滬港通交易費用不都是統一的，滬港通的交易費用包括交易及結算費用、證券組合費用、以及交易佣金費用。

交易稅費是交聯交所或由聯交所代收，包含：

1、印花稅：雙邊收取，按成交金額的0.1%計收（取整到元，不足1元港幣按1元計）；2、交易徵費：雙邊收取，按成交金額的0.0027%計收，四捨五入至小數點後兩位；3、交易費：雙邊0.005%（四捨五入至小數點後兩位）；4、交易系統使用費：雙邊，每筆交易0.5元港幣。

結算收費交香港結算，包含：

結算及交收服務：股份交收費，雙邊，按成交金額的0.002%計收，每邊最低及最高收費分別為2元港幣及100元港幣（四捨五入至小數點後兩位）；證券組合費用收取標準：

持有市值小於或等於港幣 500億元，按0.008%的年費率收取。

2、持有市值大於港幣500億元，小於或等於2500億元，按0.007%的年費率收取。

3、持有市值大於港幣2500億元，小於或等於5000億元，按0.006%的年費率收取。

4、持有市值大於港幣5000億元，小於或等於7500億元，按0.005%的年費率收取。

5、持有市值大於港幣7500億元，小於或等於10000億元，按0.004%的年費率收取。

6、持有市值大於港幣10000億元，按0.003%的年費率收取。

港股通交易佣金不高於成交金額的3.0‰，不同的證券公司，其收費不一樣。