魚的缸裡可以放硝化菌的。 新的水族箱裡放進自來水，經過曝氣除氯、增氧，就可以放闖缸魚了。有了魚，水中就有了有機物來源，其主要成分包括碳水化合物、脂肪、蛋白質等。這些物質的積累使水受到汙染，與此同時，以有機物為生的微生物，主要是各種異養菌開始大量繁殖。有機物分解的產物又引來了新的微生物，其中，蛋白質等含氮化合物經過分解產生的氨，為硝化細菌提供了食物，於是，硝化細菌開始繁殖起來。此外，還有各種浮游生物、原生動物等也相繼出現，水中的生物和各種成分趨於多樣化，並形成了簡單的食物鏈，水開始具有了活性。 硝化細菌包括銨氧化細菌（又叫亞硝化細菌）和亞硝酸氧化細菌（又叫硝化細菌）兩類，它們能夠有效分解對魚有毒的氨及其轉化的亞硝酸鹽，因此具有特別重要的意義。開缸是否成功，其主要標誌就是硝化系統的建立，氨和亞硝酸鹽的去除能力，也是衡量水的自淨能力的重要指標。 各種菌類不僅僅生活在水中，在缸壁、底砂、以及缸內其它固體表面，都附生著大量菌類，硝化細菌主要是附著在物體表面生活，水中反而數量很少，而且缺乏活性。還有許多異養菌也是在固定表面上生活更有活性。實際上，養水主要就是養微生物，也就是建立一個良好的微生態水環境，它包括水體、缸體和過濾系統各個要素，離開了缸，水的穩定性就會降低，同樣道理，一個成熟的好缸。