1、產生同義突變：在鹼基置換後，雖然每個密碼子變成了另一個密碼子，但由於密碼子的簡併性，因而改變前、後密碼子所編碼的氨基酸不變，故實際上不會發生突變效應。

2、發生基因突變的鹼基位於基因結構的非編碼區或發生在真核生物基因結構的內含子內，此基因轉錄的信使RNA仍未改變（但前體RNA改變），因而合成的蛋白質也不改變，不引起生物性狀的改變。

3、某些突變雖改變了蛋白質中個別氨基酸的個別位置的種類，但並不影響該蛋白質的功能。例如：基因突變使酵母菌的細胞色素C肽鏈的第十七位上是亮氨酸，而小麥是異亮氨酸，儘管有差異，但細胞色素C的功能是相同的。

4、隱性基因的功能突變在雜合狀態下也不會引起性狀的改變，例如：在豌豆中，高莖基因D對矮莖基因d是顯性；若在基因型為DD的受精卵中，有一個D突變為d，則該受精卵的基因型為Dd，仍表現為高莖。

5、由於性狀的多基因決定，某基因的改變了，但共同作用於此性狀的其他基因未改變，其性狀也不會改變。如：香豌豆花冠顏色的遺傳。當C合R同時存在時顯紅花，不同時存在時不顯紅色。所以由ccrr突變成ccRr時也不引起性狀的改變

6、性狀表現是遺傳基因和環境因素共同作用的結果，在某些環境條件下，改變了的基因可能並不會在性狀上表現出來。如：dd的豌豆個體突變為Dd，本應出現髙莖的變異，但如果種在貧瘠的土壤中，長成矮莖而不變異。