由於生產數量多，也是世界上應用最廣泛的遠端客機，牽涉到波音747的航空意外格外比較引人注目，機身與人員損傷的總數也最多。雖然如此，大部分的747意外大都起因於人為疏失或外部因素，真正與飛機設計瑕疵有關的事件僅有幾起，例如1989年的聯合航空811號班機事件，1996年的美國環球航空800號班機事件等幾起。 1970年9月6日，泛美航空93號班機為一架波音747-100型客機遭解放巴勒斯坦人民陣線劫持至約旦。當機上人質被釋放後，此機被炸彈炸燬。這架亦是首架報廢的波音747。

1974年11月20日，德國漢莎航空540號班機為一架波音747-100型客機，從肯亞內羅畢的喬莫·肯亞塔國際機場24號跑道起飛後不久因失速墜毀。機上140名乘客和17名機組人員中，59人罹難。這宗空難是波音747客機的首宗事故。

1977年3月27日，通稱特內里費空難、加那利空難，事件中荷蘭皇家航空4805號班機為一架波音747-200B型客機，與美國泛美航空1736號班機為另一架波音747-121型客機，在西班牙特內里費島洛斯羅迪歐機場跑道上高速相撞，事件造成兩機上多達583名的乘客與組員死亡。其中荷航4805號班機上無人生還，而泛美航空1736號班機亦只有61人生還。這是歷史上死傷最慘重的空難意外。

1978年1月1日，印度航空855號班機為一架波音747-200B型客機，因飛機儀表失靈，加上飛行員判斷失誤，導致飛機在阿拉伯海墜毀。機上190名乘客和23名機組人員無人生還。 1980年11月19日，大韓航空015號班機為一架波音747-200B型客機，在南韓金浦國際機場降落時因天氣惡劣滑出跑道，撞向跑道旁瀾水壩後爆炸起火，6名機組人員及8名乘客死亡。

1982年6月24日，英國航空009號班機為一架波音747-200客機，在印尼西爪哇加倫谷外海因飛入一片火山灰雲，四臺RB211型發動機被火山灰塞住。飛機成功緊急降落雅加達蘇卡諾-哈達國際機場。

1983年9月1日，大韓航空007號班機為一架波音747-200型客機，因誤入蘇聯堪察加半島東北領空，遭蘇聯空軍的Su-15戰鬥機擊落於庫頁島西南方外海。機上240名乘客和29名機組人員無人生還。

1983年11月27日，哥倫比亞航空11號班機為一架波音747-200B型客機，在西班牙馬德里巴拉哈斯機場進場時，偏離航道墜毀。機上169名乘客及23名機組人員中，11人生還。

1985年2月19日，中華航空006號班機為一架波音747SP型客機，因為飛機4號引擎失靈，加上飛航工程師失誤，導至飛機左右平衡失穩，並以接近音速的速度急速下墜，飛機嚴重損毀，最後飛機成功緊急降落舊金山國際機場。2名乘客受重傷，22名乘客受輕傷。令人驚奇的是該747已遠遠超出操作極限，雖然有損毀，如水平尾翼嚴重損毀（3套液壓裝置中，控制水平尾翼的1套液壓裝置管道破裂，無法操作），但仍安全降落。

1985年6月23日，印度航空182號班機為一架波音747-200B型客機，在由加拿大蒙特利爾機場前往倫敦希思羅機場途中，在愛爾蘭南面的大西洋上空，炸彈發生爆炸。機上307名乘客及22名機組人員無人生還。

1985年8月12日，日本航空123號班機為一架波音747-100SR46型客機，在由東京國際機場前往大阪國際機場途中，飛機墜落在關東地區群馬縣御巢鷹山區附近的高天原山，機上524人裡只有4人倖免。事故原因是機尾保養不當導致機身破裂，3套液壓系統全部失靈。機組人員操控飛機發動機推力與死神搏鬥了30分鐘，最後墜毀。這成為民航史上只涉及單一一架飛機的空難死亡人數的最高紀錄。

1986年9月5日，泛美航空073航班為一架波音747客機，由巴基斯坦卡拉奇真納國際機場（Jinnah International Airport）前往德國法蘭克福國際機場途中遭劫機，之後被阿布·尼達爾組織安排的炸彈爆炸。機上379人裡有20人死亡。

1987年11月28日，南非航空295號班機為一架波音747-200型客機，由中正國際機場（今臺灣桃園國際機場）前往南非約翰內斯堡國際機場，即將降落模里西斯拉姆古蘭爵士國際機場（Sir Seewoosagur Ramgoolam International Airport）加油前，主貨艙突然起火，飛機不久後在模里西斯附近的印度洋墜毀。機上140名乘客及19名機組人員無人生還。

1988年12月21日，泛美航空103航班為一架波音747-100型客機，由倫敦希思羅機場前往紐約肯尼迪國際機場途中，在蘇格蘭邊境小鎮洛克比上空，恐怖份子安排的炸彈爆炸，飛機被炸成數段。機頭駕駛艙在蘇格蘭村莊Tundergarth中一間小教堂旁邊的田野墜地，而機身主要部分墜落在洛克比舍伍德新月廣場（Sherwood Crescent）。機上243名乘客及16名機組人員無人生還，地面11人死亡。21間房屋因損毀嚴重。有人士認為這起事件是恐怖分子對先前美軍誤擊毀伊朗655航班的報復行動。

