是的，要做PCR。首先你要提出細菌的DNA。方法如下：1、液體培養及保種：從斜面上挑取菌苔於液體培養基中放搖床上震盪（轉速160r/min）培養16小時。吸取菌液於1.5ml的經過滅菌的EP管中，再加甘油（30-40%）進行保種。（-80攝氏度保藏2年）2、提取DNA（CTAB法）： （1）取1.5ml菌液於1. 5ml離心管中，12000r/min離心2min，棄上清。 （2）向沉澱物中加入350ul雙蒸水，重新懸浮沉澱。 （3）加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K（20mg/ml），溶菌酶3ul，混勻，於50℃溫育1h。 （4）加入50ul 5mol/L NaCl溶液，充分混勻，再加入50ul CTAB/NaCl溶液，混合後再65℃溫育30min。 （6）冷卻後加入等體積的酚(沉澱蛋白質)：氯仿：異戊醇（增強酚的作用）（25:24:1），小心上下顛倒混勻，12000r/min離心5min，將上清液轉移到新的EP管，重複此步驟2-3次，直至分層介面無白色沉澱。 （7）加入等體積的氯仿：異戊醇（24:1），小心顛倒混勻，12000r/min離心5min將上清液轉移到新的EP管。（純化作用） （8）加入0.6倍體積的異丙醇，輕輕混合直到DNA沉澱下來，12000r/min離心15min棄上清。 （9）向離心管中加入75%乙醇，12000r/min離心5min洗滌DNA沉澱，小心棄上清，重複洗滌1次，棄上清將離心管倒置於吸水紙上，晾乾。 （10）加入50ul（雙蒸水）/ TE Buffer溶解DNA於4℃儲存。 （11）電泳檢測6、PCR擴增：（細菌的通用引物為27F和1492R）將提取得到的DNA進行PCR擴增，電泳檢測擴增得到的16S rDNA（如果菌類分明，條帶清晰，PCR原液可直接送去測序，雙向測通，得到測序序列後到NCBI的BLAST頁面比對，得出鑑定結果）7、酶切帶型分型確定操作單元：將擴增產物用HhaI和HaeIII兩種限制性內切酶進行酶切，電泳檢測酶切產物，酶切帶型相同的分為一個操作單元。 8、連線轉化：從每一個操作單元中選取一株菌的16S rDNA進行連線實驗。將連線產物轉入感受態細胞中，將感受態細胞塗布於含有Amp的平板上，倒置培養12-16h。 9、克隆子挑選及PCR鑑定：從上一步的平板上挑取單菌落於含有Amp的液體培養基中震盪培養12h，以培養液為模板直接進行PCR擴增鑑定（1000-2000bp）。將含有目的片段的克隆子菌液低溫儲存。 10、測序：將含有目的片段的克隆子菌液送去測序。11、序列拼接：運用DNAMAN軟體對測序得到的序列進行拼接。12、建樹：對拼接得到的序列用Blast進行比對，最後將比對得到的所有序列運用MEGA6建立系統發育樹。

細菌傳統鑑定是指形態觀察、生理生化測定等，複雜，但較準確。分子生物學常用的是16SrDNA鑑定，這個只能堅定到屬，要堅定到種還是得做生理生化實驗，這是經典的分類方法，比較方便快捷的是先16S鑑定大概確定下，然後用生理生化確定微生物種的分類。