這個問題比較複雜，就我個人看來，兩種說法都有一定的史料依據，讀者們可自己選擇、見仁見智吧。

先說說定性為平叛的理由吧：由明代北元汗庭時期的瓦剌部落聯盟演變而來的衛拉特聯盟，是構成所謂漠西蒙古的主要組成部分，自打準噶爾部綽羅斯家族的也先自稱“大元田盛可汗”失敗被殺後，準噶爾部遂逐漸衰落，瓦剌部落聯盟（衛拉特）的領導者轉而被出身黃金家族的和碩特部首領世代所據，（和碩特部溯源為成吉思汗長弟哈撒兒後裔）。公元1636年雄踞青海和藏邊的和碩特部首領兼衛拉特諸部盟主的固始汗，出於保障自身在藏邊、青海的利益，對抗喀爾喀諸部的壓力，遣使歸附當時正虎視中原的清廷。到了1646年，已經成功入主拉薩的固始汗，鑑於清軍已經順利攻佔長江以北廣大地區，遂與衛拉特各部首領二十二人聯名奉表上貢，清廷回賜以甲冑弓矢，由此正式冊立宗藩關係。因為固始汗當時的身份還是衛拉特聯盟的盟主，所以這個宗藩關係也可理解為對包括準噶爾部在內的衛拉特聯盟，就這一點來說，後來的清廷與準噶爾部的長期戰爭，就可界定為是平定邊境叛亂之戰了。

同樣，在史學界、尤其是蒙古、俄國和日本學界，傾向於把清廷與準噶爾部的戰爭界定為是兩個國家的戰爭。他們的理由也很充分：首先，自公元十七世紀以來，綽羅斯家族的準噶爾部重新崛起，在首領哈喇忽剌、巴圖爾琿臺吉領導下，不但逼迫相鄰的土爾扈特部西遷，更迫使杜爾伯特部逐漸淪為附庸。等到噶爾丹登上首領寶座後，立刻將矛盾對準了昔日衛拉特盟主和碩特部首領鄂齊爾圖汗，經過短暫而慘烈的交鋒，準噶爾部重新奪回了失去了幾個世紀的領導地位。其後，噶爾丹的準噶爾部大軍陸續消滅、兼併了天山南北的葉爾羌汗國，遠征中亞，大敗了哈薩克汗國，兵鋒遠達河中地區。與此同時，噶爾丹取消了各自為政，互不統屬的傳統的鬆散的衛拉特聯盟，還取消了各部族長的權力和各部大小洪臺吉、克什(太師)、濟農等稱謂，強化了內部的集權專制體制，至此準噶爾部完成了從部落政權到國家政權的初步轉變。公元1678年，五世達賴專門派人贈送尊號“博碩克圖汗”給噶爾丹，在為此舉辦的盛大典禮上，衛拉特和喀爾喀諸部的首領都遣使到場祝賀，國外不少學者均認定這一天為準噶爾汗國的誕生日。（包括商務印書館出版的茲拉特金著《準噶爾汗國史》，也是持這一觀點）。在噶爾丹悍然東征兵敗自殺後，相繼登基的策妄阿拉布坦、噶爾丹策零時期，準噶爾汗國趨於極盛，不但稱霸中亞、對抗沙俄，還曾覆滅西藏的和碩特政權、救援青海叛亂的羅卜藏丹津、在與清廷的長期拉鋸戰中不落下風，直到後因內訌瓦解，方才被清高宗派出的遠征大軍所滅。故此，在這個視角來看，清廷和準噶爾汗國間的戰爭，是兩個政權之間的戰爭。（在蒙古、日本學者的相關學術著作中，清朝被稱呼為“愛新國”。例如內蒙古人民出版社2005年出版的日本學者宮脇淳子著《最後的遊牧帝國》）。

其實是兩國之戰。漠西蒙古原為成吉思汗弟弟阿薩爾的後代，元末退回漠北後分裂為瓦剌。明代從未征服過瓦剌，反而是瓦剌頻繁扣邊，甚至俘虜了明朝皇帝。瓦剌部落非常強悍，不僅佔有新疆，還征服了青海和西藏。新疆現在好多地名都是蒙語而不是維語就是瓦剌留下的。明清兩代維族不是新疆的主宰，乾隆平準噶爾後實行種族滅絕，男子高過馬蹬的全殺，維吾爾興起才成了新疆的主體民族。青海也是一樣，原來的主題民族是蒙古，清朝西北迴民暴動，左宗棠平叛後，把歸順的回民遷入青海，有點以夷制夷的味道，回民遂在青海發展壯大。漠北、漠南蒙古最早也只是像徵性的臣服，當時也不算中國。後來漠西準噶爾向東、向北擴張，漠北、漠南蒙古抵擋不住，向康熙求助，康熙要求漠北、漠南蒙古納入中國版圖才肯出兵，從此漠北、漠南蒙古才真正成為中國領土。康熙、雍正兩代都沒有徵服準噶爾，可想而知它有多麼強悍。乾隆時，準噶爾內亂，又逢瘟疫。乾隆乘機出兵平定準噶爾。因為準噶爾不屬於清朝，所以這片國土是新開闢的，所以乾隆賜名新疆。

