一、固體培養基分離
1、稀釋倒平板
特點：菌落分離較為均勻，進行微生物計數結果相對準確。但操作相對麻煩，熱敏感菌有時易被燙死，而嚴格好氧菌也可能因被固定在培養基中生長受到影響。
2、塗布平板法
特點：操作相對簡單，是較常使用的常規方法。但有時會因塗布不均勻使某些部位的菌落不能分開，進行微生物計數時需對稀釋和塗布過程的操作特別注意，否則不易得到準確的結果。
3、平板劃線法
特點：操作簡單，多用於對已有純培養的確認和再次分離。
應用：這三種方法可用於所有能在固體培養基表面形成菌落的微生物的純培養分離。並且，透過選用適當的選擇平板及培養條件，可直接分離各種具有特定生理特徵的微生物。和厭氧罐或厭氧手套箱技術結合，這3種方法也可用於獲得各種厭氧菌的純培養。
4、稀釋搖管法
特點：稀釋倒平板法的一種變通形式，但由於菌落形成在瓊脂柱的中間，觀察和挑取都相對困難。
應用：在缺乏專業的厭氧操作裝置的情況下對嚴格厭氧菌進行分離和觀察。
二、液體培養基分離
1、稀釋法
特點：工作量大，是否獲得純培養需依靠統計學的推測。
應用：不能或不易在固體培養基上生長的微生物進行純培養分離或數量統計。
2、富集培養
特點：一般不能直接獲得微生物的純培養，在透過富集培養使原本在自然環境中佔少數的微生物的數量大大提高後，需再透過平板法進行相應微生物純培養的分離和檢測。
應用：
（1）根據某種微生物的特殊生長要求，按照意願從自然界中對這種微生物進行有針對性的有效分離；
（2）分離培養出由科學家設計的特定環境中能生長的微生物，儘管我們並不知道什麼微生物能在這種特定的環境中生長。
三、顯微操作
單細胞（孢子）挑取
特點：分離過程直觀，可靠，但對儀器和操作技術要求較高，多限於高度專業化的科學研究。而挑取的微生物單細胞或孢子需經固體或液體培養基培養後才能獲得其純培養物。
應用：從樣品中直接分離所需的微生物細胞或孢子，獲得其純培養。
一、固體培養基分離
1、稀釋倒平板
特點：菌落分離較為均勻，進行微生物計數結果相對準確。但操作相對麻煩，熱敏感菌有時易被燙死，而嚴格好氧菌也可能因被固定在培養基中生長受到影響。
2、塗布平板法
特點：操作相對簡單，是較常使用的常規方法。但有時會因塗布不均勻使某些部位的菌落不能分開，進行微生物計數時需對稀釋和塗布過程的操作特別注意，否則不易得到準確的結果。
3、平板劃線法
特點：操作簡單，多用於對已有純培養的確認和再次分離。
應用：這三種方法可用於所有能在固體培養基表面形成菌落的微生物的純培養分離。並且，透過選用適當的選擇平板及培養條件，可直接分離各種具有特定生理特徵的微生物。和厭氧罐或厭氧手套箱技術結合，這3種方法也可用於獲得各種厭氧菌的純培養。
4、稀釋搖管法
特點：稀釋倒平板法的一種變通形式，但由於菌落形成在瓊脂柱的中間，觀察和挑取都相對困難。
應用：在缺乏專業的厭氧操作裝置的情況下對嚴格厭氧菌進行分離和觀察。
二、液體培養基分離
1、稀釋法
特點：工作量大，是否獲得純培養需依靠統計學的推測。
應用：不能或不易在固體培養基上生長的微生物進行純培養分離或數量統計。
2、富集培養
特點：一般不能直接獲得微生物的純培養，在透過富集培養使原本在自然環境中佔少數的微生物的數量大大提高後，需再透過平板法進行相應微生物純培養的分離和檢測。
應用：
（1）根據某種微生物的特殊生長要求，按照意願從自然界中對這種微生物進行有針對性的有效分離；
（2）分離培養出由科學家設計的特定環境中能生長的微生物，儘管我們並不知道什麼微生物能在這種特定的環境中生長。
三、顯微操作
單細胞（孢子）挑取
特點：分離過程直觀，可靠，但對儀器和操作技術要求較高，多限於高度專業化的科學研究。而挑取的微生物單細胞或孢子需經固體或液體培養基培養後才能獲得其純培養物。
應用：從樣品中直接分離所需的微生物細胞或孢子，獲得其純培養。