大豆根部長著像豆豆的東西，這叫根瘤菌，也只有豆科類的植物才會生長根瘤菌，屬於共生型，在花生、豇豆等豆科類的根部都會生長。

根瘤菌屬於革蘭氏陰性細菌，只寄生於豆科類植物的根部皮層生長，細菌入侵根部表皮，被感染的植株根部表皮，受根瘤菌的影響會開始時是軟化狀，繼續生長後會鼓起膨大變硬，發育到瘤塊成粉紅色，這時的根瘤菌發育成形，最後形成瘤狀物，根部被根瘤菌感染得多所結的瘤狀物就多。

大豆根部生長的豆豆（根瘤菌），這不是病害，對植株沒有任何的危害，反而大豆生長根瘤菌對於植株是好事。

前面說了根瘤菌是革蘭氏陰性細菌，該細菌產生的瘤具有非常好的固氮作用，能吸收空氣中游離的氮分子，並將所吸收的氮轉化成非常適合豆科類植株吸收的氨，氨也是氮的一種，含氮用氫。說簡單點就是每個根瘤菌等同於一間氮肥廠，能將吸收到的空氣氮轉化成氨之後，不斷的提供給植株吸收。

大豆根部生得根瘤菌越多，能吸收到空氣中的氮就越多，植株施用少量的氮肥就能生長旺盛，根部生長有根瘤菌的大豆植株，結莢質量好，產量能提高10%左右。雖然根瘤菌是有益細菌，對增產有幫助，但不是全田的大豆植株都會生長出根瘤菌，因為土壤中所含的革蘭氏菌太少，有些地塊甚至沒有。這也是為什麼同一塊田種植的大豆，有些有長根瘤菌，有些沒有生長根瘤菌的原因。