兩國之戰。沒有隸屬關係，沒有上下之分。漠北蒙古（相當於外蒙）是稱臣了，科爾沁等也服從了，金印在皇太極手。但西邊的是獨立的。還有七河流域呢？白帳汗國等部落呢？而且準噶爾的建設，顯然有了國家的規模。所以，乾隆把收新疆作為自己的十大武功之一。

從歷史層面來講的話，應該屬於兩國之戰。

首先追溯一下準噶爾的歷史，準噶爾部的前身是明朝時期的瓦剌，瓦剌比較出名的首領叫也先，也先有一場非常著名的戰役叫做——土木堡之變，這場戰役滅掉明軍20萬，俘虜了明英宗，若不是有于謙籌劃得力，估計北京城也要玩完。

也先之後，瓦剌部在明朝和漠北蒙古喀拉喀的打擊下，不斷西遷，後來在新疆北疆的準葛爾盆地演化成厄魯特蒙古，厄魯特又稱衛拉特，歷史上稱為衛拉特四部：準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和輝特部。

如果是平叛戰爭，那麼叛亂的一方是隸屬於平叛方的。可是從瓦剌時代開始，中原王朝和其就是死敵，明朝從未認為瓦剌是其藩屬，而認為其非我族類。

清朝建立後，更從未和厄魯特有過聯絡，畢竟中間隔著龐大的喀爾喀蒙古。後來，葛爾丹從拉薩回來之後憑藉喇嘛教的勢力逐步統治了準葛爾部，並開始東征西討，統一四部，土爾扈特部被迫西遷，和碩特部被驅逐到青海。準葛爾部統治了整個北疆，並進軍蒙古草原，擊潰了喀爾喀。佔據整個蒙古草原，最遠的一次遠征甚至到了黑龍江附近的克魯倫河，喀爾喀蒙古的土謝圖汗被迫成為清朝藩屬，臣服。

自此，清朝才有了保護喀爾喀反擊準葛爾的口實。

作為滿人老家的東北地區，是清朝天然帶到中國版圖的。而明朝只在建國初期對東北地區進行過短暫的羈縻統治。

新疆地區更甚，自唐末安西殘軍之後，清之前的中國曆代王朝從來沒有對新疆進行過統治，元朝亦然，這期間間隔千年。直到葛爾丹的出現，清朝才有機會將新疆、外蒙古和西藏真正置於北京強有力的控制之下。

當然，由於中國史料的單方記載及外蒙古對葛爾丹的推崇，歷來華人對葛爾丹的定性就是一個叛賊，其實，從整個歷史來看，葛爾丹對中國領土的間接貢獻著實起著異乎尋常的作用。（注意是間接）。

26歲的葛爾丹結束了內訌近150年的衛拉特蒙古，也稱作厄魯特，擊敗了哈薩克封建主，抑制了沙俄對準葛爾汗國邊境的侵蝕，並進軍喀爾喀，奪取了整個蒙古高原，顯然這嚴重威脅到清帝國的切身利益，但是要知道的一點是，歷史上的準噶爾汗國是一個完全獨立的國家，從也先死後的西遷到葛爾丹這一個半世紀的時間內，從來沒有和中國內地有過半點接觸。甚至清史自己都說“厄魯特，西北大國也”。直至葛爾丹出現，清朝才對準噶爾汗國的認識從書面記載轉向實際接觸。葛爾丹對東蒙古的進攻，迫使喀爾喀土謝圖汗向清朝求救，但北京開出的條件是： 喀爾喀人必須成為清人，才會出兵。於是在葛爾丹的威脅下，1688年10月，外蒙古正式成為中國領土的一部分，接受清帝國直接統治，結束了藩屬地位。

葛爾丹自小在拉薩長大，和達賴喇嘛關係密切，達賴喇嘛對葛爾丹的隱形支援及二者著力構建統一的蒙古國的構想，使清朝在戰後有了徹底清算拉薩的理由，並由此在西藏長期駐軍、設立駐藏大臣、設立班禪等等一系列強化統治的手段。

摧毀葛爾丹的戰役異常順利，但清朝對衛拉特蒙古即新疆地區的征服程序並不順利，歷時三帝，長達一百多年，直到阿睦爾撒納身死俄國，清朝才真正統治了新疆。可以說是清帝國費勁心機的幹掉了兩個獨立的政權，喀爾喀和準葛爾，並直接出兵西藏，才奠定了現在中國版圖的格局。

其實與英國相同，英一直認為，蘇格蘭，威爾士，愛爾蘭乃英國的固有土地，中世紀英國一直將上述地區視為內政問題，但蘇格蘭，威爾士，愛爾蘭卻一直與法國結盟反英，其盟約長達幾百年，至今都沒官方性取消，。只是當年英女王無後，蘇格蘭王詹姆斯繼大英王位，才使倒底一統，然而數年光榮革命後，蘇，威，愛再拋分裂勢，愛孤懸海外終獨立，蘇，威直至今天依舊在努力獨立。試問蘇格蘭，威爾士與英國到底是內政問題，還是國際間問題？

