細菌合成代謝產物有：熱原質、毒素和侵襲性酶、色素、抗生素、細菌素以及維生素.（1）熱原質：大多數為革蘭陰性菌合成的菌體脂多糖.注入人體或動物體內能引起發熱反應,故稱熱原質.注：熱原質耐高溫,121℃ 20min不被破壞,蒸餾法去除熱原質較好.（2）毒素和侵襲性酶：細菌產生毒素,包括內毒素和外毒素.內毒素為革蘭陰性菌的脂多糖.外毒素是由革蘭陽性菌及少數革蘭陰性菌在生長代謝過程中釋放至菌體外的蛋白質,具有抗原性強、毒性強、作用特異性強的特點.侵襲性酶 某些細菌可產生具有侵襲性的胞外酶,能損傷機體組織,促進細菌的侵襲、擴散,是細菌重要的致病物質.（3）色素：有水溶性色素（銅綠假單胞菌的色素）和脂溶性色素（金黃色葡萄球菌的色素）.不同細菌產生不同的色素,在鑑別細菌上有一定意義.（4）抗生素：是由某些微生物代謝過程中產生的、能抑制或殺死另一些微生物和癌細胞的微量生物活性物質.（5）細菌素：某些細菌產生的僅對近緣菌株有抗菌作用的蛋白質.抗菌範圍很窄且具有型特異性,現無治療意義,多用於細菌分型和流行病學調查.（6）維生素.如人體腸道內的大腸埃希菌,能合成B族維生素和維生素K,可被人體吸收利用.

細菌色素有兩類：

①水溶性色素，能彌形至培養基或周圍組織，如綠膿桿菌產生的綠膿色素使培養基或膿汗呈綠色。

②脂溶性色素，不溶於水，僅保持在菌落內使之呈色而培養基顏色不變，如金黃色葡萄球菌色素