1989年2月19日，飛虎航空66號班機為一架747-200F型貨機，於馬來西亞因接收當地塔臺非標準用語而墜機，機上4名機員無一生還。

1989年2月24日，聯合航空811號班機為一架波音747-100型客機，由夏威夷檀香山國際機場飛往紐西蘭奧克蘭國際機場途中，當飛機爬升至22,000-23,000呎上空時發生爆炸，機身右前方出現大洞。飛機成功緊急降落檀香山國際機場。機上337名乘客及18名機組人員中，9人死亡。事件起因是貨艙的控制電動門鎖的裝置沒有關掉，才導致出現短路令艙門突然開啟，導致爆炸性氣壓下降。 1990年8月2日，英國航空149號班機降落科威特時剛好是波斯灣戰爭開戰後不久，伊拉克入侵科威特，一名科威特皇室成員被殺。飛機其後被戰火炸燬。

1991年12月29日，中華航空358號班機為一架波音747-2R7F/SCD型全貨機，由中正國際機場飛往美國安克雷奇途中，因發動機故障而回航，但在臺灣臺北縣萬里鄉山區墜毀。5名機組人員罹難。此架貨機曾遭機長王錫爵劫往中國大陸。

1992年10月4日，以色列航空1862號班機為一架波音747-258F型全貨機，在荷蘭阿姆斯特丹墜落在民居。4名機組人員罹難，地面39人死亡。

1993年11月4日，中華航空605號班機為一架波音747-400型客機，在香港啟德機場降落後未能及時剎停飛機，衝落海中。機上274名乘客及22名機組人員中，23名乘客受傷送院。該架747-400事後退役，成為第一架報廢的747-400型客機。

1994年12月11日，菲律賓航空434號班機為一架波音747-200B型客機，由宿霧國際機場飛往東京成田國際機場途中，機上一個炸彈發生爆炸，一名乘客被炸死。飛機緊急降落沖繩那霸機場。

1996年7月17日，環球航空800號班機為一架波音747-100型客機，由紐約肯尼迪國際機場前往巴黎戴高樂機場途中，在紐約長島上空附近爆炸，機上212名乘客及18名機組人員無人生還。事件起因斷定為電線短路造成的火花引起油箱爆炸，從而撕裂了機鼻與機身使得整架飛機在爬升中墜毀。事後美國聯邦航空局要求大飛機需要在中央油缸加入惰化系統（向油箱充入氮氣），防止爆炸。

1996年11月12日,，沙烏地阿拉伯航空763號班機為一架波音747-100B型客機，與哈薩克航空1907號班機－一架伊留申Il-76型客機，在印度哈里亞納邦上空相撞。兩架飛機上349人全部罹難。

1997年8月6日，大韓航空801號班機為一架波音747-300型客機，在關島的安東尼奧·汪帕特國際機場（Antonio B Won Pat International Airport）進場時，墜毀在尼米茲山山腰201米處。機上237名乘客和17名機組人員中，228人罹難。

1998年8月5日，大韓航空8702號班機為一架波音747-400型客機，在南韓金浦國際機場降落時因天氣惡劣，全機衝出跑道旁草叢，機翼折斷，25名乘客受傷。 2000年10月31日，新加坡航空006號班機為一架波音747-400型客機，因為大雨造成的能見度差，誤闖了正在施工維修而暫停開放的臺北中正國際機場05右跑道，撞上跑道上的施工機具。機上140名乘客和17名機組人員中，83人罹難。

2001年1月31日，兩架均隸屬於日本航空的航機（一架是波音747-400D客機，另一架是麥道DC-10-40D客機）在靜岡縣燒津市駿河灣上空出現空中接近（Near miss）的危險情況。最終兩航機避免了相撞，但造成其中一班航機上100人受傷。

2001年8月23日，沙烏地阿拉伯航空624號班機為一架波音747-300型客機，在馬來西亞吉隆坡國際機場在滑行道準備滑行至跑道時，飛行員不為意只有2號及3號引擎能控制機輪煞車時，只開動了1號及4號引擎，未能煞停飛機，失控掉到滑行道旁的明渠。機頭貨艙及機頭乘客艙幾乎被壓扁，機頭與駕駛室斷開。6名機艙服務員受傷送院。

2002年5月25日，中華航空611號班機為一架波音747-200B型客機，由臺北中正國際機場前往香港國際機場途中，因金屬疲勞導致飛機在澎湖外海35,000呎高空解體墜毀。206名乘客及19名機組員無人生還。

2002年5月25日，美國西北航空為一架波音747-200型客機，在關島國際機場進場時，前輪忽然收起，2名乘客受傷送院。盧森堡貨運（CargoLux）的747-400F在上海浦東機場也曾發生相同的意外，但無人傷亡。

2008年7月7日，Kalitta航空一架波音747-200型貨機，預定由波哥大飛往邁阿密，起飛後發動機起火，緊急返場時墜毀，造成三名地面民眾死亡。

2008年7月25日，澳洲航空一架編號QF30，由倫敦出發、途經香港後飛往墨爾本的波音747-400客機，在香港往墨爾本的航段半途，機身下緣、前貨艙外殼處突然在高空飛行狀態下破了一個大洞，導致機艙氣壓驟降，飛機急墜6,000米，立即在菲律賓的馬尼拉國際機場緊急降落。機上346名乘客都沒受傷。

2010年9月3日，美國聯合包裹運輸公司6號航班為波音747-400F型貨機，從迪拜起飛後，駕駛艙出現煙霧，飛機不久後墜毀，機師與副機師死亡。這是747-400F首次墜機。

2010年11月5日，澳洲航空又一架747-400因引擎故障迫降新加坡。

2013年11月8日，伊朗航空一架超過20年的波音747執行北京-德黑蘭航班任務，於4:11在北京首都國際機場起飛時，一號發動機突然著火，於4:24成功在北京首都國際機場著陸，機上所有人員均未受傷。