先用擲幣形式決定誰先抽牌，之後就以回合制進行遊戲。每回合分以下階段：階段1：從套牌頂抽1張牌。

階段2：（可在這階段以任意次序做或不做以下任何東西）－　放置一張與場上口袋妖怪卡對應的進化卡上場（沒次數限制） ＊不能替剛上場的口袋妖怪進化 ＊一回合內不可替一隻口袋妖怪進化兩次－　放置一張能量卡到一隻口袋妖怪上，（每回合限一次）－　使用訓練員卡，卡上效果發動後棄掉（沒次數限制）－　放置口袋妖怪卡到後備席上（沒次數限制）

階段3：主力口袋妖怪可使用卡上任何一招攻擊，之後回合會結束。＊若口袋妖怪不夠能量攻擊或攻擊不能，跳過此階段＊在第一回合，先抽牌的一方要到下一回合才能攻擊

階段4：回合結束，到對手回合（請重複以上流程）

一、遊戲準備

1、套牌：在正常玩法中，有2名玩家進行遊戲。每名玩家需要自己組建一個60張卡片的套牌。其中至少要有6只神奇寶貝，多數不限，但同時在場上的最多隻能有6只神奇寶貝。並且套牌中除了能量卡之外，任何同名卡片只能存在4張。

2、指示物：除了套牌之外，還需要有大量的傷害指示物與4個異常狀態指示物。在一張神奇寶貝卡上放置1個傷害指示物代表它被扣除了10點HP，放置中毒指示物代表它陷入了中毒狀態，放置灼傷指示物代表它陷入了灼傷狀態。可以用硬幣來代替傷害指示物與異常指示物，但必須使用不同的硬幣以區分傷害指示物、中毒指示物與灼傷指示物。

3、硬幣：在對戰中，有的神奇寶貝的技能是需要使用硬幣來進行判定附加效果的，同時灼傷、睡眠、混亂的判定也需要用到硬幣。最好使用與指示物不同的硬幣以區分。

二、勝利條件：

1、對方後備區沒有神奇寶貝時出戰神奇寶貝被擊倒。

2、取得6張獎品卡。

3、輪到對方從己方套牌中抽卡時對方無卡可抽。