近期發表在《自然-生態學與進化》（Nature Ecology & Evolution）上的研究論文發現，最新考古證據表明人類有規模種植巧克力植物，並從中提取巧克力的時間要比預期的要早很多。目前業內普遍認為人類是在3900年前開始規模種植這些植物，不過最新證據將其追溯至5300年前。

該論文中重點提及了從南美洲挖掘的陶器和其他文物，根據相關技術手段測試可以確認追溯到5300年前。在其中一塊陶瓷容器上，研究人員檢測到了可可粉的化合物，以及和可可樹相匹配的DNA片段。

來自哥倫比亞大學、該論文的聯合作者Michael Blake表示：“新研究向我們展示了生活在亞馬遜河流域上游的人們，生活軌跡延伸到延伸到厄瓜多東南部的安第斯山脈山麓，種植和使用可可，要比此前在墨西哥發現的可可痕跡早了1500多年。”

　　巧克力起源自於神秘的古代美洲瑪雅文明。瑪雅人認為可可樹是神賜予他們的禮物，將可可樹稱之為Cacau，可可果中的可可豆稱為Cocaa，他們將可可豆烘乾碾碎後製成了一種具有興奮劑效果的神奇飲料Xocoatl，其實是一種混合了辣椒和樹汁的可可熱飲。

　　隨後可可豆和可可飲料慢慢在南美洲流傳開來，最終傳入了阿茲特克，這是當時美洲最為強大的帝國，阿茲特克人在可可液中加入草藥、香料和玉米汁並攪拌起泡稱這種飲料為Chocolatl，帝國的皇帝非常喜歡這種可以趕走疲勞、提神醒腦的可可飲料，阿茲特克人開闢了一些可可種植園成為最早種植培育可可樹的人，但是因為生產規模太小隻有皇宮貴族及祭司才有權使用可可，因為珍貴，可可豆甚至可以當作貨幣使用，100顆可可豆就可以換一個身強體壯的奴隸。

　　關於可可樹的起源阿茲特克人中流傳這樣的故事，一位阿茲特克公主在丈夫離家保衛邊疆的時候，因為拒絕向敵人透露寶藏的所在地而不幸被害。為了嘉獎阿茲特克公主的勇氣和忠誠，羽蛇神把可可樹贈送給了阿茲特克的人民，在公主鮮血流淌的地方長出了一棵可可樹，其果實中藏有一顆珍貴的種子，味苦如同公主受到的煎熬，堅硬如同公主堅強的美德，殷紅如同公主忠貞的鮮血。

　　大航海時代西班牙人來到了美洲，1516年，西班牙殖民軍統帥費爾南德·高爾斯在寫給西班牙國王的報告中說：“在墨西哥廣大地區出產一種可可豆，誰要是喝上一杯這種飲料，就足以使人在全天的行軍中精神飽滿。”1519年，另一位西班牙著名冒險家科爾特斯在阿茲特克國王蒙特蘇瑪的宮中喝到了Chocolatl，西班牙語以及英語中巧克力Chocolate就是由此而來。後來科爾特斯將這種飲料帶回西班牙，西班牙人發現這種飲料加入糖、香草和肉桂後味道很好。這是歐洲的第一個可可飲料配方，西班牙皇室很珍視這個配方，將其保密了大約兩百年。