然科學大廈的方法論基石可以回溯到古希臘找到它的根源。古希臘時代的哲學無論作為古代知識的彙總，還是人類認識自然的方法，隱含了近代自然科學得以發生的因素。正如恩格斯在《自然辯證法》中所說的那樣：“在希臘哲學的多種多樣的形式中，差不多可以找到以後各種觀點的胚胎、萌芽”。