清和準格爾都是一個部族而且都十分的強大，清的眼光和和崛起的速度後來超越了準格爾，其實清和準格爾都想把對方擊敗吞併對方，他們誰也不是誰的臣屬，相反的誰把誰吞併了吞併的一方就是另外一方的臣屬或奴隸，做個準格爾那個時候應該是兩個國家的戰爭了。

清朝與準葛爾之戰，個人認為屬於繼承式平定他國支援地方分裂勢力叛亂，不應歸結為兩國之戰，具體理由如下：

清朝並不單純繼承明朝的領土，還繼承了元的領土。很多人認為明朝滅元而成國，自朱元璋揮師北伐佔領大都元朝就已經滅亡了，但其實朱元璋只是將元朝驅趕回了蒙古草原，當時山西陝西一帶、雲南、廣西部分地區還在元朝的統治之下，後期經過多年征討才逐步收回，終明一朝也沒有徹底的消滅元朝的傳承。公元1625年努爾哈赤遷都瀋陽鞏固遼東根據地後，先後用了十餘年時間，到1636年蒙古漠南漠北各部落歸順後金，元朝傳承才算徹底終結。也就是說清朝先繼承了元朝的領土和傳承，後繼承的明朝領土和傳承。

蒙古帝國正統在科爾沁草原黃金家族，準格爾是蒙古的一個分支。蒙古帝國自成吉思汗始正統皆在孛兒只斤氏，準格爾只是相當偏遠的一個分支，如果想要取得正統就必須擊敗位於科爾沁的黃金家族，而準格爾崛起時科爾沁的黃金家族已經歸順了清朝，並將可汗之位轉於清朝皇帝繼承。也就是說自1636年蒙古各部落歸順後金開始，準格爾就已經在法理上成為了後金的一個藩屬。

準格爾曾向清朝皇帝稱臣，後受沙俄支援起兵叛亂。準格爾部在崛起初期，實力尚不能支援其叛亂，首領葛爾丹入京朝拜並請求賜婚，後得到沙俄帝國支援實力大增發動叛亂。準格爾部叛亂軍隊中有大量沙俄製武器和哥薩克等沙俄的僱傭軍，經過清朝軍隊多年討伐，逐步向西撤退，最終在乾隆年間被徹底擊敗並歸，蒙古諸部落完全納入清朝的統治之下。

狗屁的兩國之戰！蒙古的林丹汗是被皇太極所滅。這時蒙古諸部名義上，都已經臣服於滿清政府。只是由於道路難行聯絡不便而疏於管理罷了，隨著滿清政府成功的入主中原，國家的概念逐漸行成。這時期的蒙古所有的部落，都是屬於清朝的內部事務。清朝皇帝特旨設理藩院衙門來管理這些事務，準格爾旗的這個名號，就是根據滿清八旗制度而來的。屬於是蒙八旗。清朝還有漢軍旗，統統都是一樣的。後來準格爾旗就是造反，滿清政府採取措施就是武力評判。時是兩國之間的戰爭的人？就是別用心！妄圖分裂國家！

平定叛亂之戰。

瓦剌曾嚮明朝稱臣，屬於明朝的一部分。清朝的前身也是明朝臣屬，努爾哈赤曾經是明朝的龍虎將軍，所以後金的建立實際上是發生在明朝的一場叛亂，明清戰爭是一場叛軍取得中央政權建立中央政府的內戰。當叛軍取得中央政權後，實際上就取代了明朝的宗主位置，成為周邊藩屬的宗主國，所以瓦剌作為明朝藩屬，自然也是清朝藩屬。藩屬不服宗主國，雙方發生戰爭，自然是平叛。

另外，即使從蒙古這邊考慮，自林丹汗之子將大汗之位禪讓給皇太極之後，清朝皇帝就繼承了蒙古大汗的位置，漠西蒙古作為蒙古的一支也必須服從蒙古大汗的指揮。蒙古一部不服從蒙古大汗而被大汗征討，自然也是平叛。

那必須是兩國之戰啊，兩個不同種族沒有隸屬關係的國家，早在清軍入關以前準噶爾汗國已經存在，你要說繼承明朝疆土把，準噶爾也不歸明朝管轄，你總得征服了這個地區有效管理後，他再反抗你再鎮壓才叫平叛啊！至於稱臣這種事就更扯淡了，誰實力強一點，眼瞅著打不過那就互相界定一些彼此稱呼關係而已，像李淵還向突厥可汗稱臣呢，這種一會兒稱臣一會兒實力相當了又約為兄弟，一會兒和親了又變成翁婿的關係千萬別當真，準噶爾汗國就像蒙古分家的那啥金帳汗國、查哈臺汗國……，在歐亞大陸一堆的汗國一樣，你去攻打歐亞大陸也叫平叛嗎？