一旦肛周感染形成膿腫，切開引流是最簡單有效的治療方法。膿腫形成前，肛周感染可透過靜脈抗炎治療來限制，以減少炎症擴散。有些病人可以透過抗炎治療來治癒，以避免手術切開和引流。然而，一旦膿腫形成，抗炎治療效果有限，手術切開引流是非常必要的。肛周膿腫手術的時機也很重要。在操作過程中，應開啟分離裝置以完全排出膿液。

肛周膿腫一般起病急、進展快。我們知道肛周膿腫是肛門直腸周圍一種化膿性、感染性疾病，膿液一旦形成無法排出的情況下，它就會像吹氣球一樣向周圍疏鬆的組織進行擴散，嚴重的情況下可以形成馬蹄形或者直腸肛門周圍環形的感染。這樣給臨床治療帶來很大的麻煩，所以所有醫院的所有專科醫生都會推薦以手術治療。但先進行切開引流，待形成肛瘻之後進行第二次手術，才能夠獲得徹底治癒。

但肛周膿腫發病過程中，病變肛腺的原發病灶可能不太確定，強行切開可能存在一定的盲目性。特別是對於嬰幼兒肛周膿腫，寶寶因為肛管直腸和臀肌發育還不夠完善，開刀後反而容易復發的情況。

另外，如果開刀手術還有可能會引起肛門失禁。因為在膿腫擴散的過程中，不同程度上包繞肛門直腸周圍的一些肌肉，而肛門直腸周圍這些肌肉在正常情況下是起到一個控制大便、維持肛門自制的一個功能。如果全部切開的話，肯定會引起肛門失禁的。如果不是一個特別經驗豐富的醫生，這種情況一般很難避免。

追溯根源，肛周膿腫治療的關鍵是給化膿性的感染一個徹底引流通暢的道路，處理好感染源，修復受損的組織，達到一次性治癒的目的。手術是一方面，也可以選擇傳統中醫藥進行保守治療，相對於手術成本較低，也有很大機率根治，但治療的時長成本就比較長，不過很多時候因人而異。