硝化細菌製劑是一種用於控制養殖池水自生氨濃度的處理劑，不僅使用相當方便，而且能發揮立竿見影的效果，故越來越受魚友的歡迎。使用時可直接將該劑散佈於池中，不久即能發揮除氨的功效。市售硝化細菌製劑可分為活菌及休眠菌兩種，漁友可依自己的需要選購使用。前者是利用細菌的活體制成，在顯微鏡的觀察下，可看到它們的活動情形。後者是利用休眠菌製成，在顯微鏡的觀察中，則無法看到它們具有活動能力。選擇活菌的好處是除氨效果迅速，最適用於氨濃度過高的緊急情況。但是因活菌對氧氣的要求十分嚴格，尤其是硝酸菌屬的細菌只能在有充份氧氣存在下才能生存，正因為如此，要將活菌儲存並製成產品，常有儲存上的困難，所以在購買這類產品時，要特別注意它的有效使用期限，如果使用過期產品，就除氨的觀點而言，是沒有什麼效率的。擇休眠菌的優點是能耐久藏，較不用擔心失效的問題，但是因為由休眠菌變成活菌所需的活化時間可能需要數天之久，所以無法使用於緊急狀況之處理，僅適用於日常的水質管理。一般言之，休眠菌的儲存期限約為1 ~ 2 年，使用時仍需注意商品所標明的使用期限，以免過期失效。另外，此種產品僅亞硝酸菌屬之細菌能被製成製劑，故使用後可能會有多餘的中間物 no2- 滯留累積於水中，使亞硝酸的濃度有暫時性突然提高的現象，惟對水質不會有明顯之影響。注意事項水中有有機汙染源,淨水細菌是靠水中有機汙染而存活的，如果因為水中沒有汙染源存在，它們就無法長期生存。因此，在新水階段就加入細菌是否有效，是值得研討的。勿與消毒殺菌藥劑同時使用為了避免淨水細菌被殺滅，切記勿與消毒殺菌藥劑同時使用，如果必須使用殺菌藥劑或治療魚病的藥劑，需等藥物使用至少一星期以上再進行使用淨水細菌。要注意調整適合細菌生長的溫度在淨水細菌的使用過程中，能有效地控制在最適宜的水溫條件下，當然其發揮的效果也是最理想的。例如：光合細菌在23-29℃的範圍內均能正常生長繁殖，當水溫低於23℃時，它們的生長逐漸停滯，因此低於23℃的水族箱使用這類細菌效果較差。要注意調整適合細菌生長的ph值在淨水細菌的使用過程中，必須注意水質酸鹼度ph的變化。例如：淡水硝化細菌在ph值等於中性時的效果最佳，在酸性水質中效果最差，因此若能將水族箱中的水質調整至中性或弱鹼性，它的淨水效果會好一些。而光合細菌在ph值8.2-8.6的水質中最具效果，所以它比較適合用於海水水族箱中的使用。要注意細菌之間的共容性若要同時放養不同的淨水細菌應該注意細菌之間的共容性。例如：硝化細菌和光合細菌並不適合同時放養在同一水族箱內，因為它們淨化水質的過程互有抑制作用，可能會降低其淨化效果。要為細菌提供足夠的可居住空間如果只讓細菌生活於水族箱中可能無法滿足其繁衍上的需要，這會嚴重限止細菌的數量使其無法增加。因此，我們應該配合生化過濾系統為細菌細菌再創造更多的可居住空間供它們繁衍，以期待它們加速降低有害物質以及加強它們分解能力。一個新開缸的水族箱，第一週最好不要使用硝化細菌，因為第一週的時間裡水體不僅不會產生足夠的氮，胺等物質，而且水體中的殘留氯還會抑制硝化細菌的著床和生長。建議在開缸的第一週每日在水族箱水體中加入適量的光合細菌，來分解有害物質。