反相還是正相，是根據流動相相對於固定相的極性而言的。 流動相極性強於固定相的，稱作反相色譜；流動相極性弱於固定相的，稱作正相色譜。 　　反相色譜流動相的極性強，容易帶著極性分子走，而留下非極性分子。這主要用於非極性樣品的分離。常用的高壓液相色譜都是這種，也有人喜歡說反相液相色譜，其實是一個意思，就是顯得博學一點。　　正相色譜固定相極性強，容易把極性分子留下，故主要用於極性樣品的分離。如離子色譜。 　　實際應用好像沒有太注意正相還是反相，倒是都很注意柱子能承受什麼樣極性的物質。反相液相色譜柱不可以用強極性的純水，都是要加入至少5%的有機溶劑來弱化水的極性。 正相的離子色譜柱則堅決不可以進入有機物質。但是氣相色譜實際也是一種正相色譜，卻往往要求不可以有水進入。

正相和反相是根據固定相和流動相的極性差異定義的。

正相是固定相極性大，反相是液相極性大。

反相色譜比較正相色譜能夠檢出的物質更多，速度更快，各物質之間的鋒間距更大。

反相離子對色譜：使用含有離子基的反離子組成中性離子對，用於分離離子型或可離子化化合物。分離非極性特別強的化合物可用非水反相技術。正是由於反相技術的“多變性”，使反相色譜的分離物件幾乎遍及所有型別的化合物。