公元1368年，朱元璋攻破北京，元順帝北逃。

之後，明朝北方的大元政權被稱為“北元”、“殘元”。

在《明史》的記載中，北元的時間並沒有幾百年，《明史·韃靼傳》記載公元1402年鬼力赤殺坤帖木兒汗，此後北元去“大元”國號，複稱“大蒙古國”。

但是蒙古人並沒有去“大元”國號得記載，所以“北元”的使用範圍在史學界長期爭論不休。

中國史學家蔡美彪主張北元截止於公元1388年，這一年藍玉在捕魚兒海大破北元，北元政府被一鍋端，元順帝敗亡。

不過，蒙古汗的傳承一直延續到公元1635年，這一年皇太極擊敗蒙古最後一任大汗林丹汗，其子獻出傳國玉璽，從此清朝皇帝兼任蒙古大汗。

實質上，大元國號的廢棄與否，體現的是蒙古人是否放棄了爭奪中原的目標。這也是大明記載其放棄大元國號的原因所在，因為大明是正統所在，而蒙古人被稱為為韃靼。

在大明看來，蒙古人與大明的關係猶如匈奴之於漢朝、突厥之於唐朝。

如果北元可以從公元1368年一直算到公元1635年，那麼大明與北元就是南北朝的關係，但終明朝一世蒙古人受大明冊封，雖然也曾兵臨北京城下，但並沒有真正的實力完成統一，也不是明朝最大的威脅。

所以將北元政權截止在1388年捕魚兒海之戰是有道理的，此後便依然是“大蒙古國”。

總結：北元曾短暫的與大明形成南北朝，但之後的時間裡是從屬於以大明為中心的朝貢體系的，直到清朝崛起為止。

大蒙古國（1206年－1635年）可以分為四個階段：

蒙古（1206年－1271年）

元朝（1271年－1368年）

北元（1368年－1388年）

韃靼（1388年－1635年）

首先北元政權的由來。元朝末年，中原局勢失衡，各地義軍突起，欲推翻當時的異族元朝的統治，1368年元惠宗逃離大都退回蒙古草原，遷都灤京，仍然以“元”為國號，因為地處塞北，史學家為了便於區分和元朝政權的稱呼，史稱“北元”。

北元政權的存在並非幾百年，從元惠宗出逃大都至明軍藍玉滅北元，北元僅傳兩位皇帝，國存只有21年。

北元政權和明朝不算南北朝關係。自從1368年元朝退出蒙古草原後，雖然國號仍然稱元，但對明朝來講僅僅是一個存於塞北的流亡政府小政權而已，明朝入主中原，元朝國運已終，明朝中興代元，明朝才是中原正統。北元是獨立的政權共存於明初21年，北元無時無刻想著要重返中原，明朝北元互為攻伐，最終在1388年藍玉率軍北進大敗脫古思帖木兒。之所以不算南北朝關係，北元為塞北逃亡小政權，失去了對中原地區的控制，僅存在於蒙古草原上，力量薄弱，國內各蒙古部落僅靠忽必烈家族中央汗國的地位進行拉攏聚集並未形成中央集權，同時也未得到明朝的承認。

明朝和北元共存的21年之中，北元是不承認華夏道統的，在當時明人的眼中，漢文化繼承，漢族統治才是華夏道統，元朝是中原大地上少有的少數民族統治中原的政權，在當時並未得到漢人的承認，明朝滅北元，蒙古草原上的部落分裂，成吉思汗家族分為韃靼，非成吉思汗家族的蒙古人就被稱為瓦刺，後期韃靼和瓦刺相互征戰爭奪蒙古草原上的統治權，而後一直以蒙古遊牧民族的身份在蒙古草原上生存。

綜上所述，北元雖然是忽必烈家族逃亡後的統治政權，力量上的懸殊無法形成南北朝共存，當時的北元只想重新入主中原並不承認明朝華夏道統。直到中華大地上民族大融合後，蒙古族融入漢文化成為中華大家庭的一員。