第1集：雲霄飛車殺人事件

第129集：來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件

第176集：與黑暗組織的再會（灰原篇）

第177集：與黑暗組織的再會（柯南篇）

第178集：與黑暗組織的再會（解決篇）

第230集：迷一樣的乘客（前篇）

第309集：與黑衣組織的接觸（交涉篇）

第310集：與黑衣組織的接觸（追蹤篇）

第311集：與黑衣組織的接觸（決死篇）

第345集：與黑衣組織正面對決 滿月之夜的二元推理

第425集：黑暗衝擊！被組織的魔爪觸碰的瞬間

第464集：黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬

第465集：黑衣組織的影子 珍珠的流星

第497集：紅與黑的碰撞 覺醒

第499集：紅與黑的碰撞 偽裝

第500集：紅與黑的碰撞 遺言

第501集：紅與黑的碰撞 嫌疑

第502集：紅與黑的碰撞 潔白

第504集：紅與黑的碰撞 殉職

579 黑與13的暗示

580 逼近的黑色時刻

581 紅色的搖擺目標

701 漆黑的特快列車（發車）

702 漆黑的特快列車（隧道）

704 漆黑的特快列車（終點）