“一地兩檢”就是在站內設定“內地口岸區”和“香港口岸區”，同時，採用“同層兩檢”模式，離港及抵港旅客可在同一層內完成辦理出入境手續，無需在登車後再上下車進行邊檢。旅客無論是離開內地口岸區之前，還是進入內地口岸區之後，都視為身處內地，由內地出入境邊防檢查機關、海關依照內地法律對其進行出入境監管。符合內地法律的，依法允許其出入境。違反內地法律的，由內地機構根據具體情況依法採取相應法律措施。

還未辦理任何出境手續的記者在B4月臺層下車後，按照指示牌可以轉到玻璃隔出的空間直接搭乘直梯抵達香港西九龍站的B2入境層，若直梯等候人數較多還可搭乘扶手電梯。上到B2層後，順著寫著“抵港”的指示牌，即可直接來到出境候檢區域。7時57分，記者到達時，出境候檢區域前面有四五個人排隊，但因為一名旅客過關時間過長，在8時01分換了一條隊伍等候出境檢查，8時03分時就順利出境，整個出境檢查過程僅耗2分鐘。記者看到，除了邊檢人員，在自助查驗通道處，還有萌萌的白色邊檢機器人發出語音提醒，協助引導旅客。

內地口岸區位於B2層和B3層的出入境查驗區各設30條自助通道和18條人工通道，在口岸開通後，將嚴格落實國家移民管理局通關新舉措，確保中國公民出入境通關候檢不超過30分鐘，同時也將對外華人入出境時間相應提供便利。在重大節假日，將提前對客流高峰進行研判和預警，及時增加警力，提前加開通道，確保旅客通關順暢。出入境旅客乘坐廣深港高鐵出入香港的旅客必須持有效出入境證件和有效簽證簽註，並在出行前請仔細檢查出入境證件是否存在汙損、殘破等情況，避免因證件問題耽誤行程。

出境後步行三四百米就會看到一條黃線，黃線兩側分別標為內地口岸區和香港口岸區。跨過這一條黃線就來到了香港口岸區。在進入香港入境待檢區域後，首先看到有三處設定體溫檢查的櫃檯，再往裡走，右邊即是香港居民入境通道，中間是自助通道，左邊是訪客通道。自助驗證e道機，由香港海關全新設計推出，驗證證件不再分正反面，放入即可識別。同時還設有2個禮遇通道，方便帶小孩的乘客入境。

一地兩檢就是在一個地點完成出境和入境過關檢查，就是說如果你坐廣深港高鐵從廣州到香港，在廣州這邊上車不用過關檢查了，到了高鐵香港段西九龍總站下車時，才完成內地關和香港關的檢查。